Tuberkuloosi voi koskettaa mitä tahansa ruoansulatuskanavan osaa, ja se on kuudenneksi yleisin keuhkojen ulkopuolinen tartuntakohta. Sekä vatsan tuberkuloosin esiintyvyyden että vakavuuden odotetaan lisääntyvän HIV-infektion lisääntyessä. Tuberkuloosibakteerit pääsevät ruoansulatuskanavaan hematogeenisen leviämisen, infektoituneen ysköksen nauttimisen tai suoran leviämisen kautta infektoituneista vierekkäisistä imusolmukkeista ja munanjohtimista. Karkealle patologialle on ominaista poikittaiset haavaumat, fibroosi, suolen seinämän paksuuntuminen ja tiukentuminen, suurentuneet ja mattapintaiset suoliliepeen imusolmukkeet, omentaalinen paksuuntuminen ja peritoneaaliset tuberkuloosit. Vatsakalvotuberkuloosia esiintyy kolmea eri muotoa: kosteaa tyyppiä, johon liittyy askiitti, kuivaa tyyppiä, johon liittyy kiinnittymiä, ja fibroottista tyyppiä, johon liittyy omentaalinen paksuuntuminen ja paikoittainen askiitti. Ruoansulatuskanavan tuberkuloosin yleisin tartuntakohta on ileokekaalialue. Ileocaecal- ja ohutsuolituberkuloosi ilmenee oikeassa alemmassa kvadrantissa tuntuvana massana ja/tai komplikaatioina tukkeutumisena, perforaationa tai imeytymishäiriönä, erityisesti jos kyseessä on ahtauma. Harvinaisia kliinisiä ilmenemismuotoja ovat ruokatorvituberkuloosista johtuva nielemisvaikeus, odynofagia ja ruokatorven puolivälin haavauma, gastroduodenaalituberkuloosista johtuva dyspepsia ja mahalaukun ulostulon tukkeutuminen, paksusuolituberkuloosista johtuva alavatsakipu ja verenpurkauma sekä peräsuolen ja peräaukon tuberkuloosista johtuva rengasmainen rektaalinen striktuura ja lukuisat perianaaliset fistelit. Rintakehän röntgenkuvissa on merkkejä samanaikaisista keuhkovaurioista alle 25 prosentissa tapauksista. Hyödyllisiä menetelmiä epäillyn tapauksen tutkimiseen ovat ohutsuolen bariumateria, bariumperäruiske, ultraäänitutkimus, tietokonetomografia ja kolonoskopia. Askiittinesteen tutkimuksessa havaitaan oljenväristä nestettä, jossa on runsaasti proteiinia, seerumin askiitti-albumiinigradientti on alle 1,1 g/dl, solut ovat pääasiassa lymfosyyttisiä ja adenosiinideaminaasipitoisuus on yli 36 U/l. Laparoskopia on erittäin hyödyllinen tutkimus epäselvissä tapauksissa. Hoitona on tavanomainen tuberkuloosilääkitys vähintään 6 kuukauden ajan. Nykyisin suositellut kirurgiset toimenpiteet ovat konservatiivisia, ja leikkausta edeltävä lääkehoitojakso on kiistanalainen.
