Bien avant que les Britanniques n’envahissent et ne prennent le contrôle du sous-continent, les armées musulmanes avaient conquis les populations sédentaires dans les terres plates et vallonnées qui s’étendaient des contreforts de l’Hindu Kush à la ville de Delhi et à la plaine indo-gangétique, et vers l’est jusqu’au Bengale. Le dernier et le plus prospère des conquérants musulmans fut la dynastie moghole (1526-1857), qui finit par étendre son autorité sur la quasi-totalité du sous-continent. La supériorité britannique coïncida avec le déclin moghol et, après une période de succès européens et d’échecs moghols sur le champ de bataille, les Britanniques mirent fin au pouvoir moghol. Le dernier empereur moghol fut exilé après l’échec de la mutinerie indienne de 1857-58.
Moins de trois décennies après cette révolte, le Congrès national indien fut formé pour donner une représentation politique aux indigènes de l’Inde britannique. Bien que l’adhésion au Congrès soit ouverte à tous, les participants hindous écrasent les membres musulmans. La All India Muslim League, organisée en 1906, visait à donner une voix aux musulmans afin de contrer ce qui était alors perçu comme l’influence croissante des hindous sous la domination britannique. Mohammed Ali Jinnah, qui était auparavant un membre musulman éminent du Congrès, a pris la tête de la ligue après sa rupture avec le leader du Congrès, Mohandas K. Gandhi. Fermement convaincu de la primauté du droit anglo-saxon et proche collaborateur d’Iqbal, Jinnah met en doute la sécurité de la minorité musulmane dans une Inde dominée par une autorité essentiellement hindoue. Déclarant que l’islam était menacé par un regain d’affirmation hindoue, Jinnah et la ligue ont posé une « théorie des deux nations » qui soutenait que les musulmans indiens avaient droit – et donc besoin – d’un État séparé et autonome dans un sous-continent reconstitué.
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L’intention britannique d’accorder l’autonomie à l’Inde selon les principes de la démocratie parlementaire britannique est évidente dans le Government of India Act de 1935. Jusqu’à cette époque, la question du partage entre hindous et musulmans de la gouvernance de l’Inde était généralement acceptable, même s’il était également reconnu que les hindous plus que les musulmans s’étaient accommodés des coutumes britanniques et du mode d’administration colonial. En outre, après l’échec de la mutinerie indienne, les hindous étaient plus désireux d’adopter les comportements et les idées britanniques, tandis que les musulmans indiens subissaient le poids de la colère britannique. L’empire moghol est officiellement dissous en 1858 et son dernier souverain est banni du sous-continent. Convaincue d’avoir été choisie pour être punie, la population musulmane de l’Inde était réticente à adopter les coutumes britanniques ou à profiter des possibilités d’éducation en anglais. En conséquence de ces positions différentes, les hindous ont progressé sous le régime britannique au détriment de leurs homologues musulmans, et lorsque la Grande-Bretagne a ouvert la fonction publique à la population autochtone, les hindous ont pratiquement monopolisé les postes. Bien que des musulmans influents, comme Sayyid Ahmad Khan, aient reconnu le déséquilibre croissant des pouvoirs et encouragé les musulmans à rechercher une éducation européenne et à entrer dans la fonction publique coloniale, ils ont également réalisé que rattraper les hindous plus progressistes et plus favorisés était une tâche impossible.
C’est cette juxtaposition d’un sentiment émergent de supériorité hindoue et d’un sentiment durable d’infériorité chez les musulmans que la All India Muslim League a abordée dans sa prétention à représenter les musulmans de l’Inde. Contrairement à d’autres mouvements musulmans de l’époque, la Ligue musulmane a exprimé les sentiments des éléments attentifs et en même temps plus modérés de la population musulmane de l’Inde. La Ligue musulmane, avec Jinnah comme porte-parole, était également l’organisation préférée du point de vue de l’autorité britannique. Contrairement aux pratiques de désobéissance civile de Gandhi, l’avocat Jinnah (qui a été admis au barreau de Lincoln’s Inn, à Londres) était plus enclin à promouvoir la règle de droit dans sa quête de séparation du pouvoir impérial. Jinnah était donc plus ouvert à un règlement négocié et, en fait, son premier instinct était de préserver l’unité de l’Inde, tout en prévoyant des garanties adéquates pour la communauté musulmane. Pour Jinnah, la résolution de Lahore (futur Pakistan) de 1940, qui appelait à la création d’un ou plusieurs États musulmans indépendants en Inde, n’impliquait pas, dans un premier temps, l’éclatement de l’union indienne.
La Seconde Guerre mondiale (1939-45) s’est avérée être le catalyseur d’un changement imprévu du pouvoir politique. Sous la pression de divers mouvements nationaux populaires – notamment ceux organisés par le Congrès et dirigés par Gandhi – les Britanniques affaiblis par la guerre ont été contraints d’envisager d’abandonner l’Inde. En réponse à la campagne du Congrès pour que la Grande-Bretagne quitte l’Inde, Londres envoya une mission dirigée par Sir Richard Stafford Cripps (la Mission Cripps) à New Delhi au début de 1942 avec la promesse que la coopération du Congrès à l’effort de guerre serait récompensée par une plus grande autonomie et peut-être même l’indépendance à la fin de la guerre. Gandhi et les autres dirigeants du Congrès, cependant, ne pouvaient pas être apaisés, et leur insistance à ce que la Grande-Bretagne permette un transfert de pouvoir alors que la guerre faisait rage a produit une impasse et l’échec de la mission.
Pendant cette période, la Ligue musulmane dirigée par Jinnah était sensiblement moins agressive dans sa demande de retrait immédiat de la Grande-Bretagne. Les différences entre les deux groupes n’étaient pas perdues pour la Grande-Bretagne, et la défaite finale de l’Allemagne et du Japon a préparé le terrain pour le drame qui a abouti à la partition de l’Inde britannique et à l’indépendance du Pakistan. Le nouveau gouvernement d’après-guerre du Parti travailliste de Clement Attlee, qui succède au gouvernement conservateur de Winston Churchill, est déterminé à mettre fin à son autorité en Inde. Une mission ministérielle dirigée par William Pethick-Lawrence a été envoyée en 1946 pour discuter et éventuellement organiser les mécanismes de transfert du pouvoir aux mains des autochtones. Tout au long des délibérations, les Britanniques ont dû faire face à deux acteurs de premier plan : Gandhi et le Congrès et Jinnah et la Ligue musulmane. Jinnah s’efforce de trouver une formule appropriée qui réponde aux besoins mutuels et différents des deux principales communautés du sous-continent. Lorsque la mission de Pethick-Lawrence s’est révélée incapable de réconcilier les parties, la dernière chance de trouver une solution de compromis a été perdue. Chacun des principaux acteurs blâme l’autre pour la rupture des négociations, Jinnah insistant sur la réalisation de la « théorie des deux nations ». L’objectif n’était désormais rien de moins que la création d’un Pakistan souverain et indépendant.