President- och parlamentsvalen 1999 ansågs av internationella observatörer ha varit fria och rättvisa… Deltagandet av kvinnor och inhemska väljare var högre än på senare tid, även om det fortfarande fanns problem med tillgängligheten till vallokalerna på landsbygden.
Alfonso Portillos jordskredsseger i kombination med en majoritet för Guatemalas republikanska front (FRG) i kongressen antydde möjligheter till snabba lagstiftningsåtgärder. Enligt den guatemalanska konstitutionen från 1985 krävs det dock två tredjedelar av rösterna för att många typer av lagstiftning ska kunna antas. Det är därför inte möjligt att anta sådan lagstiftning enbart med FRG:s röster.
Den politiska balansen rubbades år 2000 när anklagelser uppstod om att FRG olagligt hade ändrat lagstiftning. Efter en utredning upphävde Högsta domstolen de inblandade, däribland kongressens ordförande och FRG-chefen Ríos Montt, sin lagstadgade immunitet för att kunna ställas inför rätta i fallet. Ungefär samtidigt drabbades PAN-oppositionen av en intern splittring och splittrades i fraktioner; detsamma inträffade i ANN. Som ett resultat av detta väntar reformer som är viktiga för att genomföra freden på lagstiftningsåtgärder.
Nya fall av kränkningar av de mänskliga rättigheterna fortsatte att minska, även om våldsamma trakasserier av människorättsaktivister utgjorde en allvarlig utmaning för regeringens auktoritet. Vanlig brottslighet, som förvärras av ett arv av våld och medborgargarden, utgör en annan allvarlig utmaning. Straffrihet är fortfarande ett stort problem, främst på grund av att de demokratiska institutionerna, inklusive de som ansvarar för rättskipningen, endast har utvecklat en begränsad förmåga att hantera detta arv. Regeringen har förklarat att det kommer att krävas fram till 2002 för att uppnå målet att öka skattebördan (som för närvarande ligger på cirka 10 % av BNP, vilket är lägst i regionen) till 12 % av BNP.
Under presidentvalskampanjen organiserade FRG det som senare skulle komma att bli känt som Svarta torsdagen (Jueves negro). FRG organiserade sina partisaner från landet och förde dem till staden. FRG gav dem transportmedel, mat, ett skydd för natten och meterlånga pinnar. Med dessa pinnar sprang deltagarna genom gatorna och ställde till med förödelse i den offentliga infrastrukturen. Under denna dag dödades en journalist från Prensa Libre (en ledande tidning).
Medierna, som har en tradition av att vara oberoende och fria, tog det mycket personligt och under den följande månaden handlade alla rubriker om dessa händelser och det styrande partiets deltagande i denna skräckdag. FRG protesterade mot TSE:s (högsta valdomstolen) beslut att utesluta FRG:s kandidat Efrain Rios Mont från valet. TSE hävdade att han som formell kuppmakare enligt konstitutionen var förbjuden att någonsin bli president. FRG hävdade att eftersom de händelser i vilka den före detta generalen deltog före konstitutionen, var han berättigad till presidentämbetet. Det sunda förnuftet hävdade att om en sådan klausul inte var retroaktiv till sin natur skulle den inte ha någon poäng.
Då 2004 Óscar Berger från GANA (en koalition av politiska partier snarare än ett enskilt) vann valen är det viktigt att notera att detta var den första regeringen i det demokratiska Guatemalas historia som inte hade en överväldigande majoritet i kongressen. Efter att han tillträdde i januari 2004 offentliggjordes det att FRG hade plundrat regeringen vilt och gått så långt som till att stjäla datorutrustning och föremål av historisk betydelse. Alfonso Portillo flydde till Mexiko med en imponerande summa pengar som stulits från militära fonder, det nationella sjukhuset och skattemyndigheten. Guatemala gjorde en formell begäran om att Portillo skulle utvisas för att ställas inför rätta för förskingring, men Mexiko har aldrig återkallat diplomatisk asyl när den väl har beviljats en person.
Trots att konstitutionen inte säger något om det leder vicepresidenten regeringen som en premiärminister medan presidenten tar hand om utrikesfrågor, detta kan ses regelbundet då vicepresidenten ersätter presidenten vid många evenemang som traditionellt sett leds av republikens president.
