Clonorchiasis é uma doença parasitária de alta importância para a saúde pública em muitos países do sudeste asiático e é causada pela gripe do fígado chinesa Clonorchis sinensis. No entanto, a estrutura genética e a história demográfica das suas populações não tem sido suficientemente estudada em toda a área geográfica da espécie e os dados disponíveis são baseados principalmente no sequenciamento genético parcial. Neste estudo, exploramos pela primeira vez a diversidade genética da subunidade completa 1560 bp citocromo c oxidase 1 (cox1) para populações isoladas geograficamente de C. sinensis na Rússia e Vietnã. Os resultados demonstraram baixa diferenciação nucleotídica e alta diferenciação haplótipo dentro e entre as duas regiões comparadas e um vetor geográfico claro para a distribuição dos padrões de diversidade genética entre as populações estudadas. Estes resultados sugerem uma profunda adaptação local do parasita ao seu ambiente, incluindo hospedeiros intermediários e a existência de fluxo gênico em toda a variedade da espécie. Adicionalmente, previmos uma substituição de aminoácidos no local funcional da proteína COX1 entre as populações vietnamitas, que foram relatadas como sendo de difícil tratamento com praziquantel. As redes de haplótipos consistiram de várias linhagens filogenéticas específicas da região, cuja formação poderia ter ocorrido durante as penúltimas glaciações mais extensas da época do Pleistoceno. Os padrões de diversidade genética e demográfica são consistentes com o crescimento populacional da fasciolose hepática no Pleistoceno tardio após o Último Máximo Glacial, indicando a falta de um estrangulamento populacional durante o passado recente na história da espécie. Os dados obtidos têm implicações importantes para a compreensão da filogeografia de C. sinensis, suas interações hospedeiro-parasita, a capacidade deste parasita de desenvolver resistência aos medicamentos e a epidemiologia da clonorquíase sob as mudanças climáticas globais.
