Enormt många kyrkor och grupper utvecklades inom New Thought-rörelsen. Emma Curtis Hopkins kallas ”lärarnas lärare” på grund av det antal personer som hon undervisade och som sedan grundade grupper inom New Thought-rörelsen. Efter att ha lärt sig av Hopkins grundade Annie Rix Militz Home of Truth. En annan elev, Malinda E. Cramer, blev medgrundare av Divine Science tillsammans med Mrs Bingham, som senare undervisade Nona L. Brooks, som var med och grundade Divine Science tillsammans med Cramer. Charles och Myrtle Fillmore, som gick på Hopkins tillsammans, grundade senare Unity School of Christianity. Även författare lärde sig från Hopkins, bland annat dr H. Emilie Cady, författare till Unitys lärobok Lessons in Truth, Ella Wheeler Wilcox, poet inom New Thought, och Elizabeth Towne. Betydligt senare kom Ernest Holmes, som etablerade Religious Science och grundade United Centers for Spiritual Living.
Enhetskyrkan är den största New Thought-kyrkan idag, med tusentals medlemmar runt om i världen. Den bildades av familjen Fillmore 1891. Divine Science grundades också i slutet av 1800-talet av Melinda Cramer och Nona Brooks. United Centers for Spiritual Living grundades av Ernest Holmes 1927. En liknande organisation, Society for Jewish Science, som ursprungligen utformades av rabbin Alfred G. Moses i början av 1900-talet, institutionaliserades rörelsen 1922 med rabbin Morris Lichtensteins. New Thought-rörelsen sträcker sig över hela världen. Det största trossamfundet utanför USA, Seicho-no-Ie, grundades 1930 av Masaharu Taniguchi i Japan. I dag har den missioner över hela världen, inklusive USA. Mindre kyrkor, inklusive Home of Truth som grundades 1899 i Alameda, Kalifornien, fortsätter att vara framgångsrika, liksom Agape International Spiritual Center, en megakyrka som leds av pastor Dr. Michael Beckwith i Los Angeles-området.
En mängd olika paraplyorganisationer för New Thought har funnits, inklusive International New Thought Alliance, som existerade i någon form så tidigt som 1899. Affiliated New Thought Network bildades 1992 för att tillhandahålla en övergripande organisation för New Thought. Sedan 1974 har Universal Foundation for Better Living varit en samling av kristna New Thought-församlingar runt om i världen. I New York skapade New Thought-ledare en paraplyorganisation kallad League for the Larger Life. Den fanns kvar från 1916 till 1950-talet.
Det har funnits många New Thought-skolor. Den mest kända är kanske Unity School of Christianity i Missouri, som grundades i början av 1900-talet. Emerson Theological Institute har varit verksamt sedan 1992. Vid sekelskiftet 1900 drev Horatio Dresser en organisation som kallades School of Applied Metaphysics.
Psychiana var en postorderförening som drevs av Frank B. Robinson och som undervisade och spred budskapet om New Thought via det amerikanska postverket.