Buddhalaistemppeli oli sijainnut Wat Arunin paikalla Ayutthayan valtakunnan ajoista lähtien. Silloin se tunnettiin nimellä Wat Makok sen Bang Makokin kylän mukaan, johon se oli rakennettu. (Makok on thaimaalainen nimi Spondias pinnata -kasville.) Historioitsija prinssi Damrong Rajanubhabin mukaan temppeli oli merkitty ranskalaisiin karttoihin kuningas Narain (1656-1688) aikana. Kuningas Taksin nimesi temppelin uudelleen Wat Chaengiksi, kun hän Ayutthayan kukistumisen jälkeen perusti uuden pääkaupunkinsa Thonburin temppelin lähelle. Uskotaan, että Taksin vannoi restauroivansa temppelin kuljettuaan sen ohi aamunkoitteessa. Temppelissä säilytettiin Smaragdibuddhan kuvaa ennen kuin se siirrettiin Wat Phra Kaewiin joen itärannalle vuonna 1785. Temppeli oli kuninkaallisen palatsin alueella Taksinin valtakaudella, ennen kuin hänen seuraajansa Rama I siirsi palatsin joen toiselle puolelle. Temppeli oli hylättynä aina kuningas Rama II:n (1809-1824) valtakauteen asti, joka kunnostutti temppelin ja korotti pääpagodin 70 metriin. Työ saatiin valmiiksi kuningas Rama III:n (1824-1851) valtakaudella.
Temppeliä restauroitiin perusteellisesti kuningas Chulalongkornin (Rama V:n, 1868-1910) valtakaudella ja vuonna 1980 ennen Bangkokin 200-vuotisjuhlaa. Prangin laajimmat restaurointityöt tehtiin vuosina 2013-2017, jolloin huomattava määrä rikkoutuneita laattoja korvattiin ja monet pinnat viimeisteltiin uudelleen kalkkilaastilla (korvaten aiemmissa restauroinneissa käytetyn sementin). Kun työt lähestyivät loppuaan vuonna 2017, tuloksista otetut valokuvat herättivät jonkin verran kritiikkiä temppelin uudesta ulkonäöstä, joka vaikutti valkopestyltä verrattuna sen aiempaan tilaan. Kuvataideosasto puolusti työtä todeten, että se oli tehty huolellisesti, jotta se vastaisi temppelin alkuperäistä ulkonäköä.