Panama oli suurimman osan 1900-luvusta perustuslaillinen demokratia. Vuonna 1968 tapahtunut vallankaappaus toi kuitenkin armeijan valtaan. 1980-luvulla panamalainen kenraali Manuel Noriega otti hallituksen hallintaansa. Kun diplomaattinen ja taloudellinen painostus eivät onnistuneet syrjäyttämään Noriegaa, Yhdysvaltain presidentti George Bush käytti amerikkalaisia joukkoja diktaattorin syrjäyttämiseksi vallasta ja demokratian palauttamiseksi vuonna 1991 sotilasoperaatiossa, joka tunnetaan nimellä ”Just Cause”.
Panama on nyt perustuslaillinen edustuksellinen demokratia. Hallitus on jaettu kolmeen haaraan: toimeenpanevaan, lainsäädännölliseen ja oikeudelliseen. Toimeenpanovaltaa johtaa vaaleilla valittu presidentti, joka toimii sekä valtionpäämiehenä että hallituksen päämiehenä. Presidentti valitaan viiden vuoden toimikaudeksi, ja hän nimittää kansallisen hallituksen. Lisäksi on kaksi vaaleilla valittua varapresidenttiä, joiden toimikausi on myös 5 vuotta. Lainsäädäntöelin muodostuu yhden kamarin lainsäädäntöelimestä. Siinä on 71 jäsentä, jotka valitaan 5-vuotiskaudeksi. Oikeuslaitos koostuu korkeimmasta kansallisesta tuomioistuimesta, viidestä ylemmästä tuomioistuimesta ja kolmesta muutoksenhakutuomioistuimesta. Oikeusjärjestelmää vaivaa korruptio ja tehottomuus.
Panaman suurin poliittinen puolue on Demokraattinen vallankumouspuolue (PRD). PRD on talousasioissa konservatiivinen ja vetoaa lähinnä maan nuoriin ja kaupunkien köyhiin. Arnulfista-puolue (PA) on maan nykyisen presidentin puolue ja sen pohja on Panaman maaseutuväestössä. Populaariblokki on entisten kristillisdemokraattien ja yritysmyönteisten ryhmien koalitio, samoin Kansallinen liberaalinen republikaaninen liike ja Demokraattinen muutos. Nämä puolueet vetoavat keski- ja yläluokkaan, ja niillä on yleensä vahvat siteet liike-elämään.
Vuonna 1997 hallituksen budjetti oli 2,4 miljardia dollaria ja sen tulot olivat 2,4 miljardia dollaria. Valtion menot muodostavat noin 30 prosenttia maan bruttokansantuotteesta. Vuonna 1999 Panaman virallinen ulkomaanvelka ylitti 7 miljardia Yhdysvaltain dollaria. Tällä hetkellä maassa on yli 50 erilaista veromuotoa, mutta suunnitelmissa on uudistuksia, joiden tarkoituksena on vähentää verojen määrä kymmeneen. Näiden uudistusten tarkoituksena on yksinkertaistaa verolainsäädäntöä tehokkuuden lisäämiseksi ja tehdä verojärjestelmästä yritysystävällisempi alentamalla eräitä yritysveromuotoja. Henkilökohtaisen tuloveron enimmäismäärä on 33 prosenttia ja yhtiöveron enimmäismäärä on 30 prosenttia. Hallituksen veronkantojärjestelmä on hyvin tehoton, ja joidenkin veromuotojen perintäaste on alle 50 prosenttia.
Koska armeija on aiemmin puuttunut hallitukseen, maa hyväksyi vuonna 1994 perustuslain muutoksen, jolla armeija lakkautettiin. Turvallisuus on nyt kansallisen poliisin, rannikkovartioston ja kansallisen ilmavoimien käsissä. Vuonna 1997 hallitus käytti turvallisuuteen 1,9 prosenttia maan bruttokansantuotteesta eli noin 132 miljoonaa Yhdysvaltain dollaria. Noin 150 000 ihmistä työskentelee hallituksen palveluksessa jossakin tehtävässä.
1990-luvulla hallitus toteutti erilaisia ohjelmia talouden vapauttamiseksi. Se toteutti uudistuksia pankkitoiminnassa, työvoiman sääntelyssä ja verotuksessa. Vuonna 1996 hallitus hyväksyi ensimmäiset monopolien vastaiset lait. Tällä lainsäädännöllä perustettiin neljä erityistä kauppatuomioistuinta käsittelemään patentti-, tavaramerkki- ja kartellioikeudellisia tapauksia. Se perusti myös kuluttajansuojaviraston, joka tunnetaan nimellä Free Competition and Consumer Affairs Commission. Uudet lait määräävät sakkoja yrityksille, jotka harjoittavat kuluttajille haitallisia käytäntöjä, kuten vanhentuneiden tuotteiden myyntiä ja hintojen sopimista. Panaman yrityslainsäädännössä on kuitenkin edelleen useita ongelmia. Esimerkiksi ei ole konkurssilakia, joka antaisi yrityksille mahdollisuuden järjestää itsensä uudelleen sen sijaan, että ne joutuisivat lopettamaan toimintansa.
Useita aiemmin valtion omistamia yrityksiä yksityistettiin. Näihin kuuluvat Cristobalin ja Balboan satamat, maan televiestintäyhtiö INTEL, sähköntuotantolaitokset ja sementtiyhtiö. Lisäksi hallitus on yksityistänyt maan 17 kasinoa ja peliautomaattiyhtiötä. Uusi hallitus keskeytti sähkö- ja vesiyhtiöiden yksityistämissuunnitelmat vuonna 1999. Koska maa käyttää Yhdysvaltain dollaria, se ei voi valvoa rahapolitiikkaansa.