Grzybki XIII pojawiają się w wersji Final Mix gry, gdy świat, w którym żyją, zostanie całkowicie oczyszczony (obejmuje to wszystkie wizyty, jak również pokonanie Xemnasa w The World That Never Was). Zamiast po prostu z nimi walczyć, musisz spełnić pewne warunki. Jeśli uda ci się to zrobić wystarczająco dobrze, przed zniknięciem upuszczą materiały Tranquility oraz kilka rzadkich broni; zrób jeszcze więcej, aby je spełnić, a upuszczą jeszcze więcej materiałów, a także wystrzelą fajerwerki, wskazując ukończenie ostatniego wymagania w Dzienniku Jiminy’ego. Spełnienie ich wszystkich jest jednym z trzech wymagań do Złotej Korony, obok walk z bossami Data Organization XIII i Lingering Will.
Nr 1
Grzyb nr 1 można znaleźć w wieżowcu Memory w The World That Never Was, i reprezentuje on samego nr 1 Organizacji, Xemnasa. Cel tej misji wydaje się prosty, ponieważ Sora musi wylądować 70 trafień w grzyba w ciągu 30 sekund. Jednak, podobnie jak Xemnas, grzyb nie może być atakowany bezpośrednio, ponieważ będzie tylko atakował i tracił czas. Aby ukończyć misję, nie możesz pozwolić, aby grzyb uderzył cię choć raz. Jeśli tak się stanie, wyjdź i wróć do ponownego uruchomienia. Podczas gdy wykonanie polecenia reakcji Reversal wydaje się oczywistym rozwiązaniem, jest ono w rzeczywistości niewystarczające, ponieważ grzyb wykona tylko swój własny Reversal, uwalniając cykl, jeśli Sora go nie powstrzyma. Zamiast tego, musisz odczekać pół sekundy po pojawieniu się komendy Reversal, ponieważ zostanie ona zastąpiona przez Quick Slide; Quick Slide skutecznie dezorientuje grzyba, pozwalając Sorze na wyładowanie na nim kilku uderzeń. Ponownie, może się to wydawać dość proste, ale wyczucie czasu jest kluczowe.
Przejdź w Formę Mądrości, ponieważ jej normalne kombo składające się z dziewięciu ciosów wystarczy za każdym razem, gdy uda ci się zaskoczyć grzyba; atakowanie go częściej spowoduje, że zaatakuje ponownie, tracąc czas. Rozpocznij pojedynek, a zacznie się on od Reversal. Zamiast czekać na pojawienie się polecenia reakcji, obserwuj ruchy grzyba. Natychmiast po tym, jak zakończy swój Reversal, naciśnij 
, aby wykonać Quick Slide. Uderz go dziewięciokrotnym combo, a on ponownie wykona Reversal. Powtarzaj ten schemat, aż uzyskasz 70 trafień. To może wymagać sporej ilości praktyki, ponieważ tak naprawdę chodzi tylko o opanowanie rytmu ruchów grzyba i odpowiednie dopasowanie czasu.
Nr 2
Grzyb Nr 2 można znaleźć na Placu Choinek w Świątecznym Miasteczku. Reprezentuje on Nr 2 Organizacji i prawą rękę Xemnasa, Xigbara. Celem tej misji jest unikanie pocisków grzybów poprzez blokowanie lub unikanie, aż wynik osiągnie 80. Chociaż możesz wykonać to wyzwanie przy pomocy standardowych środków, takich jak Guard lub Aerial Dodge, ale zadanie to jest znacznie łatwiejsze przy użyciu Final Form, ponieważ wiele akcji Final Form (w tym skakanie) blokuje Sorę przed nadchodzącymi atakami. Zacznij od zablokowania się na grzybie po rozpoczęciu pojedynku i przygotuj się na atak, skacząc i przechodząc w stacjonarny Glide (
+ 
bez poruszania drążkiem analogowym). Sora będzie unosił się w miejscu, nie dotykając ziemi tak długo, jak długo jest przytrzymane, i konsekwentnie blokując wszystkie nadchodzące ataki bez żadnego wysiłku z twojej strony – to znaczy, tak długo, jak jesteś skierowany w stronę ataków. Grzyb ma tendencję do poruszania się po polu w miarę upływu czasu, więc poświęć trochę czasu na dostosowanie swojej pozycji przed przyjęciem kolejnego zestawu pocisków.
