Under större delen av 1900-talet var Panama en konstitutionell demokrati. En kupp 1968 förde dock militären till makten. Under 1980-talet tog Panamas general Manuel Noriega över kontrollen över regeringen. Efter att diplomatiska och ekonomiska påtryckningar inte lyckades få bort Noriega använde USA:s president George Bush amerikanska trupper för att avsätta diktatorn från makten och återupprätta demokratin 1991 i en militär operation känd som ”Just Cause”.
Panama är nu en konstitutionell representativ demokrati. Regeringen är indelad i tre grenar: verkställande, lagstiftande och dömande. Den verkställande makten leds av en vald president som fungerar både som statschef och regeringschef. Presidenten väljs för en femårsperiod och utser det nationella kabinettet. Det finns också två valda vicepresidenter som också har femåriga mandatperioder. Den lagstiftande delen av regeringen består av en lagstiftande församling med en kammare. Den har 71 ledamöter som väljs för femåriga mandatperioder. Den rättsliga grenen består av en nationell högsta domstol, 5 överdomstolar och 3 appellationsdomstolar. Rättsväsendet är behäftat med korruption och ineffektivitet.
Det största politiska partiet i Panama är Demokratiska revolutionära partiet (PRD). PRD är konservativt i ekonomiska frågor och vädjar främst till landets unga och fattiga stadsbor. Arnulfistapartiet (PA) är partiet för landets nuvarande president och har sin bas bland Panamas landsbygdsbefolkning. Folkblocket är en koalition av före detta kristdemokrater och företagsvänliga grupper, liksom Nationella liberala republikanska rörelsen och Demokratisk förändring. Dessa partier tilltalar medel- och överklassen och tenderar att ha starka band till näringslivet.
1997 uppgick regeringens budget till 2,4 miljarder US-dollar och intäkterna uppgick till 2,4 miljarder US-dollar. De statliga utgifterna står för cirka 30 procent av landets BNP. År 1999 översteg Panamas officiella utlandsskuld 7 miljarder US-dollar. För närvarande finns det över 50 olika former av skatter, men det finns planer på reformer för att minska detta antal till 10. Dessa reformer syftar till att förenkla skattelagstiftningen för att öka effektiviteten och göra skattesystemet mer företagsvänligt genom att sänka vissa former av bolagsskatt. Den högsta personliga inkomstskatten är 33 procent och den högsta bolagsskattesatsen är 30 procent. Regeringens skatteuppbördssystem är mycket ineffektivt och uppbördsgraden för vissa former av skatter understiger 50 procent.
På grund av sin historia av militär inblandning i regeringen antog nationen 1994 en författningsändring som avskaffade militären. Säkerheten ligger nu i händerna på den nationella polisen, kustbevakningen och en nationell flygtjänst. År 1997 spenderade regeringen 1,9 procent av landets BNP på säkerhet eller cirka 132 miljoner US-dollar. Omkring 150 000 personer arbetar på något sätt för regeringen.
Under 1990-talet var regeringen engagerad i en rad olika program för att liberalisera ekonomin. Den genomförde reformer inom bankväsendet, arbetsreglering och skatter. År 1996 antog regeringen de första antimonopollagarna. Genom denna lagstiftning inrättades fyra särskilda handelsdomstolar för att pröva mål som rör patent, varumärken och antitrustmål. Den skapade också ett konsumentskyddsorgan som kallas Free Competition and Consumer Affairs Commission (kommissionen för fri konkurrens och konsumentfrågor). De nya lagarna innebär böter för företag som ägnar sig åt metoder som är skadliga för konsumenterna, bland annat försäljning av utgångna produkter och prisöverenskommelser. Det finns dock fortfarande ett antal problem i Panamas affärsjuridik. Det finns till exempel ingen konkurslagstiftning som gör det möjligt för företag att omstrukturera sig i stället för att gå i konkurs.
Ett antal tidigare statligt ägda företag har privatiserats. Dessa inkluderar hamnarna Cristobal och Balboa, landets telekommunikationsföretag INTEL, kraftproduktionsanläggningar och ett cementföretag. Dessutom har regeringen privatiserat landets 17 kasinon och spelautomater. Planerna på att privatisera el- och vattenbolagen stoppades av en ny regering 1999. Eftersom nationen använder den amerikanska dollarn kan den inte kontrollera sin penningpolitik .