Le village actuel de Montour Falls est développé sur le site d’un ancien village indien Seneca, Queanettquaga, officieusement connu sous le nom de Catherine’s Town, d’après un résident et leader indien Seneca éminent, la reine Catharine Montour. Le père de la reine Catharine Montour (Peter Quebec) était un chef mohawk, et sa mère (Margaret Montour Hunter) était la fille d’un chef oneida. Elle épousera le chef indien Seneca Thomas Htitson. La tribu Seneca de la reine Catharine Montour était membre de la Confédération iroquoise. Pendant la guerre d’indépendance de l’Amérique, des représailles ont été exercées contre les tribus de la Confédération iroquoise qui s’étaient alliées à la Grande-Bretagne. La tristement célèbre bataille de Newtown, New York (août 1779) et la marche qui a dévasté Queanettquaga (et quarante autres villages amérindiens des Finger Lakes) sont connues sous le nom d’Expédition Sullivan-Clinton. En plus de brûler le palais en rondins de la reine Catharine Montour, des vergers ont été abattus, des maisons détruites, du bétail assassiné et des terres cultivées salées. Les habitants de Catharine’s Town se sont dispersés dans des régions aussi éloignées que le Niagara et le Canada. La reine Catharine Montour (née en 1710, décédée le 20 février 1804) est commémorée par un tumulus situé sur son sentier Catharine homonyme, dans les limites du village de Montour Falls.
En 1788, la région a commencé à être colonisée par les Américains d’origine européenne. En 1805, la région était connue sous le nom de Mill’s Landing, d’après le résident local George Mills. (Le village voisin de Millport, à l’époque actuelle, porte également le nom de George Mills). 1802 est la date la plus ancienne couramment utilisée pour marquer le début de la communauté de Montour Falls – c’est l’année où George Mills a été nommé maître de poste. On estime que la communauté de 1802 comptait vingt résidents – et aucun magasin.
Débutant en 1827 et terminé en 1833, le canal Chemung a été construit à travers Mills Landing pour relier la rivière Chemung et son bassin versant au lac Seneca. Mills Landing, qui deviendra plus tard Havana, deviendra un lieu important sur le plan commercial en raison de son emplacement à la tête de la navigation dans l’anse du lac Seneca. À l’extrémité nord du lac, un autre canal se raccordait au canal Érié, menant à la fois aux Grands Lacs et à la rivière Hudson et au port de New York, afin d’accroître les échanges et le commerce dans la région. Le village est resté non incorporé jusqu’au 13 mai 1836, date à laquelle il a officiellement adopté un nouveau nom pour devenir Havana, New York. Le village de Havana a été désigné comme le premier siège de comté du comté de Schuyler nouvellement formé en 1854. En 1861, le siège du comté sera déplacé à Watkins Glen.
Le nom actuel de Montour Falls a été adopté pour le village le 20 mars 1895. La ville de Montour porte également le nom de la matriarche de la tribu amérindienne Seneca du 18e siècle, Catharine Montour.
De 1850 à 1888, la communauté de fabrication de grès de la poterie Havana de la région comprenait six entreprises : Savage, Parsons & Co., Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman et A. O. Whittemore.
Charles Cook, homme d’affaires, homme politique (commissaire du canal et sénateur d’État), philanthrope et visionnaire, est crédité de la création du comté de Schuyler (1854) et de Havana, New York, comme son premier siège de comté ; l’Académie Cook (à l’origine le People’s College) a commencé à être construite en 1858. Aujourd’hui, le même établissement abrite l’Académie des sciences du feu de l’État de New York. Cook a également été président de la Chemung Canal Trust Bank, la plus ancienne banque en activité dans la région depuis 1835. Le 20 novembre 1886, le gouverneur David Hill et plus de 1 000 citoyens, associés et admirateurs de Cook assistent à un service d’hommage organisé à l’Académie Cook. Un buste de Charles Cook a été dédié lors du service d’hommage. Charles Cook ne s’est jamais marié.
En 1872, deux ingénieurs fils natifs de Havana, New York, ont formé une entreprise de manutention qu’ils ont appelée Shepard Niles. En 1902, ils ont construit leur première grue à usage intensif et l’ont vendue dans le monde entier. La société est toujours en activité aujourd’hui. Extrait de leur site Web : « Des grues et des treuils qui durent pratiquement toujours, c’est ce que l’industrie attend de Shepard Niles. Nos grues et palans de classe D et E, fabriqués à la main et sur mesure, ont aidé l’Amérique à devenir la première nation industrielle du monde et ont permis à notre pays de traverser deux guerres mondiales. » Bien que l’entreprise soit en cours, depuis son acquisition en 1989, ses activités principales ne sont plus domiciliées à Montour Falls.
En 1934, la National Bank of Montour Falls est répertoriée dans le fichier de la Federal Reserve Bank Second District. La National Bank of Montour Falls (également en 1934) est la banque émettrice sur un billet de 10,00 $ US (dix dollars) de la Réserve fédérale.
Montour Falls est bien connu pour l’attraction naturelle d’une chute d’eau de 165 pieds située du côté ouest du village. À la base des chutes se trouve un panneau étiqueté « She-qua-ga », une translittération de son nom seneca. Un pont au-dessus de la chute d’eau épelle le nom « Che-qua-ga ». De nombreux noms historiques ont été enregistrés sous une grande variété d’orthographes, notamment lorsque divers peuples ont essayé de les translittérer d’une langue à l’autre. Cette attraction est également connue sous le nom de » Montour Falls « .
Le stand de la taverne en briques, le quartier historique de Montour Falls et l’école secondaire Montour Falls Union Grammar School sont inscrits au registre national des lieux historiques.