Em 1781, Hahnemann assumiu a posição de médico da aldeia na área de mineração de cobre de Mansfeld, Saxônia. Ele logo se casou com Johanna Henriette Kuchler e acabaria por ter onze filhos. Após abandonar a prática médica, e enquanto trabalhava como tradutor de livros científicos e médicos, Hahnemann viajou pela Saxônia por muitos anos, permanecendo em muitas cidades e aldeias diferentes por períodos de tempo variados, nunca morando longe do rio Elba e estabelecendo-se em épocas diferentes em Dresden, Torgau, Leipzig e Köthen (Anhalt) antes de finalmente mudar-se para Paris em junho de 1835.
Criação de homeopatia
Hahnemann estava insatisfeito com o estado da medicina em seu tempo, e particularmente se opunha a práticas como a sangria. Ele afirmava que a medicina que lhe tinha sido ensinada a praticar às vezes fazia mais mal ao paciente do que bem:
O meu senso de dever não me permitiria facilmente tratar o estado patológico desconhecido dos meus irmãos sofredores com estes medicamentos desconhecidos. A idéia de me tornar assim um assassino ou malfeitor da vida dos meus semelhantes era para mim muito terrível, tão terrível e perturbador que desisti totalmente da minha prática nos primeiros anos da minha vida de casado e me dediquei exclusivamente à química e à escrita.
Após desistir da sua prática por volta de 1784, Hahnemann ganhava a vida principalmente como escritor e tradutor, ao mesmo tempo em que resolvia também investigar as causas dos alegados erros da medicina. Ao traduzir o tratado A Treatise on the Materia Medica de William Cullen, Hahnemann encontrou a afirmação de que a cinchona, a casca de uma árvore peruana, era eficaz no tratamento da malária devido à sua adstringência. Hahnemann acreditava que outras substâncias adstringentes não são eficazes contra a malária e começou a pesquisar o efeito da cinchona no corpo humano por auto-aplicação. Observando que o medicamento induzia sintomas semelhantes aos do paludismo em si mesmo, ele concluiu que o faria em qualquer indivíduo saudável. Isto levou-o a postular um princípio de cura: “aquilo que pode produzir um conjunto de sintomas num indivíduo saudável, pode tratar um indivíduo doente que está a manifestar um conjunto semelhante de sintomas”. Este princípio, tal como as curas, tornou-se a base para uma abordagem à medicina, à qual ele deu o nome de homeopatia. Ele usou pela primeira vez o termo homeopatia no seu ensaio Indicações do Emprego Homeopático de Medicamentos na Prática Comum, publicado no Jornal Hufeland em 1807.
Desenvolvimento da homeopatia
Segundo o trabalho do médico vienense Anton von Störck, Hahnemann testou substâncias para os efeitos que elas produziam num indivíduo saudável, pressupondo (como von Störck tinha afirmado) que elas podem curar os mesmos males que causavam. As suas pesquisas levaram-no a concordar com von Störck que os efeitos tóxicos das substâncias ingeridas são muitas vezes paralelos a certos estados patológicos, e a sua exploração de casos históricos de intoxicação na literatura médica implicou ainda uma “lei dos similares” médica mais generalizada. Mais tarde, ele concebeu métodos de diluição das drogas que estava testando, a fim de mitigar seus efeitos tóxicos. Ele alegou que essas diluições, quando preparadas de acordo com sua técnica de “potenciação” usando diluição e sucussão (agitação vigorosa), ainda eram eficazes para aliviar os mesmos sintomas nos doentes. Suas experiências mais sistemáticas de redução de dose realmente começaram por volta de 1800-01 quando, com base em sua “lei dos similares”, ele começou a usar Ipecacuanha para o tratamento da tosse e Belladonna para a escarlatina.
Ele publicou pela primeira vez um artigo sobre a abordagem homeopática em uma revista médica de língua alemã em 1796. Após uma série de outros ensaios, ele publicou em 1810 “Organon of the Rational Art of Healing”, seguido ao longo dos anos por mais quatro edições intituladas The Organon of the Healing Art, o primeiro tratado sistemático e contendo todas as suas instruções detalhadas sobre o assunto. Uma 6ª edição do Organon, inédita durante sua vida, e datada de fevereiro de 1842, só foi publicada muitos anos após sua morte. Consistia de um 5º Organon contendo extensas anotações manuscritas. O Organon é amplamente considerado como uma forma remodelada de um ensaio que ele publicou em 1806 chamado “A Medicina da Experiência”, que tinha sido publicado no Hufeland’s Journal. Do Organon, Robert Ellis Dudgeon afirma que “foi uma amplificação e extensão de sua “Medicina da Experiência”, trabalhada com maior cuidado e colocada em uma forma mais metódica e aforística, depois do modelo dos escritos hipocráticos”.”
Teoria da doença do café
Busto de Samuel Hahnemann pelo escultor francês David d’Angers (1837).
Ao redor do início do século XIX Hahnemann desenvolveu uma teoria, proposta em seu ensaio de 1803 Sobre os Efeitos do Café das Observações Originais, de que muitas doenças são causadas pelo café. Hahnemann abandonou mais tarde a teoria do café em favor da teoria de que a doença é causada por Psora, mas foi observado que a lista de condições que Hahnemann atribuiu ao café era semelhante à sua lista de condições causadas por Psora.