Jan Baptista van Helmont nasceu de uma família nobre em Bruxelas em Janeiro de 1579. Estudou os clássicos na Universidade de Lovaina até 1594, mas não aceitou um diploma porque considerava as honras académicas uma mera vaidade. Ele também estudou aspectos de magia e filosofia mística em cursos dados por professores jesuítas em sua escola recentemente fundada em Lovaina, e então ele se voltou para o estudo de escritores espirituais místicos como Thomas à Kempis. Insatisfeito com todos esses estudos, ele se voltou para a medicina. Em seu novo empreendimento foi inspirado pelo zelo religioso e pelo desejo de estar a serviço da sociedade.
Após obter sua licença para exercer, Van Helmont foi convidado para dar uma palestra sobre cirurgia na Universidade de Lovaina. Entretanto, ele contraiu um caso de sarna e considerou o tratamento ortodoxo por purgantes severos como debilitante e ineficaz. Ele acabou sendo curado pelos remédios minerais paracelianos, mas enquanto isso, desiludido com a ciência médica da época, Van Helmont abandonou sua carreira médica e por 10 anos viajou pela Europa. Casou-se com uma nobre e rica mulher, Margaret van Ranst, em 1609, e instalou-se numa propriedade em Vilvorde, perto de Bruxelas, para se dedicar à filosofia química.
Na sequência da publicação do seu tratado sobre a cura magnética das feridas, dirigido contra um jesuíta, Van Helmont chegou ao conhecimento da Inquisição. Uma acusação foi feita contra ele, e este caso lançou uma sombra sobre o resto de sua vida, que terminou em 30 de dezembro de 1644; ele não foi absolvido até 2 anos após sua morte. Essa circunstância possivelmente o fez relutar em publicar muito durante sua vida. Seu filho Franciscus Mercurius publicou seus trabalhos postumamente em 1648 sob o título Ortus medicinae (Origens da Medicina).
Van Helmont viveu precisamente naquela época do século XVII, quando o método científico moderno baseado na observação e na experiência estava sendo forjado, mas até agora a ciência não foi identificada nem única nem exclusivamente com esta abordagem. Para Van Helmont o conhecimento era um dom divino de Deus: não havia uma maneira de entender a criação; o homem tinha que utilizar todos os meios que Deus lhe tinha dado, incluindo o estudo das Escrituras, oração, meditação, iluminação mística e observação direta da natureza. Como a maioria dos paracelenses, Van Helmont desconfiava do modo dialético de raciocínio que os filósofos escolásticos da Idade Média utilizavam e da filosofia natural dos gregos. A experiência, tanto mística como empírica, era o caminho para o conhecimento, não o raciocínio verbal.