Jan Baptista van Helmont föddes i en adlig familj i Bryssel i januari 1579. Han studerade klassiker vid universitetet i Louvain fram till 1594, men han tog inte emot någon examen eftersom han ansåg att akademiska utmärkelser var en ren fåfänga. Han studerade också aspekter av magi och mystisk filosofi i kurser som gavs av jesuitlärare vid deras nyligen grundade skola i Louvain, och sedan vände han sig till studier av sådana mystiska andliga författare som Thomas à Kempis. Missnöjd med alla dessa studier vände han sig till medicinen. I sitt nya företag inspirerades han av religiös iver och av en önskan att tjäna samhället.
När han hade fått sin legitimation som läkare blev Van Helmont inbjuden att föreläsa om kirurgi vid universitetet i Louvain. Han drabbades dock av skabb och fann den ortodoxa behandlingen med hårda purgativa medel försvagande och ineffektiv. Han botades så småningom med hjälp av paracelsiska mineralmediciner, men under tiden övergav Van Helmont, som var desillusionerad av tidens medicinska vetenskap, sin medicinska karriär och reste i tio år genom Europa. Han gifte sig 1609 med en rik adelsdam, Margaret van Ranst, och bosatte sig på ett gods i Vilvorde nära Bryssel för att ägna sig åt kemisk filosofi.
Efter offentliggörandet av sin avhandling om magnetisk behandling av sår, som var riktad mot en jesuit, uppmärksammades Van Helmont av inkvisitionen. Ett åtal väcktes mot honom, och denna affär kastade en skugga över resten av hans liv, som tog slut den 30 december 1644; han frikändes inte förrän två år efter sin död. Denna omständighet gjorde möjligen att han var ovillig att publicera mycket under sin livstid. Hans son Franciscus Mercurius publicerade hans papper postumt 1648 under titeln Ortus medicinae (Medicinens ursprung).
Van Helmont levde just under den tid på 1600-talet då den moderna vetenskapliga metoden baserad på observation och experiment höll på att smidas, men än så länge identifierades inte vetenskapen vare sig unikt eller uteslutande med detta tillvägagångssätt. För Van Helmont var kunskap en gudomlig gåva från Gud: det fanns inte ett enda sätt att förstå skapelsen; människan var tvungen att använda alla de medel som Gud hade gett henne, inklusive studier av Skrifterna, bön, meditation, mystisk upplysning och direkt observation av naturen. Liksom de flesta paracelsianer misstrodde Van Helmont det dialektiska sätt att resonera som medeltidens skolastiska filosofer använde och grekernas naturfilosofi. Erfarenheter, både mystiska och empiriska, var vägen till kunskap, inte verbala resonemang.