Hugh föddes på slottet Avalon, på gränsen mellan Dauphiné och Savoyen, som son till Guillaume, herre av Avalon. Hans mor Anne de Theys dog när han var åtta år, och eftersom hans far var soldat fick han sin utbildning på en internatskola. Guillaume drog sig tillbaka från världen till augustinerklostret Villard-Benoît, nära Grenoble, och tog med sig sin son Hugh.
Vid femton års ålder blev Hugh religiös novis och blev ordinerad till diakon vid nitton års ålder. Omkring 1159 skickades han som prior till det närliggande klostret Saint-Maximin, förmodligen var han redan präst. Från det samfundet lämnade han benediktinerorden och gick in i Grande Chartreuse, som då var på höjden av sitt rykte för sin stränga stränghet i reglerna och sina medlemmars allvarliga fromhet. Där blev han prokurator för sin nya orden, ett ämbete som han innehade tills han 1179 skickades till Witham Charterhouse i Somerset, det första kartusianska huset i England.
Henrik II av England hade som en del av sin botgöring för mordet på Thomas Becket, i stället för att åka på korståg som han hade lovat i sin första ånger, en tid tidigare inrättat ett kartusianskt charterhus, som beboddes av munkar som hämtades från Grande Chartreuse. Det fanns dock svårigheter med byggnadsarbetena, och den första prior drog sig tillbaka och en andra dog snart. Det var på särskild begäran av den engelske kungen som den helige Hugh, vars rykte hade nått honom genom en av adelsmännen i Maurienne, utnämndes till prior.
Hugh fann munkarna i en svår situation, de bodde i timmerhyddor och det fanns ännu inga planer på att bygga ett mer permanent kloster. Hugh bad kungen om kungligt beskydd och till slut, troligen den 6 januari 1182, utfärdade Henrik en stiftelseurkund för Witham Charterhouse. Hans första uppmärksamhet ägnades åt byggandet av stadshuset. Han utarbetade sina planer och lade fram dem för kungligt godkännande, och krävde full kompensation från kungen för alla hyresgäster på den kungliga egendomen som skulle behöva vräkas för att ge plats åt byggnaden. Hugh var ordförande för det nya huset fram till 1186 och lockade många till samhället. Bland de frekventa besökarna fanns kung Henrik, för charterhuset låg nära gränserna för kungens jaktmarker i Selwood Forest, en favoritjaktmark. Hugh förmanade Henrik för att han höll stiftslokaler vakanta för att behålla deras inkomster till det kungliga kansliet.
I maj 1186 sammankallade Henrik ett råd av biskopar och baroner i Eynsham Abbey för att överlägga om kyrkans tillstånd och tillsättandet av vakanta biskopslokaler, bland annat i Lincoln. Den 25 maj 1186 beordrades domkapitlet i Lincoln att välja en ny biskop och Hugh valdes. Hugh insisterade på ett andra, privat val av kanikerna, säkert i deras kapitelsalong i Lincoln snarare än i kungens kapell. Hans val bekräftades av resultatet.
Hugh vigdes till biskop av Lincoln den 21 september 1186 i Westminster. Nästan omedelbart etablerade han sitt oberoende i förhållande till kungen, genom att bannlysa en kunglig skogvaktare och vägra att placera en av Henrys höviska kandidater som prebende i Lincoln; han mildrade kungens ilska genom sitt diplomatiska tilltal och sin taktfulla charm. Efter exkommuniceringarna stötte han på kungen på jakt och möttes av dyster tystnad. Han väntade flera minuter och kungen kallade på en nål för att sy ihop ett läderbandage på hans finger. Så småningom sade Hugh, med milt hån, ”hur mycket du påminner mig om dina kusiner från Falaise” (där Vilhelm I:s mor Herleva, en garveridotter, hade kommit ifrån). Henry bröt ut i skratt och försonades med detta. Som biskop var han exemplarisk, ständigt i residens eller på resande fot i sitt stift, generös i sin välgörenhet, skrupelfri i de utnämningar han gjorde. Han höjde kvaliteten på utbildningen vid katedralskolan. Hugh var också framstående när det gällde att försöka skydda judarna, av vilka ett stort antal bodde i Lincoln, under den förföljelse de utsattes för i början av Richard I:s regeringstid, och han slog ner det folkliga våldet mot dem – som senare inträffade efter Little Saint Hugh of Lincolns död – på flera ställen.
Lincolns katedral hade skadats svårt av en jordbävning 1185, och Hugh satte igång med att återuppbygga och kraftigt förstora den i den nya gotiska stilen; han levde dock bara för att se koret väl påbörjat. År 1194 byggde han ut St Mary Magdalen’s Church i Oxford. Tillsammans med biskop Herbert av Salisbury gjorde Hugh motstånd mot kungens krav på 300 riddare för ett års tjänstgöring i hans franska krig; hela inkomsten från de båda männens ämbeten beslagtogs sedan av kungliga agenter.
Som en av de främsta biskoparna i Englands kungadöme accepterade Hugh mer än en gång rollen som diplomat till Frankrike för Richard och sedan för kung John 1199, en resa som förstörde hans hälsa. Han invigde St Giles’ kyrka i Oxford år 1200. Det finns ett kors bestående av sammanflätade cirklar som är hugget i tornets västra pelare och som tros påminna om detta. Till minne av invigningen inrättades också St Giles’ Fair, som fortsätter än i dag i september varje år. När han några månader senare deltog i ett nationellt råd i London drabbades han av en icke namngiven sjukdom och dog två månader senare, den 16 november 1200. Han begravdes i Lincoln Cathedral.
Biskop Hugh var ansvarig för byggandet av det första biskopspalatset (av trä) i Buckden i Cambridgeshire, halvvägs mellan Lincoln och London. Senare tillägg till palatset var mer omfattande och ett högt torn i tegel lades till 1475, skyddat av murar och en vallgrav och omgivet av en yttre borggård. Det användes av biskoparna fram till 1842. Palatset, som nu är känt som Buckden Towers, ägs av Claretians och används som ett reträtt- och konferenscenter. En katolsk kyrka, tillägnad St Hugh, ligger på platsen.