PUE-mittari on suosituin tapa laskea energiatehokkuus. Vaikka se on muihin mittareihin verrattuna tehokkain, energiankäytön tehokkuudessa on omat puutteensa. Tämä on operaattoreiden, laitosteknikoiden ja rakennusarkkitehtien useimmin käyttämä metriikka, jolla määritetään, kuinka energiatehokkaita heidän datakeskusrakennuksensa ovat. Jotkut ammattilaiset jopa kehuskelevat sillä, että heidän tehonkäyttötehokkuutensa on muita alhaisempi. Ei tietenkään ole yllätys, että joissain tapauksissa operaattori saattaa ”vahingossa” jättää laskematta valaistukseen käytetyn energian, jolloin tehonkäyttötehokkuus on alhaisempi. Tämä ongelma liittyy pikemminkin inhimilliseen erehdykseen kuin itse tehonkäyttötehokkuuden mittausjärjestelmään.
Yksi todellinen ongelma on se, että PUE ei ota huomioon ilmastoa kaupungeissa, joihin datakeskukset on rakennettu. Erityisesti se ei ota huomioon erilaisia normaaleja lämpötiloja datakeskuksen ulkopuolella. Esimerkiksi Alaskassa sijaitsevaa datakeskusta ei voida tehokkaasti verrata Miamissa sijaitsevaan datakeskukseen. Kylmempi ilmasto johtaa siihen, että massiivisen jäähdytysjärjestelmän tarve on pienempi. Jäähdytysjärjestelmien osuus laitoksen kuluttamasta energiasta on noin 30 prosenttia, kun taas datakeskuksen laitteiden osuus on lähes 50 prosenttia. Tästä johtuen Miamin datakeskuksen lopullinen tehonkäyttötehokkuus voi olla 1,8 ja Alaskassa sijaitsevan datakeskuksen 1,7, mutta Miamin datakeskus voi toimia kaiken kaikkiaan tehokkaammin. Erityisesti jos se sattuisi sijaitsemaan Alaskassa, se saattaisi saada paremman tuloksen.
Lisäksi Science Directissä julkaistun tapaustutkimuksen mukaan ”arvioitu PUE-arvo on käytännöllisesti katsoen merkityksetön, ellei tietotekniikka toimi täydellä kapasiteetilla.”
Kaiken kaikkiaan yksinkertaisten, mutta toistuvien ongelmien, kuten kaupunkien vaihtelevien lämpötilojen vaikutukseen liittyvien ongelmien, löytäminen ja sen oppiminen, miten laitoksen energiankulutus voidaan laskea kunnolla, on erittäin tärkeää. Näin tekemällä näiden ongelmien jatkuva vähentäminen varmistaa, että edistystä ja korkeampia standardeja ajetaan aina eteenpäin, jotta tehonkäytön tehokkuuden onnistumista voidaan parantaa tulevien datakeskustilojen osalta.
Tarkkojen tulosten saamiseksi tehokkuuslaskelmasta on otettava mukaan kaikki datakeskukseen liittyvät tiedot. Pienikin virhe voi aiheuttaa monia eroja PUE-tuloksiin. Yksi käytännön ongelma, joka on usein havaittu tyypillisissä datakeskuksissa, on datakeskuksen kanssa rinnakkain toimivien vaihtoehtoisten energiantuotantojärjestelmien (kuten tuuliturbiinien ja aurinkopaneelien) energiamäärän lisääminen PUE-arvoon, mikä johtaa datakeskuksen todellisen suorituskyvyn hämärtymiseen. Toinen ongelma on se, että jotkin datakeskukseen liittyvät laitteet, jotka kuluttavat virtaa, saattavat itse asiassa jakaa energiaa tai käyttää sitä muualla, mikä aiheuttaa valtavan virheen PUE:ssa.