Morotskakans ursprung är omtvistat. Det finns ett engelskt recept från 1591 för ”pudding in a Carret root” som i huvudsak är en fylld morot med kött, men som innehåller många delar som är gemensamma för den moderna desserten: shortening, grädde, ägg, russin, sötningsmedel (dadlar och socker), kryddor (kryddnejlika och muskot), skrapad morot och brödsmulor (i stället för mjöl). Många livsmedelshistoriker tror att morotskakan har sitt ursprung i sådana morotspuddingar som européerna åt på medeltiden, då socker och sötningsmedel var dyra och många människor använde morötter som ersättning för socker. Variationer av morotspuddingen utvecklades till att inkludera bakning med en skorpa (som pumpapaj), ångad med en sås eller formad i kastruller (som plommonpudding) med glasyr.
I volym två av L’art du cuisinier (1814) inkluderade Antoine Beauvilliers, före detta kock hos Ludvig XVI, ett recept på en ”Gâteau de Carottes”, som var tillräckligt populär för att kopieras ordagrant i konkurrenternas kokböcker. År 1824 hade Beauvilliers i London publicerat en engelsk version av sin kokbok som innehåller ett recept på ”Carrot Cakes” i en ordagrann översättning av hans tidigare recept.
Ett annat 1800-talsrecept kommer från hushållsskolan i Kaiseraugst (kantonen Aargau, Schweiz). Enligt Culinary Heritage of Switzerland är det en av de mest populära kakorna i Schweiz, särskilt till barnens födelsedagar.
Morotskakans popularitet återupplivades i Storbritannien på grund av ransoneringarna under andra världskriget.