プリスキンらによると、QALYモデルには効用独立、リスク中立、一定の比例トレードオフの振る舞いが必要であるという。 これらの理論的な前提のため、QALYの意味と有用性については議論がある。 完全な健康を定義することは、不可能ではないにせよ、困難である。 死ぬより悪い健康状態もあるのだから、健康スペクトルに負の値もあり得るはずだという議論もある（実際、負の値を計算に組み込んでいる医療経済学者もいる）。 1552>
QALY獲得あたりの費用（またはICER）を理由に介入をランク付けする方法は、誰が治療を受けるか受けないかを決めるための準功利主義的な計算を意味するため、論議を呼んでいる。 しかし、医療資源は必然的に限られているため、この方法によって、多くの患者を含む社会にとってほぼ最適な方法で医療資源を配分することができると支持者は主張している。 もう一つの懸念は、健康状態の全体的な分布などの公平性の問題が考慮されていないことである。特に、若くて健康な集団は、高齢者や病気の人よりも何倍もQALYsが多いからである。 その結果、QALY分析では、高齢者や余命の短い人々に恩恵を与える治療が過小評価される可能性がある。 また，他の条件がすべて同じであれば，より重症の患者をより軽症の患者よりも優先させるべきであると主張する人も多い。 2010年には、欧州委員会の資金提供により、欧州医療アウトカム・費用便益研究コンソーシアム（ECHOUTCOME）が、医療技術評価で用いられるQALYsに関する大規模な研究を開始した。 この研究の主執筆者であるAriel Beresniakは、”QALYの仮定を検証することに特化した過去最大の研究 “であると発言しています。 2013年1月、ECHOUTCOMEはその最終会議で、ベルギー、フランス、イタリア、英国の「学術関係者」1361人を調査した研究の予備結果を発表しました。 研究者たちは、さまざまな健康状態やその期間に対する好み（例えば、15年間足を引きずるか、5年間車椅子に乗るか）について、14の質問に回答するよう被験者に求めた。 その結果、QOLは一定の間隔で測定できること、生命年とQOLは互いに独立していること、人々はリスクに対して中立であること、生命年の増減に対する意欲は時間とともに一定であることなど、「回答者が示した好みはQALY理論の仮定と一致しない」と結論づけました。 ECHOUTCOMEはまた、「医療技術の費用対効果評価のための欧州ガイドライン」を発表し、医療の意思決定においてQALYsを使用しないことを推奨しています。 その代わりに、費用対効果分析では「関連する臨床結果あたりの費用」に注目するよう、ガイドラインは推奨しています。
ECHOUTCOMEの研究に対して、National Institute for Health and Care Excellence、Scottish Medicines Consortium、Organisation for Economic Co-operation and Developmentの代表者は、以下の点を指摘している。 第一に、QALYsは代替指標よりも優れている。 第二に、この研究は “限定的 “であった。 第三に、QALYsの問題点は既に広く認識されていた。 第四に、研究者は予算の制約を考慮に入れていない。 第5に、英国のNational Institute for Health and Care Excellenceは、欧州数カ国の住民とは対照的に、英国住民の3395人のインタビューに基づくQALYsを使用している。 最後に、経済協力開発機構（OECD）の上級医療経済学者であるFranco Sassiによれば、QALYsの廃止を求める人々は「既得権益」を持っている可能性があるとのことである
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