Aux États-Unis, la présidence d’O’Mahony sur la Fraternité des Fenians est de plus en plus contestée par William R. Roberts. Les deux factions fenianes collectaient de l’argent en émettant des obligations au nom de la « République irlandaise », qui étaient achetées par les fidèles dans l’espoir qu’elles seraient honorées lorsque l’Irlande serait « une nation à nouveau ». Ces obligations devaient être remboursées « six mois après la reconnaissance de l’indépendance de l’Irlande ». Des centaines de milliers d’immigrants irlandais y souscrivirent.
De grandes quantités d’armes furent achetées, et des préparatifs furent ouvertement faits par la faction Roberts pour une série coordonnée de raids au Canada, que le gouvernement américain ne prit aucune mesure majeure pour empêcher. De nombreux membres de l’administration américaine n’étaient pas indisposés par le mouvement en raison du manque de soutien de la Grande-Bretagne à l’Union pendant la guerre civile. Le « secrétaire à la guerre » de Roberts est le général T. W. Sweeny, qui a été rayé de la liste de l’armée américaine de janvier 1866 à novembre 1866 pour lui permettre d’organiser les raids. Le but de ces raids était de s’emparer du réseau de transport du Canada, avec l’idée que cela forcerait les Britanniques à échanger la liberté de l’Irlande contre la possession de leur province du Canada. Avant l’invasion, les Fenians avaient reçu quelques renseignements de la part de partisans partageant les mêmes idées à l’intérieur du Canada, mais ils n’ont pas reçu le soutien de tous les catholiques irlandais de ce pays, qui considéraient les invasions comme une menace pour la souveraineté canadienne naissante.
En avril 1866, sous le commandement de John O’Mahony, une bande de plus de 700 membres de la confrérie des Fenians est arrivée sur la côte du Maine, en face de l’île, avec l’intention de s’emparer de Campobello aux mains des Britanniques. Les navires de guerre britanniques de Halifax, en Nouvelle-Écosse, sont rapidement arrivés sur les lieux et une force militaire a dispersé les Fenians. Cette action a servi à renforcer l’idée de la protection du Nouveau-Brunswick en s’unissant aux colonies britanniques d’Amérique du Nord de la Nouvelle-Écosse, du Canada-Est et du Canada-Ouest dans la Confédération pour former le Dominion du Canada.
Le commandement de l’expédition à Buffalo, dans l’État de New York, a été confié par Roberts au colonel John O’Neill, qui a traversé la rivière Niagara (le Niagara est la frontière internationale) à la tête d’au moins 800 (chiffre d’O’Neill ; généralement rapporté jusqu’à 1 500 dans les sources canadiennes) hommes dans la nuit et la matinée du 31 mai/1er juin 1866, et a brièvement capturé Fort Erie, défaisant une force canadienne à Ridgeway. Beaucoup de ces hommes, dont O’Neill, étaient des vétérans aguerris de la guerre civile américaine. En fin de compte, l’invasion avait été brisée par l’interruption des lignes d’approvisionnement des Fenians par les autorités américaines à travers la rivière Niagara et par l’arrestation des renforts Fenians qui tentaient de traverser la rivière vers le Canada. Il est peu probable qu’avec une force aussi réduite, ils aient jamais atteint leur objectif.
D’autres tentatives d’invasion des Fenians ont eu lieu tout au long de la semaine suivante dans la vallée du Saint-Laurent. Comme beaucoup d’armes avaient entre-temps été confisquées par l’armée américaine, relativement peu de ces hommes se sont effectivement impliqués dans les combats. Il y a même eu un petit raid des Fenians sur un bâtiment de stockage qui a permis de récupérer certaines armes qui avaient été saisies par l’armée américaine. Beaucoup d’entre elles ont fini par être restituées de toute façon par des officiers sympathisants.
Pour faire partir les Fenians de la région, à la fois dans le Saint-Laurent et à Buffalo, le gouvernement américain a acheté des billets de train pour que les Fenians puissent retourner chez eux si les individus concernés promettaient de ne pas envahir d’autres pays à partir des États-Unis. Beaucoup d’armes ont été rendues plus tard si la personne qui les réclamait pouvait déposer une caution garantissant qu’elles ne seraient pas utilisées pour envahir à nouveau le Canada, bien que certaines aient pu être utilisées dans les raids qui ont suivi.
En décembre 1867, O’Neill est devenu président de la faction Roberts de la Fraternité des Fenians, qui, l’année suivante, a tenu une grande convention à Philadelphie à laquelle ont assisté plus de 400 délégués dûment accrédités, tandis que 6 000 soldats fenians, armés et en uniforme, paradaient dans les rues. C’est à cette convention qu’a été conçue la deuxième invasion du Canada. La nouvelle de l’explosion de Clerkenwell fut un puissant stimulant pour une politique vigoureuse. Henri Le Caron, qui, tout en agissant comme agent secret du gouvernement britannique, occupait le poste d' »inspecteur général de l’armée républicaine irlandaise », affirme avoir distribué quinze mille supports d’armes et près de trois millions de munitions aux soins des nombreux hommes de confiance stationnés entre Ogdensburg (New York) et St. Albans (Vermont), en prévision du raid prévu. Albans, dans le Vermont, en vue du raid prévu. Celui-ci eut lieu en avril 1870 et s’avéra un échec aussi rapide et complet que la tentative de 1866. Les Fenians sous le commandement d’O’Neill traversèrent la frontière canadienne près de Franklin, dans le Vermont, mais furent dispersés par une seule volée de volontaires canadiens. O’Neill lui-même fut rapidement arrêté par les autorités américaines agissant sous les ordres du président Ulysses S. Grant.
Après avoir démissionné de la présidence de la Fraternité des Fenians, John O’Neill tenta sans succès un raid non sanctionné en 1871, en joignant les forces de ses partisans fenians restants avec les membres exilés de la Rébellion de la Rivière Rouge. Le groupe d’assaillants franchit la frontière du Manitoba à Pembina, dans le Dakota, et prend possession du poste de traite de la Compagnie de la Baie d’Hudson du côté canadien. Les soldats américains du fort de Pembina, avec la permission du fonctionnaire canadien Gilbert McMicken, ont franchi la frontière canadienne et ont arrêté les raiders fenians sans résistance.
La menace feniane a suscité des appels à la confédération canadienne. La Confédération était en gestation depuis des années mais n’a été mise en œuvre qu’en 1867, l’année suivant les premiers raids. En 1868, un sympathisant des Fenians a assassiné le politicien irlando-canadien Thomas D’Arcy McGee à Ottawa pour sa condamnation des raids.
La crainte d’une attaque des Fenians a tourmenté le Lower Mainland de la Colombie-Britannique pendant les années 1880, car la Fraternité des Fenians s’organisait activement dans les États de Washington et de l’Oregon, mais les raids ne se sont jamais réellement matérialisés . Lors de l’inauguration de la ligne principale du chemin de fer du Canadien Pacifique en 1885, des photos prises à cette occasion montrent trois grands navires de guerre britanniques assis dans le port, juste à côté de la tête de ligne et de ses quais. Leur présence s’explique explicitement par la menace d’une attaque ou d’un acte terroriste des Fenians, tout comme le grand nombre de soldats présents dans le premier train.