Fort Churchill i Lyon County grundades i juli 1860 under den kritiska perioden av konflikter mellan indianer och nyanlända bosättare. Kapten Joseph Stewart, som nyligen hade befunnit sig i Fort Alcatraz, hade lett styrkor från Kalifornien för att slåss i den andra fasen av Pyramid Lake-kriget. Han fick sedan order om att upprätta ett fort för att skydda de transkontinentala handels- och transportvägarna när de sträckte sig genom västra Great Basin. Stewart grundade därefter Fort Churchill på den norra stranden av Carsonfloden för att skydda en av de viktigare kommunikationslinjerna. Platsen låg inom räckhåll för Carson City, Dayton och det nyligen utvecklade gruvdistriktet Comstock. Även om garnisonen inte såg några större insatser, gav den en federal närvaro under en kritisk period som innefattade inbördeskriget.
Anläggningen fick sitt namn efter general Sylvester Churchill, generalinspektör för den amerikanska armén. Fort Churchill var den första federala militäranläggningen i det område som skulle komma att bli Nevada, och det var den mest genomarbetade i sitt slag i delstaten under 1800-talet. Antalet soldater fluktuerade under hela 1860-talet, men de var vanligtvis inte fler än tvåhundra. Komplexet bestod av över tjugo byggnader. Den afroamerikanska konstnären Grafton Brown publicerade en av de enda tidiga bilderna av fortet, ett fågelperspektiv från 1863. Den amerikanska armén övergav fortet 1869.
Då Fort Churchills byggnader var gjorda av adobe var de sårbara för erosion efter avvecklingen. I början av 1900-talet var komplexet i förfall. Sagebrush Chapter of the Daughters of the American Revolution fick fortet 1925 och påbörjade en begränsad restaurering. Civilian Conservation Corps, ett New Deal-program under den stora depressionen, genomförde ett större restaureringsprogram 1935-1936.
Sedan 1957 har Fort Churchill fungerat som en statlig park. Ständiga reparationer behövs för att bevara de stående ruinerna. National Park Service erkänner platsen som ett nationellt historiskt landmärke.