La clonorchiasis est une maladie parasitaire de grande importance pour la santé publique dans de nombreux pays du sud-est de l’Asie et est causée par la douve du foie chinoise Clonorchis sinensis. Cependant, la structure génétique et l’histoire démographique de ses populations n’ont pas été suffisamment étudiées dans l’ensemble de l’aire géographique de l’espèce et les données disponibles sont principalement basées sur un séquençage partiel des gènes. Dans cette étude, nous avons exploré la diversité génétique de la séquence complète de 1560 pb du gène de la sous-unité 1 de la cytochrome c oxydase (cox1) pour des populations géographiquement isolées de C. sinensis en Russie et au Vietnam, pour la première fois à notre connaissance. Les résultats ont démontré une faible différenciation nucléotidique et une forte différenciation haplotype au sein et entre les deux régions comparées, ainsi qu’un vecteur géographique clair pour la distribution des modèles de diversité génétique parmi les populations étudiées. Ces résultats suggèrent une profonde adaptation locale du parasite à son environnement, y compris les hôtes intermédiaires, et l’existence d’un flux génétique à travers l’aire de répartition de l’espèce. De plus, nous avons prédit une substitution d’acides aminés dans le site fonctionnel de la protéine COX1 parmi les populations vietnamiennes, qui ont été signalées comme étant difficiles à traiter avec le praziquantel. Les réseaux d’haplotypes étaient constitués de plusieurs lignées phylogénétiques spécifiques à une région, dont la formation pourrait avoir eu lieu pendant les plus vastes avant-dernières glaciations de l’ère pléistocène. Les modèles de diversité génétique et de démographie sont cohérents avec la croissance de la population de la douve du foie à la fin du Pléistocène, après le dernier maximum glaciaire, indiquant l’absence d’un goulot d’étranglement de la population dans le passé récent de l’histoire de l’espèce. Les données obtenues ont des implications importantes pour la compréhension de la phylogéographie de C. sinensis, de ses interactions hôte-parasite, de la capacité de ce parasite à évoluer vers une résistance aux médicaments et de l’épidémiologie de la clonorchiasis dans le cadre du changement climatique mondial.
