この過程で肝線維化が起こり、正常な肝構造の歪みと門脈圧亢進を伴う肝硬変に進行することがあります。 超音波診断学会（SRU）のコンセンサスによると、一部の患者では、エラストグラフィーは線維化の病期分類のための肝生検を不要にするかもしれない。
肝線維化の程度を正確に病期分類することは、抗ウイルス療法が適切かどうかを判断し、治療結果や悪性の可能性を予測するために極めて重要である。 現在の薬物療法では、早期の線維化は可逆的かもしれない。
肝生検の組織学的評価は、炎症（グレード）、線維化（ステージ）の様々なカテゴリーの値を生成するスコアリングシステムを使用して実施される。 スコアリングシステムはいくつかあり、どれも似たような特徴を分類している。 C型慢性肝炎ウイルス（HCV）の評価では、最も再現性の高いスコアリングシステムはMetavirである。 Metavirスコアリングシステムでは、肝線維化が半定量的に評価され、0から4の5段階で段階分けされる（F0：なし、F1：線維性門脈の拡大、F2：門脈周囲または初期の門脈-門脈隔壁があるが構造は正常、F3：構造に歪みがあるが明らかな肝硬変、F4：肝硬変）
肝線維化の診断と病期の決定のゴールドスタンダードとなっていたのは肝生検であった。 出血や強い痛みなどの合併症の可能性がある侵襲的な方法であることに加え，生検のサンプリングエラーは，不均一なプロセスにおける小さなサンプルサイズのため，本質的な問題である
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