以下の疾患の症状はCoffin-Siris症候群の症状と似ていることがあります。 比較は鑑別診断に役立つかもしれません。
モザイク9番染色体は、体の一部の細胞で9番染色体が2本ではなく3本ある（トリソミー）珍しい染色体異常です。 モザイク」とは、ある細胞には余分な9番染色体が存在し、他の細胞には正常な染色体のペアが存在することを意味します。 関連する症状や所見は、余分な染色体を持つ細胞の割合によって、その範囲や重さが大きく異なります。 しかし、一般的な特徴として、出生前の成長不全（子宮内成長遅延）、精神遅滞、出生時に存在する心臓の構造的奇形（先天性心疾患）、および／または、なだらかな額、球状の鼻、短い眼瞼溝（口蓋裂）、深く開いた目、低く開いた奇形の耳などの頭蓋骨と顔面の領域における独特の異変があります。 本症候群はまた、筋骨格系、生殖器、腎臓、および/またはその他の身体的異常を特徴とすることもあります。 モザイク状トリソミー9は、親の生殖細胞の分裂（減数分裂）、または胚の発生初期における体組織細胞（体細胞）の分裂（有糸分裂）の際のエラーによって引き起こされる可能性があります。 (詳しくは、希少疾病データベースの検索キーワードに「モザイク型トリソミー9」を選択してください。)
コーネリア・ド・ランゲ症候群（CdLS）は、出生時に明らかになる（先天性）まれな遺伝性疾患です。 関連する症状や所見としては、出生前後の身体的発達の遅れ（出生前および出生後の成長遅延）、特徴的な顔貌をもたらす頭蓋顔面異常、手や腕（上肢）の奇形、軽度から重度の精神遅滞が一般的です。 多くの幼児および小児は、異常に小さく短い頭部（小頭症）、上唇と鼻の間の縦溝（支柱）が異常に長く、鼻梁が陥没し、鼻孔が上向き（前方鼻）、上顎が突出している（上顎前突症）を特徴とします。 さらに、特徴的な顔面の異常として、薄く下向きの唇、低い位置の耳、アーチ型ではっきりとした眉毛が鼻の下を横切って生えていること（共汗）、額および首の後ろの生え際が異常に低いこと、異常にカールした長いまつ毛があることなどがある。 また、手足が異常に小さい、第5指が内側に逸脱している（clinodactyly）、一部の足の指が曲がっている（syndactyly）など、手足の奇形が特徴的な場合もあります。 また、前腕、手および指が欠損することもある。 コーネリア・ド・ランゲ症候群の乳児は、哺乳障害、呼吸困難、呼吸器感染症への罹患率増加、低音の「うなり声」、心臓障害、骨格成熟遅延、難聴、またはその他の身体異常があることもあります。 関連する症状や所見の範囲や重症度は、症例によって極めて多様である場合があります。 コーネリア・ド・ランゲ症候群は、常染色体優性遺伝とX連鎖遺伝があります。 コーネリア・ド・ランゲ症候群に関連する遺伝子は、5番染色体上のNIPBLとX染色体上のSMC1A遺伝子であることが判明しています。 より軽度のコーネリア・デ・ランゲは、SMC3およびRAD21遺伝子の変異に起因するとされています。 ほとんどの罹患者は、新しい遺伝子変異の結果として異常な遺伝子を有し、罹患した親を持たない。 将来、他の遺伝子がコーネリア・デ・ランゲ症候群に関連することが判明する可能性があります。 (
コフィン・ロリー症候群は、精神遅滞、頭部および顔面（頭蓋顔面）領域の異常、大きくて柔らかい手と短くて細い指、低身長、および/またはさまざまな骨格異常を特徴とするまれな遺伝病である。 特徴的な顔貌には、上顎骨の未発達（上顎低形成）、眉毛の異常な突出、眼瞼下垂（口蓋裂）、目の間隔の広さ（過盲）、大きな耳、および/または異常に太い眉毛が含まれる。 骨格の異常としては、背骨の前後左右の異常な湾曲（後彎）、胸骨の異常な隆起（胸骨突出）などがあります。 コフィン・ロリー症候群は、RSK2遺伝子の変異により発症し、X連鎖性優性遺伝する。 通常、男性の方が女性より重篤な影響を受けます。 (詳細については、希少疾病データベースの検索キーワードに「コフィン・ロウリー症候群」を選択してください。)
DOOR症候群は、出生後間もなく認められるまれな遺伝性疾患です。 「内耳や聴神経の障害による難聴（感音性難聴）、爪の奇形（爪甲剥離症）、骨の奇形を意味する（Osteodystrophy）、軽度から重度の精神遅滞（Retardation）などを指します。 また、場合によっては、突然、脳の電気的活動が制御不能になる発作を起こすことがあります。 爪の異常としては、指の爪や足の爪が未発達、不定形、または欠如していることがあり、骨の異常としては、親指や足の指の骨が余分に小さいこと（三指症）、他の指や足の骨の未発達（低形成）が特徴的であることがあります。 DOOR症候群は、常染色体劣性遺伝します。 (
ニコライデス-バレートスター症候群（NCBRS）は、重度の知的障害、まばらな髪、低身長、早期発症の発作、特徴的な顔立ちを特徴とする非常にまれな疾患です。
ブラキモルフィズム-骨異形成-脳梁症（BOD）症候群は、短い第5指、低身長、未発達な爪、広い鼻、広い口、正常な知能から軽い知的障害を特徴とするまれな遺伝病態である。
胎児ヒダントイン症候群は、胎児が抗けいれん薬であるフェニトイン（Dilantin）に曝露されることによって生じるまれな疾患であり、常染色体優性の遺伝様式をとると考えられています。 この疾患の症状には、頭蓋骨や顔貌の異常、成長不全、手足の爪の未発達、および/または軽度の発達遅延が含まれます。 この症候群に関連するその他の所見としては、口唇口蓋裂、異常に小さい頭（小頭症）、より重大な発達の遅れを伴う脳奇形などが時折みられます。 (詳しくは、希少疾病データベースの検索キーワードに「胎児ヒダントイン症候群」を選択してください。)
マブリー症候群／精神遅滞症候群1型は、発達遅延、摂食障害、低筋緊張、第5指の未発達を特徴とする遺伝子疾患である。 また、鼻が高く、口角が下がり、眉毛がアーチ型になるなど、特徴的な顔貌を有しています。 また、アルカリ性フォスファターゼの上昇も特徴的な検査値です。
4q モノソミーは、第4染色体の一部が単一コピー（モノソミー）であるまれな染色体異常です。 4qモノソミーは、4番染色体の一部が1本だけ欠失した珍しい染色体異常で、欠失部分の長さや位置により、関連する症状や所見が異なる場合があります。 特徴的な症状としては、出生後の成長不全（出生後成長遅延）、様々な程度の精神遅滞、頭蓋骨や顔面の奇形（頭蓋顔面）、構造的な心臓障害、手足の異常、その他の身体所見が挙げられます。 4qモノソミーは通常、胚発生のごく初期に原因不明の（de novo）エラーが自然発生する（sporadically）ことから生じます。 (詳しくは、希少疾病データベースの検索キーワードに「distal 4q monosomy」を選択してください。)
他の染色体異常もCSSと同様の特徴を持つ場合があります。 染色体検査は、どのような染色体異常が存在するのかを確認するために必要です。 (このような疾患についての詳しい情報は、該当する染色体異常の名前を選択するか、希少疾患データベースの検索語として「染色体」を用いてください)
。