Alternatywną strategią jest użycie Straży/Reflegii i przywołanie Sticha. Jeżeli grzyb zaatakuje Sorę, Stich ogłuszy go swoją bronią, zanim będzie mógł zaatakować drugi raz, pozwalając Sorze odzyskać pozycję i powrócić do ochrony lub spamowania magią odbicia. Każda z tych strategii sprawi, że pokonanie tego grzyba będzie znacznie łatwiejsze niż powinno być.
Nr 3
Grzyb Nr 3 można znaleźć na moście przed Zamkiem Bestii i reprezentuje on Xaldina. Celem tej misji jest zebranie wszystkich kulek, które grzyb upuszcza, gdy pływa po okolicy. Zazwyczaj będzie poruszał się powoli, zrzucając kilka kulek naraz, ale od czasu do czasu przyspieszy i zrzuci dużą grupę kulek. Upewnij się, że masz przyzwoity kawałek każdej z tych dużych grup, ponieważ są one najważniejsze do zebrania, aby osiągnąć wymagany wynik 450.
Wyposaż Sorę w Keyblade Follow the Wind, otrzymany z Port Royal, umiejętność Draw (tyle, ile jest dla niego dostępnych) oraz Draw Rings (którą można znaleźć w 100 Acre Wood w Rabbit’s House i jest nagrodą za ukończenie zagadki Duality w postaci przepisu na Rare Document, który musi zostać zsyntetyzowany). Możesz teraz użyć Szybkiego biegu (Glide), Szybkiego biegu (Quick Run) lub kombinacji tych dwóch, aby jak najszybciej podążać za grzybem; jest to całkowicie konieczne, ponieważ kule znikają po krótkim czasie. Wejście w Mądrość lub Ostateczną Formę może być konieczne, aby użyć maksymalnego poziomu Szybkiego Biegu i Szybkiego Uślizgu, kosztem niemożności użycia drugiej umiejętności. W tym przypadku, podczas gdy Szybkość jest szybsza, Szybki Bieg jest zalecany, ponieważ Sora może dosięgnąć wszystkich kul, które spadną na ziemię (w przypadku Szybkości, podążanie za grzybem jest konieczne, ponieważ Sora musi dosięgnąć kul zanim spadną na ziemię).
Nr 4
Grzyb Nr 4 można znaleźć przy Bramach Pałacu w Krainie Smoków i reprezentuje Vexen. Celem tej misji jest pokonanie 85 klonów tego grzyba (które można zniszczyć jednym uderzeniem) bez otrzymania obrażeń od niego samego. Grzyby będą pojawiać się ciągle i w seriach na całym obszarze, co może sprawić, że ta misja będzie wydawać się przerażająca. Jednakże, przy odpowiedniej strategii, Nr 4 jest jednym z łatwiejszych grzybów do pokonania.
Podobnie jak w przypadku wielu innych grzybów, Forma Mądrości jest kluczem do pokonania tego grzyba bez żadnych problemów. Wejdź w Wisdom Form (Forma Mądrości), a następnie rozpocznij pojedynek. Poruszaj się po arenie ruchem okrężnym, strzelając non stop. Ponieważ Sora jest w stanie strzelać z dystansu, ślizgając się po ziemi z przyzwoitą prędkością, nie ma potrzeby zatrzymywania się, by zaatakować któregoś z grzybów (dając im tym samym możliwość odwzajemnienia ataku). Po prostu poruszaj się wzdłuż krawędzi areny podczas strzelania i utrzymuj dystans, dopóki nie osiągniesz 85.
Nr 5
Grzyb Nr 5 można znaleźć w Sali Skarbów w Jaskini Cudów w Agrabahu i reprezentuje Lexaeusa. Celem tej misji jest pozbawienie grzyba zdrowia, które będzie przywracane w sposób ciągły, w ciągu 10 sekund. Szybkość ataków, których używasz, aby go pokonać, musi pokonać szybkość, z jaką grzyb się leczy, a także pokonać zegar. Ponownie, może się to wydawać trudnym zadaniem, ale w rzeczywistości istnieje bardzo łatwa strategia pokonania go.
