James II ficou apreensivo com os modos cada vez mais independentes das colônias da Nova Inglaterra; ele e outros oficiais britânicos ficaram particularmente aborrecidos com o desrespeito aberto dos Atos de Navegação. A contínua ameaça militar representada pelos franceses e seus aliados indianos na América do Norte foi uma razão adicional para reforçar o controle das colônias. Em 1686, toda a Nova Inglaterra foi unida numa fusão administrativa, o Dominion of New England; dois anos mais tarde, Nova Iorque e ambas as New Jerseys foram acrescentadas. A criação desta agência foi considerada na Grã-Bretanha como um movimento pensativo e não como uma medida punitiva. A unificação das colônias do norte para fins de defesa e controle administrativo foi vista de maneira diferente na América. Os colonos tinham participado anteriormente na Nova Inglaterra. Joseph Dudley serviu brevemente como o primeiro presidente do Dominion, mas foi substituído por Sir Edmund Andros. Um soldado experiente e servidor público dedicado, Andros, no entanto, não tinha o bom senso e as habilidades pessoais para ser bem sucedido em sua nova posição. Ele seguiu suas ordens assiduamente, terminando com as assembléias locais, tributando os colonos sem o consentimento de seus representantes, e tentando vigorosamente acabar com o contrabando através da aplicação rigorosa das Leis de Navegação.Massachusetts não foi a única colônia em que o Domínio causou furor. Em 1687, Andros ficou tão irritado com a falha de Connecticut em cooperar com o novo regime que ele e os retentores armados tentaram tomar posse física do alvará da colônia. De acordo com a lenda, os colonos de Connecticut esconderam o documento dentro de uma fenda de um velho carvalho.* 
O Dominion teve pouco sucesso, devido em grande parte à intransigência colonial. Os comerciantes da Nova Inglaterra há muito que tinham feito do contrabando um modo de vida e resistiram amargamente a mudanças que poderiam afectar as suas fontes de rendimento. Os esforços de Andros para unificar as respostas militares coloniais eram ainda incipientes devido à sua incapacidade de fornecer muito em termos de financiamento e de armas. O Dominion parou abruptamente em 1689, quando chegaram às colónias notícias sobre a remoção de James II do trono na Revolução Gloriosa. O fracasso do Dominion of New England mudou temporariamente as atitudes de muitos oficiais britânicos em relação às colónias americanas. Um período de “negligência salutar” prevaleceu no final do século XVII e início do século XVIII. Alguns em autoridade acreditaram que havia uma sabedoria maior na tentativa de incentivar relações comerciais com as colônias do que na intromissão em seus assuntos governamentais. Os colonos retomariam a questão da ação unificada no Primeiro Congresso Continental (1774) – mas essa integração foi uma decisão americana, não imposta pela pátria.
*O “Carvalho Carta” ficou na propriedade de Wyllys em Hartford até ser derrubado por uma tempestade de vento em 1856.