Ché Café foi fundado em 1980 por vários alunos da UCSD, incluindo Scott Kessler, Ruth Rominger, Kim Higgs, e Joy Every. O nome “Ché” em “Ché Café” não é apenas um aceno para o falecido revolucionário argentino Che Guevara, mas é também um backronym para “Cheap Healthy Eats” (Comidas Saudáveis Baratas). Este último nome foi registrado na administração universitária numa tentativa de evitar o escrutínio político.
Durante os anos 80, os membros coletivos começaram a receber shows de reggae e punk rock, e nos anos 90, o espaço se tornou um grampo internacionalmente reconhecido da cena hardcore/punk/post-punk/indie rock. Hoje, o Ché funciona principalmente como um local para uma variedade de gêneros musicais, muitos baseados em torno da ética do DIY, e é uma operação de cafeteria e catering vegan. Ele também atua como um recurso para os departamentos de música e arte no campus através da hospedagem de shows de arte, performances e exibições de filmes.
Entre em choque com a administração da UCSDEdit
Apesar do apoio inicial da universidade às cooperativas da UCSD, a relação entre a universidade e as cooperativas estudantis tem estado em declínio, com melhorias recentes feitas através da mediação desde 2003. O Ché Café, em particular, tem tido por um longo tempo um relacionamento muito tenso com a universidade, e como com as outras cooperativas, tem havido numerosas tentativas feitas pela universidade para fechar o espaço.
Na primavera de 2000, a UCSD tentou fechar o espaço mudando as fechaduras sem o consentimento dos membros, o que resultou em um bloqueio por parte dos membros e apoiadores. A administração da UCSD citou como motivação uma luta que ocorreu entre dois patrocinadores em um show em que um deles ficou ferido (embora tenha havido muita discrepância quanto ao que realmente aconteceu). Após o lock-in, a universidade tentou forçar o Ché a contratar seguranças para cada show, mas mais tarde foi decidido que a universidade não tinha tal autoridade sob o memorando de entendimento de 1993 entre as cooperativas e a universidade.
Em 2002, o Ché concordou em patrocinar o projeto web do coletivo BURN! BURN! era um diretório de sites radicais, listas de discussão, e recursos. O diretório BURN! incluía links para as páginas web das Forças Armadas Revolucionárias da Colômbia (FARC), uma organização terrorista estrangeira designada pelo Departamento de Estado dos Estados Unidos e o Partido dos Trabalhadores do Curdistão. Isto seria expandido pelo então jornal escolar The California Review em 2002, quando revelaram que o Movimento Revolucionário Túpac Amaru também estaria no servidor. Em 2004, a administração da UCSD recebeu uma queixa sobre a ligação, acusou os membros do núcleo do Ché Café de fornecer “apoio material” às FARC, violando o Patriot Act dos EUA, e ameaçou com uma ação disciplinar. Em arbitragem, foi determinado que o projeto BURN! não estava hospedando o site das FARC, simplesmente ligando-se a ele, e assim a Universidade posteriormente abandonou suas ameaças contra os membros do Ché Café.
Em 21 de outubro de 2014, o Tribunal Superior do Condado de San Diego decidiu a favor do pedido de despejo da UCSD em direção ao café. O Ché Café recebeu uma notificação de que tinha que deixar o local dentro de cinco dias. O motivo do despejo alegado pela universidade dizia respeito a questões de segurança não comprovadas. Após esta decisão, a UCSD notificou o local com uma notificação de despejo em 17 de março de 2015. Após esta data, o Ché Café estava sob ocupação 24/7, desafiando a ordem judicial. Em julho de 2015, apoiadores do Ché Café reuniram-se com o chanceler da UCSD, Pradeep Khosla, e após isso, a universidade anunciou uma permanência de 45 dias de despejo e concordou em financiar uma inspeção profissional do edifício para avaliar quaisquer reparos e manutenção necessários.
Vão assinar mais tarde um novo contrato de arrendamento após alguma renovação em 2017. Não seria até 2018 que o Café terminaria sua renovação e reabriria como um local.