Zacznij od wyposażenia swoich najsilniejszych Keyblade’ów, jednego dla Sory i jednego dla drugiego slotu Keyblade Final Form. Następnie wypełnij sloty na przedmioty Sory wszelkiego rodzaju tanimi przedmiotami, których nie masz nic przeciwko użyciu, takimi jak Mikstury czy Etery (na tym etapie gry Eliksiry powinny okazać się o wiele bardziej przydatne). Upewnij się, że ustawisz je na skrót, aby zaoszczędzić czas. Przejdź do Final Form i rozpocznij pojedynek. Trzymaj się blisko grzyba i użyj dowolnego przedmiotu, który ustawiłeś na sloty przedmiotów oraz na skrót. Obrażenia zadawane podczas używania przedmiotów w Final Form są zaskakująco duże i powinny zniszczyć cel znacznie szybciej niż jakiekolwiek normalne combo w Final Form.
No. 6
Grzyb No. 6 można znaleźć w Atrium Underworld Caverns w Olympus Coliseum i reprezentuje on Zexiona. Podobnie jak Zexion w Chain of Memories, grzyb ten tworzy słabsze klony samego siebie, które pojawiają się wokół areny. Klony te pojawiają się w grupach i muszą zostać pokonane w ciągu 45 sekund. Podobnie jak w przypadku nr 4 i 5, pokonanie tego grzyba tylko z pozoru wydaje się trudnym zadaniem. Użycie odpowiedniej strategii sprawia, że jest to kolejny łatwy grzyb do zaspokojenia.
Użycie magii jest najbardziej efektywnym sposobem na zniszczenie wszystkich klonów z każdej pozycji, ale nawet najsilniejsze zaklęcia Sory nie wystarczą, aby dotrzeć do nich wszystkich na czas. Lekarstwem na to jest Ostateczna Forma, w której cała magia Sory otrzymuje znaczny wzrost zasięgu i siły. Przejdź do Ostatecznej Formy, a następnie rozpocznij pojedynek. Namierz grzyby, gdziekolwiek się znajdują, i użyj Thundagi, gdy się do nich zbliżysz; dzięki Thundadze Sora nie musi być wystarczająco blisko wrogów, aby zaklęcie w nich trafiło (jak w przypadku Firagi) i nie musi celować (jak w przypadku Blizzagi), co czyni ją najlepszą opcją. Kiedy te zostaną zniszczone, zablokuj się ponownie, aby znaleźć następną grupę i ponownie użyj Thundaga. Powtarzaj czynność, aż wszystkie grzyby zostaną pokonane, co powinno się udać w wyznaczonym czasie bez żadnych problemów.
Nr 7
Grzyb Nr 7 można znaleźć w tunelach Twilight Town, które otwierają się dopiero podczas trzeciej wizyty, i reprezentuje on Saïxa. Podobnie jak Saïx, grzyb ten jest zdolny do wpadania w szał, raniąc Sorę, gdy tylko wejdzie z nim w kontakt. Celem jest osuszenie wszystkich jego HP w ciągu 10 sekund, zasadniczo pokonując go i oczyszczając wymagania. Grzyby są nie tylko silne, ale też odrzucają Sorę do tyłu, tracąc czas. Z tego powodu, utrzymanie dystansu od niego jest kluczowe, co sprawia, że użycie ataku strzelającego Wisdom Form lub Thundaga Final Form jest realną strategią. Najprostsza strategia może jednak sprawić, że Sora zostanie trafiony przez wroga raz lub drugi. Niezależnie od tego, kontynuowanie stosowania strategii pomimo ataków, które mogą powstrzymać Sorę, jest stosunkowo łatwym sposobem na szybkie pokonanie Nr 7.
Przejdź do Ostatecznej Formy, a następnie rozpocznij pojedynek. Jak tylko się rozpocznie, rzuć Reflegę. Kontynuuj to, gdyż grzyb będzie ciągle atakował. Kiedy Sora zakończy swoje combo Reflega, będzie on wystawiony na ataki grzyba, co sprawi, że przynajmniej raz zostanie przez niego trafiony. Zignoruj ataki i wróć do spamowania Reflegą. Robienie tego przez resztę walki zada wystarczająco dużo obrażeń, aby pokonać grzyba na czas, usuwając wymóg z Dziennika Jiminy’ego i przybliżając cię o krok do korony.
