Vuonna 1781 Hahnemann otti kylälääkärin viran Mansfeldin kuparikaivosalueella Saksissa. Hän meni pian naimisiin Johanna Henriette Kuchlerin kanssa ja sai lopulta yksitoista lasta. Hylättyään lääkärinharjoittelun ja työskenneltyään tieteellisten ja lääketieteellisten oppikirjojen kääntäjänä Hahnemann matkusti monta vuotta ympäri Saksia ja asui vaihtelevan pitkään monissa eri kaupungeissa ja kylissä, ei koskaan asunut kaukana Elbe-joesta ja asettui eri aikoina Dresdeniin, Torgaussa, Leipzigiin ja Kötheniin (Anhalt), ennen kuin muutti vihdoin kesäkuussa 1835 Pariisiin.
Homeopatian luominen
Hahnemann oli tyytymätön aikansa lääketieteen tilaan ja vastusti erityisesti verenlaskun kaltaisia käytäntöjä. Hän väitti, että lääketiede, jota häntä oli opetettu harjoittamaan, aiheutti potilaalle joskus enemmän haittaa kuin hyötyä:
Velvollisuudentuntoni ei helposti sallisi minun hoitaa kärsivien veljieni tuntematonta patologista tilaa näillä tuntemattomilla lääkkeillä. Ajatus siitä, että minusta tulisi tällä tavoin murhaaja tai pahantekijä lähimmäisteni elämää kohtaan, oli minulle mitä kauhein, niin kauhea ja häiritsevä, että luovuin avioelämäni ensimmäisinä vuosina kokonaan praktiikasta ja omistauduin yksinomaan kemialle ja kirjoittamiselle.
Hahnemannin lopetettua praktiikan noin vuonna 1784 Hahnemann hankki toimeentulonsa pääasiassa kirjailijana ja kääntäjänä, samalla kun hän päätti tutkia myös lääketieteen väitettyjen erehdysten syitä. Kääntäessään William Cullenin teosta A Treatise on the Materia Medica Hahnemann törmäsi väitteeseen, jonka mukaan cinchona, perulaisen puun kuori, oli tehokas malarian hoidossa sen kirpeyden vuoksi. Hahnemann uskoi, että muut supistavat aineet eivät tehoa malariaan, ja hän alkoi tutkia cinchonan vaikutusta ihmiskehoon itse soveltaen. Huomatessaan, että lääke aiheutti itsessään malarian kaltaisia oireita, hän päätteli, että se aiheuttaisi niitä kenelle tahansa terveelle ihmiselle. Tämä johti hänet esittämään parannusperiaatteen: ”Se, joka voi aiheuttaa oireet terveessä yksilössä, voi hoitaa sairaan yksilön, jolla on samanlaiset oireet.” Tämä johti siihen, että hän esitti parannusperiaatteen: ”Se, joka voi aiheuttaa oireet terveessä yksilössä, voi hoitaa sairaan yksilön, jolla on samanlaiset oireet”. Tästä periaatteesta, jonka mukaan samanlainen parantaa samanlaisen, tuli perusta lääketieteen lähestymistavalle, jolle hän antoi nimen homeopatia. Ensimmäisen kerran hän käytti termiä homeopatia esseessään Indications of the Homeopathic Employment of Medicines in Ordinary Practice, joka julkaistiin Hufeland’s Journal -lehdessä vuonna 1807.
Homeopatian kehitys
Hahnemann testasi wieniläislääkärin Anton von Störckin työtä seuraten aineita niiden vaikutusten perusteella, joita ne aiheuttivat terveeseen yksilöön, olettaen (kuten von Störck oli väittänyt), että aineet saattoivat parantaa samoja sairauksia, joita ne aiheuttivat. Tutkimustensa perusteella hän oli von Störckin kanssa samaa mieltä siitä, että nautittujen aineiden myrkylliset vaikutukset ovat usein pitkälti samansuuntaisia kuin tietyt tautitilat, ja hänen lääketieteellisestä kirjallisuudesta löytämiensä historiallisten myrkytystapausten tutkiminen osoitti lisäksi yleisemmän lääketieteellisen ”samankaltaisuuden lain”. Myöhemmin hän kehitti menetelmiä testaamiensa lääkkeiden laimentamiseen niiden myrkytysvaikutusten lieventämiseksi. Hän väitti, että nämä laimennokset, kun ne valmistettiin hänen ”potensointitekniikkansa” mukaisesti käyttäen laimennusta ja suksessiota (voimakasta ravistelua), olivat edelleen tehokkaita lievittämään samoja oireita sairailla. Hänen järjestelmällisemmät kokeilunsa annosten pienentämisellä alkoivat oikeastaan noin vuosina 1800-01, kun hän oli ”samankaltaisuuden lain” perusteella alkanut käyttää Ipecacuanhaa yskän hoitoon ja Belladonnaa tulirokon hoitoon.
Hän julkaisi ensimmäisen kerran artikkelin homeopaattisesta lähestymistavasta saksankielisessä lääketieteellisessä aikakauslehdessä vuonna 1796. Jatkokirjoitusten jälkeen hän julkaisi vuonna 1810 ”Organon of the Rational Art of Healing”, jota seurasi vuosien mittaan neljä muuta painosta nimellä The Organon of the Healing Art, joka oli ensimmäinen systemaattinen tutkielma ja joka sisälsi kaikki hänen yksityiskohtaiset ohjeensa aiheesta. Organonin kuudes painos, jota ei julkaistu hänen elinaikanaan ja joka on peräisin helmikuulta 1842, julkaistiin vasta monta vuotta hänen kuolemansa jälkeen. Se koostui viidennestä Organonista, joka sisälsi laajoja käsinkirjoitettuja huomautuksia. Organonia pidetään laajalti hänen vuonna 1806 julkaisemansa esseen ”The Medicine of Experience” (Kokemuksen lääketiede) uudelleenmuotoiltuna muotona, joka oli julkaistu Hufeland’s Journal -lehdessä. Robert Ellis Dudgeon toteaa Organonista, että se ”oli hänen ”Medicine of Experience” -teoksensa vahvistus ja laajennus, joka oli laadittu huolellisemmin ja saatettu menetelmällisempään ja aforistisempaan muotoon Hippokrateen kirjoitusten mallin mukaan.”
Kahviteoria sairauksista
Rintakuva Samuel Hahnemannista ranskalaisen kuvanveistäjän David d’Angersin toimesta (1837).
Hahnemann kehitti 1800-luvun alkupuolella teorian, jonka hän esitti vuonna 1803 ilmestyneessä esseessään Kahvin vaikutuksista alkuperäisistä havainnoista (On the Effects of Coffee from Original Observations), ja jonka mukaan monien sairauksien aiheuttajaksi on todettu kahvi. Myöhemmin Hahnemann luopui kahviteoriasta sen teorian hyväksi, jonka mukaan sairaudet johtuvat Psorasta, mutta on huomattu, että Hahnemannin kahvin aiheuttamien sairauksien luettelo oli samanlainen kuin hänen luettelonsa Psoran aiheuttamista sairauksista.