Kriminaliteten har nått svindlande proportioner: cirka 200 mord per månad och det börjar påverka ekonomin eftersom många företag föredrar att lämna landet framför att möta den växande korruptionen och osäkerheten. Ett betydande problem är det pågående gängkriget mellan M18 (Mara Dieciocho) och MS (Mara Salvatrucha). Dessa är två rivaliserande gatugrupper som består av löst sammanlänkade internationella franchiseorganisationer, som utövar en makt som påminner om den amerikanska maffian på 1930-talet och som för tillfället befinner sig ovanför lagens räckvidd. De håller territorium under sin kontroll och utpressar ”skatter” (la renta) från det.
De är ännu inte inblandade i organiserad handel på hög nivå. Den branschen tillhör en annan klass av organiserad brottslighet i Guatemala, där mexikanska smugglare och högt uppsatta guatemalanska polistjänstemän regelbundet gör rubriker när de ertappas med hundratals kilo kokain.
Fenomenet mara uppstod i USA på 1980-talet, närmare bestämt i Los Angeles, bland flyktingar som flydde från inbördeskrig i El Salvador och Guatemala. Senare utvisades många medlemmar av mara från USA till sina ursprungsländer, och under 1990-talet har detta bidragit till att underblåsa spridningen av de två gängen över USA, Mexiko, El Salvador, Guatemala, Honduras och till och med Italien och Spanien. Det finns en zon i Guatemala City, ”El Gallito”, som erkänns vara utanför regeringens kontroll, den tillhör de drogbaroner som bor där. Barrio ”El Gallito” ligger i zon 3, 3 km från nationalpalatset där regeringens kontor ligger.
Droghandeln har nått svindlande proportioner i Guatemala och korruptionen sträcker sig till toppositioner i många grenar av regeringen. Olika narko-maffior tävlar om kontrollen över de avlägsna nordliga djungelområdena i Petén, där droger, vapen och människor alla korsar gränsen till Mexiko, oftast på väg till USA. Narkotikahandeln är utan tvekan det största hotet mot den politiska friheten i Guatemala i dag.
Guatemala plågas av lynchningar som allvarligt fläckar landets människorättsliga meritlista som en kränkning av rättssäkerheten.
Berger-administrationen har i vissa kretsar hyllats för sitt arbete med decentralisering. Guatemala har alltid varit en starkt centraliserad stat och administrationen försökte stoppa huvudstadens växande överhöghet. Till exempel har administrationen engagerat sig i mobila kabinett där presidenten och alla hans ministrar åker ut i landet och byter maktens säte med jämna mellanrum, för att vara ”närmare folket”.
Administrationen står inför allt större ekonomiska svårigheter, eventuellt delvis på grund av att 60 % av befolkningen betraktas som ”fattiga” och därför inte är berättigade till beskattning. SAT (superintendence of tributary administration), skattemyndigheten, är därför skyldig att beskatta medelklassen, som börjar lida under bördan. SAT har blivit sträng i sin tillämpning av lagen och försöker få fullt straff i form av fängelsestraff för skatteflykt.
I september 2006 tog PNC (den civila nationella polisen), i en gemensam aktion med den nationella militären, Pavon-fängelset med storm, ett fängelse med 1 500 fångar som fram till dess inte hade tagits i anspråk på tio år och som var en knutpunkt för brottslig verksamhet. Några fångar, vakten till chefen för den maffia som styrde fängelset och ledaren själv gjorde motstånd mot lagstyrkornas anstormning med AK-47 och handeldvapen, de blev massakrerade. Omkring 3 000 infanterister och 4 stridsvagnar deltog i aktionen. Detta var en milstolpe i Guatemalas historia och skapade nationella rubriker.
2006 splittrades GANA inför valet 2007. Den splittrades i många partier, vilket skadade regeringens förmåga att få igenom lagstiftning i kongressen.
I den andra omgången av presidentvalet i november 2007 valdes Álvaro Colom från UNE till president och besegrade f.d. general Otto Perez Molina från PP. Och 2011 vann den pensionerade generalen Otto Pérez Molina från Patriotiska partiet presidentvalet i en omgång mot populisten Manuel Baldizón från partiet LIDER. Pérez Molina tillträdde den 14 januari 2012, och hans vicepresident är Roxana Baldetti.