Nos Estados Unidos, a presidência de O’Mahony sobre a Irmandade Fenian estava a ser cada vez mais desafiada por William R. Roberts. Ambas as facções fenianas levantaram dinheiro através da emissão de títulos em nome da “República Irlandesa”, que foram comprados pelos fiéis na expectativa de serem honrados quando a Irlanda deveria ser “Uma Nação Mais Uma Vez”. Estes títulos deveriam ser resgatados “seis meses após o reconhecimento da independência da Irlanda”. Centenas de milhares de imigrantes irlandeses subscreveram.
Foram compradas grandes quantidades de armas, e foram feitos abertamente preparativos pela facção Roberts para uma série coordenada de incursões no Canadá, que o governo dos Estados Unidos não tomou grandes medidas para evitar. Muitos na administração dos EUA não estavam indispostos ao movimento por causa do fracasso da Grã-Bretanha em apoiar a União durante a guerra civil. O “Secretário de Guerra” de Roberts foi o General T. W. Sweeny, que foi retirado da lista do exército americano de janeiro de 1866 a novembro de 1866 para lhe permitir organizar as batidas. O objetivo dessas batidas era tomar a rede de transporte do Canadá, com a idéia de que isso forçaria os britânicos a trocar a liberdade da Irlanda pela posse da sua província do Canadá. Antes da invasão, os Fenianos tinham recebido alguma inteligência de simpatizantes dentro do Canadá, mas não receberam apoio de todos os católicos irlandeses que viam as invasões como uma ameaça à emergente soberania canadense.
Em abril de 1866, sob o comando de John O’Mahony, um bando de mais de 700 membros da Irmandade Feniana chegou à costa do Maine, em frente à ilha, com a intenção de confiscar Campobello dos britânicos. Os navios de guerra britânicos de Halifax, Nova Escócia, entraram rapidamente em cena e uma força militar dispersou os Fenianos. Esta acção serviu para reforçar a ideia de protecção de New Brunswick, juntando-se às colónias britânicas norte-americanas da Nova Escócia, Canada East e Canada West na Confederação para formar o Dominion of Canada.
O comando da expedição em Buffalo, Nova Iorque, foi confiado por Roberts ao Coronel John O’Neill, que atravessou o rio Niágara (o Niágara é a fronteira internacional) à frente de pelo menos 800 homens (figura de O’Neill; geralmente relatada como até 1.500 em fontes canadenses) na noite e na manhã de 31 de maio/1 de junho de 1866, e capturaram brevemente o Forte Erie, derrotando uma força canadense em Ridgeway. Muitos destes homens, incluindo O’Neill, eram veteranos da guerra civil americana. No final, a invasão tinha sido quebrada pela subsequente interrupção das linhas de abastecimento de Fenian através do rio Niagara pelas autoridades americanas e pelas prisões de reforços Fenian que tentavam atravessar o rio para o Canadá. É improvável que, com uma força tão pequena, eles tivessem atingido seu objetivo.
Outras tentativas de invasão fenianas ocorreram ao longo da semana seguinte no Vale de St. Como muitas das armas tinham sido entretanto confiscadas pelo exército americano, relativamente poucos destes homens se envolveram realmente nos combates. Houve mesmo um pequeno ataque feniano a um edifício de armazenamento que conseguiu recuperar algumas armas que tinham sido apreendidas pelo exército dos EUA. Muitos acabaram por ser devolvidos de qualquer forma por oficiais simpáticos.
Para tirar os Fenians da área, tanto em St. Lawrence como em Buffalo, o governo dos EUA comprou bilhetes de comboio para os Fenians regressarem às suas casas se os indivíduos envolvidos prometessem não invadir mais nenhum país dos Estados Unidos. Muitas das armas foram devolvidas mais tarde, se a pessoa que as reivindicou pudesse postar vínculo que não seriam usadas para invadir o Canadá novamente, embora algumas tenham sido possivelmente usadas nas batidas que se seguiram.
Em dezembro de 1867, O’Neill tornou-se presidente da facção Roberts da Irmandade Fenian, que no ano seguinte realizou uma grande convenção na Filadélfia, com a participação de mais de 400 delegados devidamente credenciados, enquanto 6.000 soldados fenianos, armados e fardados, desfilavam pelas ruas. Nesta convenção, foi concebida a segunda invasão do Canadá. A notícia da explosão do Clerkenwell foi um forte incentivo para uma política vigorosa. Henri Le Caron, que, embora atuando como agente secreto do governo britânico, ocupava o cargo de “Inspetor-Geral do Exército Republicano Irlandês”, afirma ter distribuído quinze mil estandes de armas e quase três milhões de munições aos cuidados dos muitos homens de confiança estacionados entre Ogdensburg, Nova York e St. Albans, Vermont, em preparação para a invasão pretendida. Ocorreu em abril de 1870 e provou ser um fracasso tão rápido e completo quanto a tentativa de 1866. Os Fenians sob o comando de O’Neill cruzaram a fronteira canadense perto de Franklin, Vermont, mas foram dispersos por um único voleibol de voluntários canadenses. O próprio O’Neill foi prendido prontamente pelas autoridades dos Estados Unidos agindo sob as ordens do Presidente Ulysses S. Grant.
Após renunciar ao cargo de presidente da Irmandade Fenian, John O’Neill tentou, sem sucesso, uma incursão não sancionada em 1871, juntando as forças dos seus restantes apoiantes fenianos com os membros exilados da Rebelião do Rio Vermelho. O grupo de ataque atravessou a fronteira para Manitoba em Pembina, Território Dakota e tomou posse do posto comercial da Hudson’s Bay Company, do lado canadense. Soldados americanos do forte de Pembina, com permissão do oficial canadense Gilbert McMicken, cruzaram a fronteira para o Canadá e prenderam os invasores fenianos sem resistência.
A ameaça feniana provocou chamadas para a confederação canadense. A Confederação vinha trabalhando há anos, mas só foi implementada em 1867, no ano seguinte às primeiras batidas. Em 1868, um simpatizante feniano assassinou o político irlandês-canadiano Thomas D’Arcy McGee em Ottawa pela sua condenação das rusgas.
O medo do ataque feniano assolou o Baixo Continente da Colúmbia Britânica durante a década de 1880, pois a Irmandade Fenian estava a organizar activamente em Washington e no Oregon, mas as rusgas nunca se concretizaram. Na inauguração da linha principal da Canadian Pacific Railway em 1885, fotos tiradas da ocasião mostram três grandes navios de guerra britânicos sentados no porto ao largo da Railhead e suas docas. A sua presença foi explicitamente devido à ameaça de ataque ou terrorismo feniano, assim como o grande número de tropas no primeiro comboio.