Jan Baptista van Helmont est né d’une famille noble à Bruxelles en janvier 1579. Il a étudié les classiques à l’Université de Louvain jusqu’en 1594, mais il n’a pas accepté de diplôme car il considérait les honneurs académiques comme une simple vanité. Il étudie également certains aspects de la magie et de la philosophie mystique dans le cadre de cours donnés par des professeurs jésuites à leur école de Louvain récemment fondée, puis il se tourne vers l’étude d’auteurs spirituels mystiques tels que Thomas à Kempis. Insatisfait de toutes ces études, il se tourne vers la médecine. Dans sa nouvelle entreprise, il était inspiré par le zèle religieux et par le désir de rendre service à la société.
Après avoir obtenu sa licence d’exercice, Van Helmont fut invité à donner des cours de chirurgie à l’université de Louvain. Cependant, il contracta un cas de gale et trouva que le traitement orthodoxe par de rudes purgatifs était débilitant et inefficace. Il finit par être guéri par des remèdes minéraux paracelsiens, mais entre-temps, désillusionné par la science médicale de l’époque, Van Helmont abandonne sa carrière médicale et voyage pendant 10 ans à travers l’Europe. Il épousa une riche noble, Margaret van Ranst, en 1609 et s’installa dans un domaine à Vilvorde, près de Bruxelles, pour se consacrer à la philosophie chimique.
A la suite de la publication de son traité sur la guérison magnétique des blessures, qui était dirigé contre un jésuite, Van Helmont attira l’attention de l’Inquisition. Une accusation fut portée contre lui, et cette affaire jeta une ombre sur le reste de sa vie, qui se termina le 30 décembre 1644 ; il ne fut acquitté que deux ans après sa mort. Cette circonstance l’a peut-être rendu réticent à publier beaucoup de choses de son vivant. Son fils Franciscus Mercurius a publié ses articles à titre posthume en 1648 sous le titre Ortus medicinae (Origines de la médecine).
Van Helmont a vécu précisément à cette époque du 17ème siècle où la méthode scientifique moderne basée sur l’observation et l’expérimentation était en train de se forger, mais où la science n’était pas encore identifiée de manière unique ou exclusive à cette approche. Pour Van Helmont, la connaissance était un don divin de Dieu : il n’y avait pas une seule façon de comprendre la création ; l’homme devait utiliser tous les moyens que Dieu lui avait donnés, y compris l’étude des Écritures, la prière, la méditation, l’illumination mystique et l’observation directe de la nature. Comme la plupart des Paracelsiens, Van Helmont se méfiait du mode de raisonnement dialectique utilisé par les philosophes scolastiques du Moyen Âge et de la philosophie naturelle des Grecs. L’expérience, tant mystique qu’empirique, était la voie de la connaissance, et non le raisonnement verbal.