Uuden ajattelun liikkeen piirissä kehittyi lukuisia kirkkoja ja ryhmiä. Emma Curtis Hopkinsia kutsutaan ”opettajien opettajaksi”, koska hänen opettamiensa ihmisten määrä perusti myöhemmin ryhmiä Uuden Ajatuksen liikkeen sisällä. Opittuaan Hopkinsilta Annie Rix Militz perusti Totuuden kodin. Toisesta oppilaasta Malinda E. Cramerista tuli Divine Sciencen perustaja yhdessä rouva Binghamin kanssa, joka myöhemmin opetti Nona L. Brooksia, joka perusti Divine Sciencen yhdessä Cramerin kanssa. Charles ja Myrtle Fillmore, jotka kävivät yhdessä Hopkinsia, perustivat myöhemmin kristinuskon yhtenäiskoulun. Hopkinsilta oppivat myös kirjailijat, kuten tohtori H. Emilie Cady, joka kirjoitti Unityn oppikirjan Lessons in Truth (Totuuden oppitunnit), Ella Wheeler Wilcox, uuden ajattelun runoilija, ja Elizabeth Towne. Huomattavasti myöhemmin Ernest Holmes, joka perusti Uskonnollisen tieteen ja United Centers for Spiritual Living -järjestön.
Ykseysseurakunta on nykyään suurin Uuden Ajatuksen kirkko, jolla on tuhansia jäseniä ympäri maailmaa. Sen perustivat Fillmoret vuonna 1891. Divine Science perustettiin myös 1800-luvun lopulla Melinda Cramerin ja Nona Brooksin toimesta. United Centers for Spiritual Livingin perusti Ernest Holmes vuonna 1927. Samankaltainen järjestö, Society for Jewish Science, jonka alun perin suunnitteli rabbi Alfred G. Moses 1900-luvun alussa, liike institutionalisoitui vuonna 1922 rabbi Morris Lichtensteinin myötä. New Thought -liike ulottuu ympäri maailmaa. Suurimman Yhdysvaltain ulkopuolisen uskontokunnan, Seicho-no-Ien, perusti Masaharu Taniguchi vuonna 1930 Japanissa. Nykyään sillä on lähetysjärjestöjä eri puolilla maailmaa, myös Yhdysvalloissa. Pienemmät kirkot, kuten Kalifornian Alamedassa vuonna 1899 perustettu Totuuden Koti, jatkavat menestyksekkäästi toimintaansa, samoin kuin Agape International Spiritual Center, joka on pastori tohtori Michael Beckwithin johtama megakirkko Los Angelesin alueella.
Erilaisia Uuden Ajatuksen sateenvarjo-organisaatioita on ollut olemassa, mukaan lukien Kansainvälinen Uuden Ajatuksen Liitto (International New Thought Alliancen) -järjestö (International New Thought Alliancen), joka on ollut olemassa jossakin muodossa jo vuonna 1899. Affiliated New Thought Network perustettiin vuonna 1992 tarjoamaan kattavaa New Thought -järjestöä. Vuodesta 1974 lähtien Universal Foundation for Better Living on ollut ympäri maailmaa toimivien kristillisten New Thought -seurakuntien kokoontumisjärjestö. New Yorkissa New Thought -johtajat perustivat kattojärjestön nimeltä League for the Larger Life. Se kesti vuodesta 1916 aina 1950-luvulle saakka.
Uutta ajattelua edustavia koulukuntia on ollut monia. Tunnetuin lienee Missourissa sijaitseva Unity School of Christianity, joka perustettiin 1900-luvun alussa. Emersonin teologinen instituutti on toiminut vuodesta 1992 lähtien. Horatio Dresser johti 1900-luvun vaihteessa järjestöä nimeltä School of Applied Metaphysics.
Psychiana oli Frank B. Robinsonin ylläpitämä postimyyntijärjestö, joka opetti ja levitti sanaa Uudesta Ajatuksesta Yhdysvaltain postilaitoksen kautta.