Na eleição de 1977 ele se tornou o primeiro prefeito afro-americano de Nova Orleans ao derrotar o vereador Joseph V. DiRosa, um colega democrata aliado ao ex-prefeito Victor Schiro, por um voto de 90.500 a 84.300. O Morial ganhou com 95% dos votos dos negros e 20% dos brancos, que vieram principalmente das zonas de classe média e alta de Uptown. Ele venceu esta eleição sem o apoio de grandes organizações políticas negras locais, como SOUL e COUP. Durante a maior parte da campanha eleitoral, Morial foi visto pela maioria dos comentaristas como um candidato estraga-prazeres com poucas chances de vitória. Morial foi uma figura polarizadora como prefeito de Nova Orleans.
Morial travou longas batalhas políticas com a Câmara Municipal, liderada pelo seu arqui-inimigo Sidney Barthelemy, e com COUP, a organização política de Barthelemy. Ele passou grande parte de seu tempo como prefeito tentando aumentar a força e influência do gabinete do prefeito sobre órgãos governamentais independentes e estatais, como o Sewerage and Water Board e o Dock Board (órgão supervisor do Porto de Nova Orleans), um esforço que ele descreveu como uma democratização da governança da cidade. Ele construiu uma poderosa máquina de patrocínio usando funcionários não classificados da cidade e a usou para derrotar adversários na legislatura estadual – incluindo Hank Braden, Louis Charbonnet e Nick Connor – ao patrocinar pessoalmente desafiadores pouco conhecidos. Em 1978, Braden e Charbonnet competiram por uma vaga no Senado estadual, que Braden reivindicou por uma margem de 14 votos.
Em seu primeiro mandato, Morial enfrentou uma greve dos trabalhadores do saneamento e uma greve da polícia que o levou a cancelar a temporada de desfile do Carnaval de 1979. O sindicato da polícia apostou, entre os seus membros, que uma greve coincidente com o Carnaval obrigaria a cidade a conceder muitas das suas exigências, mas Morial recusou-se a ceder e foi apoiado pelos líderes de muitos dos carnavalescos da cidade. Os krewes de Nova Orleans cancelaram os seus desfiles nesse ano ou mudaram-nos para os subúrbios de outras paróquias. Emblemático da posição de linha dura do Morial em relação aos grevistas da polícia foi o gesto napoleónico que ele fez ao colocar o braço dentro do casaco e ao fazer uma pose caracteristicamente belicosa ao anunciar que estava a cancelar o Carnaval.
A maior parte das realizações do Morial ocorreram no seu primeiro mandato como presidente da câmara. Expandindo os esforços de seu predecessor Moon Landrieu, Morial redobrou o compromisso da cidade com a ação afirmativa na contratação de trabalhadores da cidade e introduziu cotas de contratação minoritária para empreiteiros da cidade. A proporção de empregados negros na força de trabalho da cidade aumentou de 40% em 1977 para 53% em 1985 sob a posse do Morial. Sob a administração do Morial, o número de funcionários negros no NOPD foi aumentado para perfazer um terço da força. Mas os contínuos incidentes de brutalidade policial – principalmente o assassinato de quatro negros em Argel em 1980 – prejudicaram a reputação do Morial na comunidade negra.
Morial foi responsável pela obtenção de financiamento federal da Ação de Desenvolvimento Urbano (UDAG) para vários grandes projetos, incluindo o Canal Place e o desenvolvimento da Cervejaria Jax no Bairro Francês. Ele continuou a apoiar a ênfase do prefeito anterior Moon Landrieu no turismo e tentou diversificar a economia, desenvolvendo o Distrito Industrial Almonaster-Michoud em Nova Orleans Leste, agora chamado de Parque Empresarial Regional de Nova Orleans. O centro de Nova Orleans passou por um impressionante boom imobiliário, com múltiplas torres de escritórios construídas para abrigar a sede, ou grandes escritórios regionais, para empresas como Freeport-McMoRan, Pan American Life Insurance, Exxon, Chevron, Gulf Oil, Amoco, Mobil, Murphy Oil e Texaco. Em meados dos anos 80, estas empresas, com outros grandes empregadores, como a Royal Dutch Shell, Louisiana Land and Exploration e McDermott International, empregavam milhares de trabalhadores de colarinho branco no centro da cidade, com milhares mais empregados por outros que lhes prestavam serviços. Devido a uma multiplicidade de fatores, incluindo a Quebra do Petróleo (1986), as inexoráveis fusões e downsizing corporativos e o apoio menos eficaz dos departamentos de desenvolvimento econômico das administrações subseqüentes, nenhuma dessas empresas, ou suas sucessoras, mantém hoje uma grande presença em Nova Orleans – exceto a Shell e a Pan American Life Insurance.
Morial ganhou seu segundo mandato no segundo turno das eleições de março de 1982 com o companheiro democrata Ron Faucheux, um jovem branco membro democrata da Câmara dos Deputados de Nova Orleans East, na Louisiana. Morial prevaleceu, 100.703 votos (53,2%) para os 88.583 de Faucheux (46,8%). Faucheux mais tarde se tornou um consultor político conhecido nacionalmente e pundit.
Pelo segundo mandato do Morial, a economia da cidade estava diminuindo e o aumento do conflito com a Câmara Municipal levou a uma diminuição da capacidade da administração do Morial de governar efetivamente. A Feira Mundial de 1984, que aconteceu a meio do segundo mandato do Morial, foi um vergonhoso desastre financeiro que foi comentado negativamente a nível nacional. A Feira Mundial declarou falência enquanto ainda operava e falhou em pagar muitos empreiteiros, ferindo mortalmente numerosas empresas de design e construção baseadas em Nova Orleans. Mais genericamente, o fracasso financeiro da Feira Mundial minou severamente a moral da comunidade e pressagiou os tempos difíceis da quebra do petróleo de 1986.
Após servir dois mandatos como prefeito, o Morial foi impedido pela carta da cidade de buscar um terceiro mandato. Ele tentou por duas vezes convencer os eleitores a mudar o alvará para permitir que ele se candidatasse novamente, mas ambas as propostas foram vencidas. A força política de Morial não terminou depois que ele deixou a prefeitura em 1986. Ele considerou concorrer novamente para prefeito na eleição de 1990, e sua morte súbita em 1989 durante a campanha eleitoral influenciou a reeleição do prefeito Barthelemy, já que Morial morreu antes que ele pudesse endossar um oponente.