As eleições presidenciais e legislativas de 1999 foram consideradas pelos observadores internacionais como tendo sido livres e justas… A participação das mulheres e dos eleitores indígenas foi maior do que no passado recente, apesar de permanecerem preocupações quanto à acessibilidade dos locais de votação nas áreas rurais.
Alfonso Portillo’s landslide victory combined with a Guatemala Republican Front (FRG) majority in Congress suggested possibilities for rapid legislative action. No entanto, segundo a Constituição guatemalteca de 1985, a aprovação de muitos tipos de legislação requer dois terços dos votos. A aprovação de tal legislação não é possível, portanto, apenas com votos da FRG.
O equilíbrio político foi perturbado em 2000 quando alegações surgiram de que a FRG tinha alterado ilegalmente a legislação. Após uma investigação, a Suprema Corte retirou aos envolvidos, incluindo o presidente do Congresso e chefe da FRG, Ríos Montt, a sua imunidade legislativa para enfrentar acusações no caso. Ao mesmo tempo, a oposição do PAN sofreu uma cisão interna e se dividiu em facções; o mesmo ocorreu na ANN. Como resultado, reformas essenciais para a implementação da paz aguardam ação legislativa.
Novos casos de abuso dos direitos humanos continuaram a diminuir, embora o assédio violento aos trabalhadores dos direitos humanos tenha representado um sério desafio à autoridade governamental. O crime comum, agravado por um legado de violência e justiça vigilante, apresenta outro sério desafio. A impunidade continua a ser um grande problema, principalmente porque as instituições democráticas, incluindo as responsáveis pela administração da justiça, desenvolveram apenas uma capacidade limitada para lidar com esse legado. O governo declarou que precisará até 2002 para cumprir a meta de aumentar sua carga tributária (cerca de 10% do PIB, atualmente a mais baixa da região) para 12% do PIB.
Durante a corrida presidencial, a RFG organizou o que mais tarde será conhecido como Quinta-Feira Negra (Jueves negro). A RFG organizou seus partidários do campo e os trouxe para a cidade. A RFG deu-lhes transporte, comida, um abrigo para a noite, e paus de metro. Com estes paus, os participantes correram pelas ruas, causando estragos na infra-estrutura pública. Durante este dia foi morto um jornalista do Prensa Libre (um dos principais jornais).
A mídia, que tem a tradição de ser independente e livre, levou-o muito pessoalmente e para o mês seguinte, cada manchete foi sobre estes eventos, e a participação do partido no poder neste dia de terror. A FRG protestou contra a decisão do TSE (Supremo Tribunal Eleitoral) de proibir o candidato da FRG Efrain Rios Mont de participar na corrida. O TSE argumentou que, como golpe de Estado formal, ele foi banido pela constituição de se tornar presidente. O FRG argumentou que, como os eventos em que o ex-general participou eram anteriores à constituição, ele era elegível para o cargo presidencial. O senso comum argumentou que se tal cláusula não fosse retroativa por natureza não teria ponto.
Desde 2004 Óscar Berger do GANA (uma coalizão de partidos políticos em vez de uma única) venceu as eleições, é importante notar que este foi o primeiro governo na história da Guatemala democrática que não teve uma maioria esmagadora no Congresso. Depois de tomar posse em janeiro de 2004, foi tornado público que a RFG havia saqueado o governo indo ao extremo de roubar equipamentos de informática e objetos de importância histórica. Alfonso Portillo fugiu para o México com uma impressionante quantidade de dinheiro roubado de fundos militares, do hospital nacional e do serviço de receitas. A Guatemala fez um pedido formal de deportação de Portillo para enfrentar acusações de desvio de fundos, no entanto, o México nunca revogou o asilo diplomático uma vez concedido a uma pessoa.
Embora a constituição não diga nada sobre isso, o vice-presidente dirige o governo como um primeiro-ministro enquanto o presidente lida com as relações exteriores, isso pode ser visto regularmente como o vice-presidente representa o presidente em muitos eventos que são tradicionalmente presididos pelo presidente da República.
