Den moderna byn Montour Falls ligger på platsen för den tidigare byn Queanettquaga, informellt känd som Catherine’s Town efter en framstående Seneca-indianer som bodde i byn och ledde den, drottning Catharine Montour. Drottning Catharine Montours far (Peter Quebec) var en mohawkhövding och hennes mor (Margaret Montour Hunter) var dotter till en oneidahövding. Hon skulle gifta sig med Senecaindianernas hövding Thomas Htitson. Drottning Catharine Montours Seneca-stam var medlem av Irokesiska konfederationen. Under USA:s självständighetskrig sanktionerades repressalier mot stammar från Irokesiska konfederationen som hade allierat sig med Storbritannien. Det ökända närliggande slaget vid Newtown, New York (augusti 1779) och marschen som ödelade Queanettquaga (och fyrtio andra indianska byar vid Fingersjöarna) är känt som Sullivan-Clinton-expeditionen. Förutom att man brände drottning Catharine Montours timmerpalats, skars fruktträdgårdar ner, förstörde hus, mördade boskap och saltade åkermark. Invånarna i Catharine’s Town spreds till områden så långt bort som Niagara och Kanada. Drottning Catharine Montour (född 1710, död 20 februari 1804) är ihågkommen genom en gravhög som ligger på hennes namngivna Catharine Trail inom Montour Falls bygräns.
Vid 1788 började området att koloniseras av europeiska amerikaner. År 1805 blev området känt som Mill’s Landing efter den lokala invånaren George Mills. (Den närliggande byn Millport, till dagens läge, är också uppkallad efter George Mills). 1802 är det tidigaste datum som vanligen används för att markera Montour Falls-samhällets början – det är det år då George Mills utsågs till postmästare. Man uppskattar att samhället 1802 bestod av tjugo invånare – och inga affärer.
Med början 1827 och slutförd 1833 byggdes Chemungkanalen genom Mills Landing för att förbinda Chemungfloden och dess avrinningsområde med Seneca Lake. Mills Landing, senare Havana, skulle komma att få kommersiell betydelse med tanke på sitt läge som huvudpunkt för sjöfarten i inloppet till Seneca Lake. Vid sjöns norra ände anslöt en annan kanal till Eriekanalen, som ledde både till de stora sjöarna och till Hudsonfloden och hamnen i New York City, för att öka handel och affärsverksamhet i regionen. Byn förblev oregistrerad fram till den 13 maj 1836, då den officiellt antog ett nytt namn och blev Havana, New York. Byn Havana utsågs 1854 till den första länssätet i det nybildade Schuyler County. År 1861 skulle länssätet flyttas till Watkins Glen.
Det nuvarande namnet Montour Falls antogs för byn den 20 mars 1895. Staden Montour är också uppkallad efter den indianska Seneca-stammens matriark från 1700-talet, Catharine Montour.
Från 1850 till 1888 bestod områdets Havanna keramik stengodstillverkningssamhälle av sex företag: Savage, Parsons & Co, Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman och A. O. Whittemore.
Charles Cook, affärsmän, politiker (kanalkommissionär och delstatssenator), filantrop och visionär, är känd för att ha skapat Schuyler County (1854) och Havana, New York, som dess första säte. 1858 påbörjades Cook Academy (ursprungligen People’s College). I dag är samma anläggning hemvist för New York State Academy of Fire Science. Cook var också ordförande för Chemung Canal Trust Bank – den äldsta kontinuerligt verksamma banken i regionen från 1835. Den 20 november 1886 hölls en hyllningsgudstjänst vid Cook Academy där guvernör David Hill och mer än 1 000 medborgare, medarbetare och beundrare av Cook deltog. En byst av Charles Cook invigdes vid hyllningsceremonin. Charles Cook gifte sig aldrig.
År 1872 bildade två ingenjörer från Havana, New York, ett företag för materialhantering som de kallade Shepard Niles. År 1902 byggde de sin första tunga kran och sålde den över hela världen. Företaget är fortfarande verksamt i dag. Från deras webbplats: ”Det är vad industrin förväntar sig av Shepard Niles. Våra skräddarsydda, handbyggda, tunga kranar och lyftanordningar av klass D och E hjälpte Amerika att bli världens ledande industrination och drev vårt land genom två världskrig.” Även om företaget fortsätter, är dess primära verksamhet sedan förvärvet 1989 inte längre hemmahörande i Montour Falls.
1934 är National Bank of Montour Falls listad i Federal Reserve Bank roster Second District. National Bank of Montour Falls (även 1934) är den utfärdande banken på en US $10.00 (tio dollar) Federal Reserve-sedel.
Montour Falls är välkänt för den naturliga attraktionen i form av ett 165 fot högt vattenfall som ligger på den västra sidan av byn. Vid fallets bas finns en skylt med texten ”She-qua-ga”, en translitterering av dess Seneca-namn. På en bro ovanför vattenfallet stavas namnet ”Che-qua-ga”. Många historiska namn har registrerats under en mängd olika stavningar, särskilt när olika folk försökte translitterera dem från ett språk till ett annat. Denna attraktion är också känd som ”Montour Falls”.
The Brick Tavern Stand, Montour Falls Historic District och Montour Falls Union Grammar School är upptagna i National Register of Historic Places.