ムリェトは古代ギリシャ・ローマの地理学者によって発見され、彼らは最初の記録と説明を書き残した。 紀元前6世紀、カリアンダのスキラクスがこの島を初めて記述した。 どちらのテキストでもメライトと名付けられ、ロードス島のアポロニウスによって支持されている。
オッピアンの父であるキリキアのアナクサルバのアゲシラウスは、ローマ皇帝セプティミウス・セウェルス（AD145-211）によってムリエトに追放された（あるいはルキウス・ヴェルスによってマルタに追放された：オッピアンを参照）。
950年頃、ビザンツ皇帝コンスタンティヌス7世Porphyrogenitosが『帝国支配論』でナレンティーノ家の持つ島の一つとして言及し、ムリエトはその一つ。 この島は、しばしばザクルミアとの間で所有権の論争があった。 古代ギリシャ人はこの島を「メリタ」または「ハニー」と呼んでいたが、何世紀もかけてスラブ語の「ムリェト（発音は）」に進化した。
ムリェトは、聖パウロが難破した「メリタ」と考えられている（使徒行伝27：39-28：11）が、10世紀、東ローマ皇帝コンスタンティノスが初めてこの考えを説いたと言われている。 聖パウロの遭難地は、地中海のマルタ島とするのが一般的である。 使徒言行録28章3-5節に毒蛇が登場することから、ムリェト島と考えられていた（ムリェト島にもマルタ島にも蛇はいるが、毒蛇が生息しているのは前者だけである）。
1151年、イタリアのモンテ・ガルガーノから来たアプリア州プルサーノのベネディクト会がこの島の領主となった。 彼らはSutmiholjskaの入り江に上陸し、1187年から1198年にかけて、Vojislavljevi家のセルビア王子Desaが島の北西端にある大きな湖（Veliko Jezero）の小島に聖マリア教会と僧院を建て、彼らに寄贈した。 1198年、教皇Innocent IIIが教会を奉献する文書を発行した。
1345年、ベネディクト会はムリェトの支配を放棄し、土地の3分の1を残すのみであった。 1345年、ベネディクト会はムリェトの統治を放棄し、土地の3分の1を残すのみとなった。島は法令とバビノポリェの自治体を得ることになった。 1410年、ラグーザ共和国に正式に併合された。
16世紀、修道院はラグーザ共和国の領域にあるすべてのベネディクト派修道院を集めてムリェト会（Congregatio Melitensis or Melitana）の中心であった。 初代会長は、ムリェト修道院の修道院長で有名な詩人マブロ・ヴェトラノヴィッチであった。 また、18世紀には、イグニャット・ドゥルジェヴィッチという偉大な詩人も同修道院の修道院長を務めていた。 その後、ムリェトのベネディクト会修道院はその重要性を失い、ムリェト修道会の本部はラグーザ近くのスヴェティ・ジャコフに移った。
1809年、ナポレオンの支配下で、ムリェト修道院は解体された。 オーストリアが島を占領したとき、この建物に林務局が置かれた。 世界大戦の間、建物はラグーザ（ドブロヴニク）司教区の所有となった。 1960年にホテルとなり、1998年に司教区に戻されました。 この島には長い間、環境破壊の歴史があります。 修道士たちは輸送の問題を解決するために、Veliko Jezero湖から南海岸に水路を掘り、淡水湖を海水湖に変えてしまった。 20世紀初頭、毒蛇の数を減らすために、アジアの小型マングースが島に導入された（島は完全にオーバーランしていたらしい）。 マングースはその役目を果たした一方で、島の鳥類をほとんど駆逐してしまった。 現在でも、スズメのような生垣に生息する鳥類はほとんどいない。 マングースは家禽にとって危険な存在であり、ブドウ園や果樹園に被害を与えることでも知られている
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