A criminalidade atingiu proporções surpreendentes: cerca de 200 assassinatos por mês e está começando a afetar a economia, pois muitas empresas preferem deixar o país do que enfrentar a crescente corrupção e insegurança. Um problema significativo é a guerra de gangues em curso entre a M18 (Mara Dieciocho) e a EM (Mara Salvatrucha). Trata-se de duas gangues de rua rivais, compostas por organizações internacionais de franquia pouco ligadas, que exercem um poder algo parecido com o da máfia americana dos anos 30 e que, de momento, estão acima e além do alcance da lei. Eles mantêm território sob seu controle e extorquem “impostos” (la renta) dele.
Não estão ainda envolvidos em tráfico organizado de alto nível. Essa indústria é de uma classe diferente de crime organizado na Guatemala, com contrabandistas mexicanos e oficiais da polícia guatemalteca de alto nível fazendo regularmente manchetes com centenas de quilos de cocaína.
O fenômeno mara teve origem nos Estados Unidos nos anos 80, especificamente em Los Angeles, entre os refugiados que fogem das guerras civis em El Salvador e Guatemala. Mais tarde muitos membros das maras foram deportados dos Estados Unidos para seus países de origem, e durante os anos 90 isso ajudou a alimentar a disseminação das duas gangues pelos Estados Unidos, México, El Salvador, Guatemala, Honduras e até mesmo Itália e Espanha. Existe uma zona da Cidade da Guatemala, “El Gallito”, que é reconhecida como estando fora do controle do governo, pertence aos senhores da droga que a habitam. O Bairro “El Gallito” está localizado na Zona 3, a 2 milhas do Palácio Nacional onde estão localizados os escritórios do Governo.
Tráfico de drogas atingiu proporções espantosas na Guatemala, com a corrupção se estendendo a posições de topo de muitos ramos do governo. Vários narco-mafias disputam o controle das remotas regiões de selva do norte de Petén, onde drogas, armas e pessoas atravessam a fronteira para o México, a maioria com destino aos Estados Unidos. O tráfico de drogas é sem dúvida a maior ameaça à liberdade política na Guatemala hoje.
Guatemala é flagelada por linchamentos que mancham gravemente o registro de direitos humanos do país como uma violação do devido processo da lei.
A administração Berger tem sido aclamada em alguns círculos pelo seu trabalho na devolução. A Guatemala sempre foi um estado fortemente centralizado e a administração procurou deter a crescente preeminência da Capital. Por exemplo, a administração tem se envolvido em gabinetes móveis onde o presidente e todos os seus ministros irão ao país e mudarão a sede do poder de vez em quando, para estar “mais perto do povo”.
A administração está enfrentando dificuldades financeiras crescentes, potencialmente devido em parte ao fato de 60% da população ser considerada “pobre” e, portanto, inelegível para tributação. O SAT (superintendência da administração tributária), o serviço de receitas, está, portanto, obrigado a tributar a classe média que está começando a sofrer com a carga tributária. O SAT tornou-se rigoroso na sua aplicação da lei, buscando as penas integrais de encarceramento por evasão fiscal.
Em setembro de 2006 a PNC (polícia civil nacional), em uma ação conjunta com os militares nacionais tomou de assalto o centro de detenção de Pavon, uma prisão com 1.500 detentos que até aquela data não era requisitada há 10 anos e que era um centro de atividade criminosa. Alguns presos, a guarda do chefe do mafioso que dirigia a prisão e o próprio líder resistiram ao ataque das forças da lei com AK-47 e armas de mão, foram massacrados. Cerca de 3.000 infantaria e 4 tanques participaram da ação. Este foi um marco na história da Guatemala e fez manchetes nacionais.
2006 viu o desmembramento do GANA face às eleições de 2007. O país fracturou em muitos partidos, prejudicando a capacidade do governo de obter legislação através do Congresso.
Nas eleições presidenciais de Novembro de 2007, no segundo turno, Álvaro Colom, da UNE, foi eleito presidente, derrotando o ex-general Otto Perez Molina, do PP. E em 2011, o general aposentado Otto Pérez Molina, do Partido Patriótico, venceu as eleições presidenciais no segundo turno contra o populista Manuel Baldizón, do partido LIDER. Pérez Molina tomou posse em 14 de janeiro de 2012, e sua vice-presidente é Roxana Baldetti.