APL は1998年からネイティブゲル分析サービスを提供しています。 今日、多くのラボが、ネイティブゲルは難しすぎる、あるいは酸性タンパク質にしか使えないと誤解しているために、残念ながらこの貴重なツールを無視しています。 Alliance Protein Laboratories では、塩基性タンパク質と酸性タンパク質の両方について、日常的にネイティブゲルを行っています。
Nativeゲルとは？
「Native」または「非変性」ゲル電気泳動は、SDSがない状態で行われます。 SDS-PAGEでは、タンパク質の電気泳動移動度は主に分子量に依存しますが、Native PAGEでは、タンパク質の電荷と流体力学的サイズの両方に依存します。
電気泳動の駆動電荷は、ランニングバッファのpHにおけるタンパク質の固有電荷によって支配されます。 この電荷はもちろん、タンパク質のアミノ酸組成やシアル酸の付加などの翻訳後修飾に依存する。
タンパク質は折り畳まれた構造を保持しているので、その流体力学的サイズとゲル上の移動度もこの構造の性質によって変わる（よりコンパクトな構造では移動度が高く、オリゴマーなどの大きな構造では低くなる）。 もしNative PAGEが酸やアルカリによる変性を避けるために中性pH付近で実施された場合、コンフォメーション、自己会合や凝集、他のタンパク質や化合物の結合を研究するために使用できる。 このため、以下のようなことを検出するための優れたツールになります：
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化学分解による電荷の変化（例. 脱アミド化）
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折り畳まれていない状態、「モルテン グローブル」、またはその他の変化したコンフォメーション
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オリゴマーおよび凝集体（共有および非共有）
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結合イベント（タンパク質-タンパク質、タンパク質-リガンド）
この特性は、次のようなものです。 また、比較的高い処理能力を持つネイティブゲルは、加速安定性サンプルの分析、異なるロットまたはプロセスの比較可能性の実証、または賦形剤の効果の検証に最適なツールです。
ネイティブゲルのもう一つの利点は、分離後にタンパク質をネイティブな状態で回収することが可能なことである。 しかし、活性な生物学的物質の回収は、固定または染色の前に行われる必要がある場合がある。 これはいわゆる「ブルーネイティブ」ゲルとは原理的に異なり、色素の結合によってタンパク質に非常に高い電荷を与え、ポリペプチドの固有電荷を圧倒することに依存する。 色素の結合量がタンパク質の質量に比例すると仮定すれば、SDS-PAGEの場合と同様に、この「ブルーネイティブ」プロトコルで観察された移動度をタンパク質標準物質と比較することによって、モル質量を推定することが可能である。 Blue Nativeゲルで使用するために販売されている質量標準は、ここで議論されている真のNativeゲルのモル質量を推定するためには使用できません
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