Klassificering I den bredaste beskrivningen av lycofyterna omfattar gruppen de utdöda zosterofyterna samt de existerande (levande) lycofyterna och deras närmaste utdöda släktingar. De namn och rangordningar som används för denna grupp varierar avsevärt. Vissa källor använder namnen ”Lycopodiophyta” eller det kortare ”Lycophyta” för att inkludera zosterofyller samt levande lycofyter och deras närmaste utdöda släktingar, medan andra använder dessa namn för att utesluta zosterofyller. Namnet ”Lycopodiophytina” har också använts i inkluderande bemärkelse. Engelska namn som ”lycophyte”, ”lycopodiophyte” eller ”lycopod” är på samma sätt tvetydiga och kan hänvisa till den brett definierade gruppen eller endast till de existerande lycophyterna och deras närmaste utdöda släktingar. Enligt den konsensusklassificering som gjordes av Pteridophyte Phylogeny Group classification 2016 (PPG I) placeras alla existerande (levande) lycophyter i klassen Lycopodiopsida. Det finns cirka 1 290-1 340 sådana arter. För mer information om klassificeringen av existerande lycofyter, se .
Fylogeni En större kladistisk studie av landväxter publicerades 1997 av Kenrick och Crane. År 2004 publicerade Crane et al. några förenklade kladogram, baserade på ett antal figurer i Kenrick och Crane (1997). Deras kladogram för lycofyterna återges nedan (med vissa grenar sammanfogade till ”basala grupper” för att minska diagrammets storlek). Enligt detta synsätt utgör ”zosterofyterna” en parafyletisk grupp, som sträcker sig från former som Hicklingia, som hade nakna stjälkar, till former som Sawdonia och Nothia, vars stjälkar är täckta med icke vaskulariserade taggar eller enationer. Släktet Renalia illustrerar problemen med att klassificera tidiga landväxter. Det har kännetecken både för de icke-lykofytiska rhyniofyterna – terminala snarare än laterala sporangier – och för zosterofyterna – njurformade sporangier som öppnar sig längs den distala kanten. En ganska annorlunda uppfattning presenteras i en analys från 2013 av Hao och Xue. Deras föredragna kladogram visar att zosterofyllerna och tillhörande släkten är basala både i förhållande till lycopodiopsiderna och euphyllofyterna, så att det inte finns någon klad som motsvarar den brett definierade gruppen lycofyter som andra författare använder sig av.
Vissa utdöda ordningar av lycofyter faller in i samma grupp som de utdöda ordningarna. Olika källor använder varierande antal och namn på de utdöda ordningarna. Följande fylogram visar ett troligt förhållande mellan några av de föreslagna Lycopodiopsida-ordningarna.
