SV40 large TAg, d’autres polyomavirus large T antigens, adenovirus E1a proteins, et oncogenic human papillomavirus E7 proteins partagent un motif structurel qui code un domaine de liaison pRb de haute affinité. Ce motif est caractérisé par un résidu Asp, Asn ou Thr suivi de trois acides aminés invariants, entrecoupés d’acides aminés non conservés (désignés par x, où x ne peut être un résidu Lys ou Arg). Une région chargée négativement suit fréquemment le carboxy-terminal du domaine de liaison à pRb.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – …. {région chargée négativement}
Les propriétés hydrophobes et électrostatiques sont hautement conservées dans ce motif. Par exemple, un maximum d’hydrophobie locale se produit à proximité du résidu Leu invariant. Une charge négative nette apparaît dans les 3 résidus amino-terminaux du résidu Leu invariant ; de plus, les acides aminés chargés positivement (Lys ou Arg) ne se trouvent pas dans la séquence Leu – x – Cys – x – Glu, ni dans les positions immédiatement adjacentes à cette séquence. Le motif de liaison à pRb et la région chargée négativement correspondent à un segment de SV40 TAg commençant au résidu 102 et se terminant au résidu 115 comme indiqué ci-dessous :
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Ser – Asp – Asp – Glu –
Les études fonctionnelles des protéines TAg portant des mutations dans ce segment (positions d’acides aminés 106 à 114, inclusivement) démontrent que certaines mutations délétères abolissent l’activité de transformation maligne. Par exemple, la mutation du Glu invariant en position 107 en Lys-107 abolit complètement l’activité transformatrice. Les mutations délétères au sein de ce segment (positions d’acides aminés 105 à 114, incluses) empêchent également la liaison de l’espèce protéique TAg mutante à pRb, ce qui implique une corrélation entre l’activité transformatrice et la capacité de TAg à se lier à pRb. Une analyse bioinformatique informatisée détaillée, ainsi qu’une étude par cristallographie aux rayons X, ont démontré la base biophysique de l’interaction entre cette région de TAg et pRb. Les résidus 103 à 109 de TAg forment une structure en boucle étendue qui se lie étroitement à un sillon de surface de pRb. Dans la structure cristalline, Leu-103 est positionné de manière à établir des contacts de van der Waals avec les chaînes latérales hydrophobes de Val-714 et Leu-769 dans pRb. Un certain nombre de liaisons hydrogène stabilisent également le complexe TAg-pRb. Par exemple, la chaîne latérale de Glu-107 forme des liaisons hydrogène en acceptant les hydrogènes des groupes amides de la chaîne principale de Phe-721 et Lys-722 dans pRb. La mutation de Glu-107 en Lys-107 devrait entraîner la perte de ces liaisons hydrogène. De plus, la chaîne latérale de Lys-107 aurait probablement des interactions énergétiquement défavorables avec l’amide de Phe-721 ou Lys-722, déstabilisant le complexe.
De solides preuves expérimentales confirment que les acides aminés chargés positivement (Lys ou Arg) affaiblissent significativement l’interaction de liaison avec pRB lorsqu’ils sont positionnés à proximité de la séquence Leu – x – Cys – x – Glu. Cela est probablement dû au fait que la surface de liaison de pRb comporte six résidus lysine, qui auront tendance à repousser les résidus positifs à l’intérieur ou autour de la séquence Leu – x – Cys – x – Glu.