Bonsai ei viittaa tiettyyn puulajiin, vaan pikemminkin taiteeseen kasvattaa puita matalissa ruukuissa ja manipuloida niiden raajoja esteettisesti miellyttäviin muotoihin lankojen ja muiden työkalujen avulla. Se on japanilainen termi, joka tarkoittaa kirjaimellisesti ”puuta tarjottimella”, ja taidemuoto on pitkään liittynyt kyseiseen maahan. New Yorkin Bonsai Boy of New York -lehden mukaan asiantuntijat ovat kuitenkin yhtä mieltä siitä, että taito sai alkunsa Kiinassa. Sitä harjoittivat alun perin buddhalaismunkit, ja muinaiset käsikirjoitukset ja maalaukset vahvistavat, että se on peräisin jo vuodelta 600 jKr., mutta monet tutkijat uskovat, että taiteen juuret juontavat juurensa jopa 500 tai jopa 1 000 vuoteen eKr. asti. Myöhemmin se siirtyi zen-buddhalaisuuden mukana itään ja esiintyi Japanissa ensimmäisen kerran 1200-luvulla.
Bonsai Outletin mukaan bonsaipuun viljelyn kehto Japanissa oli Kanton alueella, mutta hirvittävä 8,3 magnitudin maanjäristys tuhosi alueen vuonna 1923, ja bonsai-liiketoimintayhteisö siirsi toimintansa Omiyan alueelle Tokion ulkopuolelle. Teollisuus juurtui tänne, ja taide kukoistaa siellä vielä tänäkin päivänä. Vaikka, kuten Bonsai Empire kertoo, taide on yleistynyt ja kehittynyt myös muissa maissa, kuten Italiassa, Alankomaissa ja Yhdysvalloissa, bonsai on edelleen läheisimmin sidoksissa Japaniin, ja monet pitävät edelleen japanilaisia bonsaita laadukkaimpina.