No. 8
Grzyb nr 8 można znaleźć przed Wieżą, do której można dojechać pociągiem z Dworca Centralnego Twilight Town (dostępny dopiero po trzeciej wizycie), i reprezentuje Axela. Aby zadowolić tego grzyba, trzeba nim żonglować bez dotykania ziemi, ostatecznie odbijając go w powietrze minimum 85 razy. Istnieje kilka strategii, aby to osiągnąć, na przykład użycie Wisdom Form do wystrzelenia go w powietrze lub powietrznych combosów z Horizontal Slash, ale ponieważ te strategie mają tak mały margines błędu, najłatwiejszy sposób polega na użyciu Master Form i Fatal Crest Keyblade. Fatalny Grzebień jest odblokowywany przez zdobycie Pucharu Bogini Losu w podziemiach Koloseum Olimpu.
Wybierz Fatalny Grzebień jako kluczowy miecz Sory, ponieważ daje on Sorze możliwość łączenia nieograniczonych combosów, a także Szarżę Berserka, która zwiększa siłę Sory, podczas gdy jego MP się ładuje. Aby to ułatwić, użyj Curagi (ponieważ zużywa ona cały MP) po przejściu w Master Form. Teraz rozpocznij pojedynek i złap się grzyba, gdy ten wzlatuje w powietrze, atakując go w tym samym momencie, aby rozpocząć powietrzne combo. Dzięki użyciu Fatal Crest, to powietrzne combo nie zakończy się do momentu osiągnięcia celu, więc upewnij się, że podążasz za nim do 85, albo spadnie i będziesz musiał zacząć od nowa. Upewnij się, że wyszedłeś na mapę świata z punktu zapisu w Wieży przed utratą Master Form, aby przywrócić swój Drive Gauge i przejść do następnego grzyba.
No. 9
Grzyb nr 9 można znaleźć przy bramie zamku Hollow Bastion, gdzie walczono z Demyxem. Odpowiednio, nr 9 reprezentuje Demyxa. Celem tej misji jest utrzymanie grzyba wiruje w sumie 75 uderzeń. Osiąga się to przez uderzenie go bez przerwy, coś, co można zrobić z kilku strategii. Jedną z nich jest użycie Fatal Crest Keyblade i jego umiejętności Berserk Charge. Podobnie jak w przypadku No. 8, możliwe jest stworzenie silnego combo bez końca poprzez użycie Curagi, aby zjeść wszystkie MP Sory przed rozpoczęciem pojedynku, a następnie rozpoczęcie od ataku Fatalnym Grzebieniem. Szarża Pozioma również przydaje się przy stosowaniu tej strategii.
Inna strategia polega na użyciu Mądrej Formy i jest nieco prostsza, ponieważ nie wymaga zmiany żadnego sprzętu ani umiejętności Sory. Po prostu przejdź do Wisdom Form, a następnie rozpocznij pojedynek. Zacznij od rzucenia Thundagi, aż Sora wyczerpie MP, a następnie strzelaj, aby utrzymać ją w ruchu. To powinno wystarczyć do osiągnięcia 75 trafień.
Nr 10
Grzyb nr 10 można znaleźć w Księżycowym Zakątku na Isla de Muerta w Port Royal i reprezentuje Luxorda. Podobnie jak Luxord, przemieszcza się w obrębie klonów i wymaga, aby Sora go zauważył. Jest to jeden z najbardziej irytujących grzybów do pokonania, ponieważ nie ma żadnych skrótów do pokonania go, tylko wskazówki. Aby go pokonać, musisz wyssać jego zdrowie w ciągu 55 sekund, choć masz okazję zaatakować go dopiero po tym, jak się przetasuje.
