Clonorchiasis är en parasitsjukdom som är av stor betydelse för folkhälsan i många länder i sydöstra Asien och orsakas av den kinesiska leverflundran Clonorchis sinensis. Den genetiska strukturen och den demografiska historien hos dess populationer har dock inte studerats tillräckligt i hela artens geografiska utbredningsområde och tillgängliga uppgifter bygger huvudsakligen på partiell gensekvensering. I den här studien har vi undersökt den genetiska mångfalden hos den fullständiga gensekvensen av 1560 bp cytokrom c-oxidas underenhet 1 (cox1) för geografiskt isolerade C. sinensis-populationer i Ryssland och Vietnam, för första gången enligt vår kännedom. Resultaten visade på låg nukleotiddifferentiering och hög haplotypdifferentiering inom och mellan de två jämförda regionerna och en tydlig geografisk vektor för fördelningen av de genetiska mångfaldsmönstren bland de studerade populationerna. Dessa resultat tyder på en djup lokal anpassning av parasiten till sin miljö, inklusive mellanvärdar, och att det finns ett genflöde över artens utbredningsområde. Dessutom har vi förutspått ett aminosyrabyte i COX1-proteinets funktionella plats bland de vietnamesiska populationerna, som rapporterats vara svåra att behandla med praziquantel. Haplotypnätverken bestod av flera regionspecifika fylogenetiska linjer, vars bildning kan ha skett under de mest omfattande näst sista istiderna under den pleistocena epoken. Mönstren för den genetiska mångfalden och demografin stämmer överens med en populationstillväxt hos leverflundran i slutet av Pleistocen efter den sista istiden, vilket tyder på att det inte funnits någon flaskhals i populationen under den senaste tiden i artens historia. De erhållna uppgifterna har viktiga implikationer för förståelsen av C. sinensis’ fylogeografi, dess växelverkan mellan värd och parasit, denna parasits förmåga att utveckla läkemedelsresistens och klonorchiasis’ epidemiologi i samband med globala klimatförändringar.
