James II huolestui Uuden-Englannin siirtokuntien yhä itsenäisemmistä tavoista toimia; häntä ja muita brittiläisiä virkamiehiä häiritsi erityisesti se, että ne rikkoivat avoimesti navigaatiolakeja. Ranskalaisten ja heidän intiaaniliittolaistensa Pohjois-Amerikassa aiheuttama jatkuva sotilaallinen uhka oli lisäsyy tiukentaa siirtomaiden valvontaa. Vuonna 1686 koko Uusi-Englannin alue liitettiin hallinnolliseen fuusioon, Uuden-Englannin hallintoalueeseen; kaksi vuotta myöhemmin siihen lisättiin New York ja molemmat New Jerseyt. Tämän viraston perustamista pidettiin Britanniassa harkittuna toimenpiteenä eikä rangaistustoimenpiteenä. Pohjoisten siirtomaiden yhdistämiseen puolustusta ja hallinnollista valvontaa varten suhtauduttiin Amerikassa eri tavalla. Siirtokunnat olivat aiemmin osallistuneet Uuden Englannin konfederaatioon. Joseph Dudley toimi lyhyen aikaa Dominionin ensimmäisenä presidenttinä, mutta hänen tilalleen tuli Sir Edmund Andros. Andros oli kokenut sotilas ja omistautunut virkamies, mutta häneltä puuttui kuitenkin maalaisjärki ja henkilökohtaiset taidot, jotta hän olisi menestynyt uudessa tehtävässään. Hän noudatti ahkerasti käskyjään lakkauttamalla paikalliskokouksia, verottamalla siirtolaisia ilman heidän edustajiensa suostumusta ja yrittämällä tarmokkaasti lopettaa salakuljetuksen panemalla tiukasti täytäntöön navigaatiolakeja.Massachusetts ei ollut ainoa siirtokunta, jossa Dominion aiheutti kohua. Vuonna 1687 Andros oli niin raivoissaan Connecticutin yhteistyöhaluttomuudesta uuden hallinnon kanssa, että hän yritti aseistettujen avustajiensa kanssa ottaa siirtokunnan peruskirjan haltuunsa. Legendan mukaan Connecticutin siirtokuntalaiset piilottivat asiakirjan vanhan tammen rakoon.* 
Dominion ei menestynyt juurikaan, mikä johtui suurelta osin siirtokuntien tinkimättömyydestä. Uuden Englannin kauppiaat olivat jo pitkään tehneet salakuljetuksesta elämäntavan ja vastustivat katkerasti muutoksia, jotka saattaisivat vaikuttaa heidän tulonlähteisiinsä. Androsin pyrkimykset yhtenäistää siirtomaiden sotilaallisia vastatoimia jäivät syntymättä, koska hän ei pystynyt tarjoamaan juurikaan rahoitusta ja aseita. Dominion pysähtyi äkillisesti vuonna 1689, kun siirtokuntiin saapui tieto Jaakko II:n syrjäyttämisestä valtaistuimelta kunniakkaassa vallankumouksessa.Uuden-Englannin Dominionin epäonnistuminen muutti väliaikaisesti monien brittiläisten virkamiesten asenteita Amerikan siirtokuntia kohtaan. ”Tervehdyttävän laiminlyönnin” kausi vallitsi 1600-luvun lopulla ja 1700-luvun alussa. Jotkut viranomaiset uskoivat, että oli viisaampaa yrittää edistää kaupallisia suhteita siirtokuntiin kuin sekaantua niiden hallitusasioihin. Tämä suotuisa välinpitämättömyys edisti suuresti itsehallinnon kasvua Amerikassa.Siirtokuntalaiset ottivat uudelleen esille kysymyksen yhtenäisestä toiminnasta ensimmäisessä Manner-Euroopan kongressissa (1774) – mutta tämä yhdentyminen oli amerikkalainen päätös, ei emämaan määräämä.
*”Charter Oak” seisoi Wyllysin kartanolla Hartfordissa, kunnes tuulimyrsky kaatoi sen vuonna 1856.