Az RMS Titanic első és utolsó útja során, 1912 áprilisában az élelmezési személyzet tagja volt. A hajó fedélzetén volt a Belfastból Southamptonba tartó szállítási út során. Southamptonban 1912. április 4-én jelentkezett újra a fedélzetre. Főpékként Joughin havi 12 font bért kapott (ami ma 1500 fontnak felel meg, az inflációval kiigazítva), és tizenhárom pék volt az alárendeltségében.
Amikor a hajó április 14-én este 23:40-kor jéghegynek ütközött, Joughin szolgálaton kívül volt, és a priccsén feküdt. Vallomása szerint érezte az ütközés okozta sokkot, és azonnal felállt. A felső fedélzetről éppen azt híresztelték, hogy a tisztek a mentőcsónakokat vízre bocsátásra készítik, és Joughin felküldte tizenhárom emberét a csónakfedélzetre, akik ellátmányt vittek a mentőcsónakokba: fejenként négy kenyeret, mintegy negyven font kenyeret. Joughin egy ideig hátramaradt, de aztán követte őket, és 00:30 körül elérte a csónakfedélzetet.
A 10-es mentőcsónaknál csatlakozott Henry Wilde főtiszthez. Joughin a stewardokkal és más tengerészekkel együtt átsegítette a hölgyeket és a gyerekeket a mentőcsónakba, bár egy idő után a fedélzeten lévő nők elszaladtak a csónakból, mondván, hogy a Titanic fedélzetén biztonságosabb. A főpék ekkor felment az A fedélzetre, és erőszakkal felhozta a nőket és a gyerekeket, és bedobta őket a mentőcsónakba.
Bár a 10-es mentőcsónak kapitányaként volt kijelölve, nem szállt fel; a mentőcsónakot már két matróz és egy steward személyzetével látták el. Miután a 10-es mentőcsónak elment, lement, és “ivott egy csepp likőrt” (egy likőrrel félig teli poharat, ahogy a továbbiakban pontosította) a kabinjában. Ezután újra feljött az emeletre, miután találkozott “az öreg doktorral” (valószínűleg Dr. William O’Loughlinnal, akit valószínűleg utoljára látott valaki). Amikor a csónakfedélzetre érkezett, az összes csónakot leeresztették, ezért lement az A fedélzet sétányára, és körülbelül ötven fedélzeti széket dobott a fedélzetre, hogy úszóműként lehessen használni őket.
Joughin ezután bement az A fedélzet fedélzeti kamrába, hogy vizet igyon, és miközben ott volt, hangos csattanást hallott, “mintha a hajó egy része elhajlott volna”. Elhagyta a kamrát, és csatlakozott a hátsó fedélzet felé futó tömeghez. Miközben átkelt a kútfedélzeten, a hajó hirtelen balra adta a listát, és elmondása szerint rajta kívül mindenkit csokorba dobott a kútban. Joughin átmászott a zsákfedélzet jobb oldalára, és megkapaszkodott a biztonsági korlátban, így a hajó külső oldalán volt, amikor az a fejénél fogva lement. Amikor a hajó végül elsüllyedt, Joughin úgy lovagolt lefelé, mintha lift lett volna, a feje nem került a víz alá (szavai szerint a feje “talán megnedvesedett, de nem több”). Ő volt tehát az utolsó túlélő, aki elhagyta az RMS Titanicot.
A saját vallomása szerint mintegy két órán át evezett és taposta a vizet. Azt is bevallotta, hogy alig érezte a hideget, valószínűleg az elfogyasztott alkoholnak köszönhetően. (A nagy mennyiségű alkohol általában csökkenti a hipotermia kockázatát.) Amikor megvirradt, meglátta a felfordult Collapsible B-t, amelynek oldalán Charles Lightoller másodtiszt és körülbelül huszonöt ember állt. Joughin lassan odaúszott, de nem volt számára hely. Egy férfi, Isaac Maynard szakács azonban felismerte őt, és megfogta a kezét, miközben Baker főnök a csónak oldalába kapaszkodott, a lába és a lába még mindig a vízben volt. Ekkor megjelent egy másik mentőcsónak, Joughin pedig odaúszott, és bevitték, ahol addig maradt, amíg fel nem szállt a megmentésükre érkező RMS Carpathia fedélzetére. Csak feldagadt lábakkal mentették ki a tengerből.