Annonce du génome
Staphylococcus hominis est un membre des staphylocoques à coagulase négative (CoNS). Parmi les CoNS, S. hominis est une espèce fréquemment rencontrée dans les échantillons cliniques, généralement isolée des aisselles et de la peau glabre des bras, des jambes et du tronc des humains (3, 7). Comme les autres CoNS, S. hominis ne provoque généralement pas de maladie chez l’homme, mais il est de plus en plus reconnu comme un pathogène potentiellement opportuniste et nosocomial et peut occasionnellement provoquer une infection chez les patients dont le système immunitaire est anormalement faible (12). On a rapporté qu’il pouvait causer certaines infections potentiellement mortelles, comme l’endocardite infectieuse (6). Un cas d’endophtalmie à S. hominis associé à un hypopion capsulaire a également été signalé (4). La pertinence croissante de S. hominis pour la santé humaine nous a incités à déterminer la séquence génomique de S. hominis ZBW5, une souche multirésistante isolée d’un échantillon de peau humaine normale dans notre hôpital.
Le séquençage shotgun du génome entier a été effectué avec un système Illumina Hiseq 2000 à haut débit (Illumina, Inc.) et a donné 3279 Mb de séquence brute de haute qualité, correspondant à une couverture du génome de plus de 1 400 fois. Un total de 47 contigs (500 à 375 603 bases) ont été assemblés de novo à l’aide de Velvet (14) avec une valeur N50 de 211 593 pb. La séquence génomique assemblée a été analysée en utilisant BLAST pour déterminer l’identité de la séquence. L’annotation a été effectuée en utilisant Glimmer version 3.02 (2), les gènes d’ARNt ont été identifiés par tRNAscan-SE (9), les gènes d’ARNr ont été prédits par RNAmmer (8) et Tandem Repeats Finder 4.04 (1) pour trouver 78 répétitions en tandem dans tous les contigs. En outre, les contigs ont été recherchés dans les bases de données de protéines KEGG (5), COG (13) et NCBI NR pour annotation.
Le chromosome de ZBW5 avait une longueur de 2 335 704 bases, avec un contenu G+C de 31,4 %. Le génome contient 2 304 cadres de lecture ouverts (ORF) prédits codant pour des protéines qui représentent 86 % du génome, avec une longueur moyenne de 872 pb. Le génome code 39 gènes d’ARNt, un locus d’ARNr et quatre copies des opérons 16S-23S-5S. Environ 71,5 % de toutes les séquences codantes (CDS) (un total de 1 894) ont été assignées à des groupes de groupes orthologues (COG), et 1 282 CDS peuvent être annotées dans le système d’orthologie KEGG 1109 en utilisant KAAS (10).
S. hominis ZBW5 portait certains gènes prédits codant pour des protéines impliquées dans la résistance aux antibiotiques (comme la méthicilline, l’érythromycine et la tétracycline) et les pompes multidrogues, qui sont probablement capables de moduler le potentiel de virulence, ce qui est cohérent avec d’autres CoNS (11). Un large éventail de gènes liés à des facteurs de virulence putatifs, à l’adhésion et à l’invasion a été trouvé, ce qui confirme l’identité de S. hominis en tant que pathogène opportuniste. Une exploration plus approfondie de la séquence du génome de S. hominis est maintenant en cours, ce qui fournira la base pour élucider les principes moléculaires de la colonisation de l’hôte et un aperçu du contexte génétique de la pathogenèse de cet organisme.
Numéro d’accession des séquences nucléotidiques.Ce projet Whole Genome Shotgun a été déposé à DDBJ/EMBL/GenBank sous le numéro d’accession. AKGC00000000. La version décrite dans cet article est la première version, AKGC01000000.
.