James II commence à appréhender les manières de plus en plus indépendantes des colonies de la Nouvelle-Angleterre ; lui et d’autres fonctionnaires britanniques sont particulièrement contrariés par le mépris ouvert des lois sur la navigation. La menace militaire permanente que représentaient les Français et leurs alliés indiens en Amérique du Nord était une raison supplémentaire de resserrer le contrôle des colonies. En 1686, toute la Nouvelle-Angleterre est réunie dans une fusion administrative, le Dominion de la Nouvelle-Angleterre ; deux ans plus tard, New York et les deux New Jerseys sont ajoutés. La création de cet organisme est considérée en Grande-Bretagne comme une démarche réfléchie et non comme une mesure punitive. L’unification des colonies du Nord à des fins de défense et de contrôle administratif est perçue différemment en Amérique. Les colons avaient déjà participé à la Confédération de la Nouvelle-Angleterre. Joseph Dudley a été brièvement le premier président du Dominion, mais il a été remplacé par Sir Edmund Andros. Soldat expérimenté et fonctionnaire dévoué, Andros manquait néanmoins de bon sens et de compétences personnelles pour réussir dans son nouveau poste. Il suit assidûment ses ordres en mettant fin aux assemblées locales, en taxant les colons sans le consentement de leurs représentants et en tentant vigoureusement de mettre fin à la contrebande par une application stricte des Navigation Acts.Le Massachusetts n’est pas la seule colonie dans laquelle le Dominion provoque des remous. En 1687, Andros était si furieux du refus du Connecticut de coopérer avec le nouveau régime qu’il tenta, avec des hommes armés, de prendre physiquement possession de la charte de la colonie. Selon la légende, les colons du Connecticut ont caché le document dans une crevasse d’un vieux chêne.* 
Le Dominion a connu peu de succès, en grande partie à cause de l’intransigeance coloniale. Les marchands de la Nouvelle-Angleterre avaient depuis longtemps fait de la contrebande un mode de vie et résistaient amèrement aux changements qui pouvaient affecter leurs sources de revenus. Les efforts d’Andros pour unifier les réponses militaires coloniales sont morts-nés parce qu’il n’a pas réussi à fournir beaucoup de fonds et d’armes. Le Dominion s’est arrêté brusquement en 1689, lorsque les colonies ont appris la destitution de Jacques II du trône lors de la Glorieuse Révolution. L’échec du Dominion de la Nouvelle-Angleterre a temporairement changé l’attitude de nombreux fonctionnaires britanniques à l’égard des colonies américaines. Une période de « négligence salutaire » a prévalu à la fin du 17e siècle et au début du 18e siècle. Certains responsables pensaient qu’il était plus sage de tenter d’encourager les relations commerciales avec les colonies que de se mêler de leurs affaires gouvernementales. Cette négligence salutaire a beaucoup contribué à la croissance de l’autonomie gouvernementale en Amérique.
*Le « Charter Oak » se trouvait sur le domaine de Wyllys à Hartford jusqu’à ce qu’il soit abattu par une tempête de vent en 1856.