Zacznij od przejścia w Ostateczną Formę, ponieważ pozwala ona Sorze na wyprowadzenie jak największej liczby ciosów w czasie, w którym może atakować. Klony grzyba pojawią się tylko po to, by przelecieć po ekranie, próbując zmylić Sorę i zgubić oryginał. Jeśli masz problemy ze śledzeniem grzyba wzrokiem, co jest całkowicie możliwe, trzymaj się blisko ekranu i rób ciągłe pauzy. Pauzy co sekundę pozwolą ci śledzić jego ruchy z dokładnością do jednej klatki. Dodatkowo, czy pauzujesz czy nie, upewnij się, że trzymasz się z daleka, gdy grzyby zaczną się tasować, ponieważ mogą one przemieszczać się w zakamarki poza zasięgiem twojego wzroku, jeśli Sora jest wystarczająco blisko. Na szczęście, im więcej razy poprawnie (i kolejno) wybierzesz grzyba atakując go, tym więcej czasu będziesz miał na atak. Przy użyciu Formy Ostatecznej, pokonanie go powinno zająć tylko trzy poprawne zgadnięcia.
No. 11
Grzyb nr 11 można znaleźć w Waterway of Timeless River, dostępnym przez drzwi w Hall of the Cornerstone w Zamku Disneya, i reprezentuje on Marluxię. Podobnie jak Marluxia i licznik trafień, który umieszcza nad Sorą, ten grzyb ma licznik trafień nad głową. Jednakże, w przeciwieństwie do walki z Marluxią, ten licznik trafień musi zostać zredukowany do zera, a żeby było jeszcze trudniej, w krótkim czasie dziewiętnastu sekund. Na szczęście, to wyzwanie nie jest tak trudne, jak się wydaje.
Wyposaż się we wszystkie umiejętności Finishing Plus oraz Rumbling Rose Keyblade (który ma dołączoną własną umiejętność Finishing Plus). Przejdź do Wisdom Form i rozpocznij pojedynek, upewniając się, że przez cały czas strzelasz do grzyba. Strategia ta wykorzystuje finiszer Wisdom Form, który zadaje dużą liczbę trafień za pomocą wielu strzałów. Istnieją inne strategie pokonania tego grzyba, ale ta jest najprostsza, zadając więcej niż wystarczającą liczbę trafień w limicie czasu.
Nr 12
Grzyb nr 12 można znaleźć przed Starą Rezydencją poza Miastem Zmierzchu i reprezentuje on Larxene. Ten, podobnie jak nr 1 i nr 10, jest jednym z trudniejszych grzybów do zaspokojenia ze względu na brak skrótów. Celem tej misji jest pokonanie wszystkich klonów, które grzyb ten tworzy na danym obszarze, w sumie 40 klonów, w wyznaczonym czasie. Okazuje się to trudne z powodu wielu kryjówek za kolumnami na całym polu. Upewnij się, aby sprawdzić obie strony pola, jak również przednie drzwi rezydencji i bramy po drugiej stronie, dla grzybów. Aby trafić w każdego grzyba w jak najkrótszym czasie, najlepiej sprawdza się forma Mądrości.
Przejdź do Wisdom Form, a następnie rozpocznij pojedynek. Użyj 
, aby skierować kamerę na pobliskie grzyby i strzelaj. Poruszaj się w tym czasie po polu, aby nie przegapić grzybów po obu jego stronach. W końcu grzyby zaczną unosić się wyżej w powietrze; można do nich strzelać tylko z daleka. Zignoruj je i poszukaj innych grzybów, jeśli sprawiają ci zbyt wiele kłopotów, ponieważ cofanie się po każdy z nich może okazać się stratą czasu. Jest to misja, która może wymagać wielu prób do perfekcji, ale ponieważ jest to ostatni grzyb do zaspokojenia przed numerem 13, praktyka powinna być tego warta.
Nr 13
Grzyb nr 13 można znaleźć w Great Maw of Hollow Bastion, gdzie miała miejsce bitwa 1000 Heartless, i reprezentuje Roxasa. Jeśli zobaczysz w okolicy wszystkie dwanaście grzybów, które będą cię dopingować, po wejściu w światło reflektorów pojawi się polecenie reakcji Look Up. Użyj jej, aby zobaczyć, jak No. 13 schodzi na dół. Użyj innej komendy (tej samej, która pojawia się przy wszystkich innych pojedynkach grzybów – Ready, Go!), a No. 13 nagrodzi cię Kluczem Zwycięzcy i Dowodem Pokoju, przybliżając cię o krok do Złotej Korony, jeśli jeszcze jej nie otrzymałeś.