SV40 TAg grande, outros antígenos T de poliomavírus grande, proteínas E1a de adenovírus, e proteínas E7 de papilomavírus humano oncogênico compartilham um motivo estrutural que codifica um domínio de ligação pRb de alta afinidade. Este motivo é caracterizado por um resíduo de Asp, Asn ou Thr seguido por três aminoácidos invariantes, intercalados com aminoácidos não conservados (designados por x, onde x não pode ser um resíduo de Lys ou Arg). Uma região carregada negativamente segue frequentemente o carboxi-terminal ao domínio de ligação pRb.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – … {região com carga negativa}
As propriedades hidrofóbicas e eletrostáticas são altamente conservadas neste motivo. Por exemplo, um máximo de hidrofobicidade local ocorre nas proximidades do resíduo invariante de Leu. Uma carga líquida negativa ocorre dentro de 3 resíduos amino-terminal ao resíduo de Leu invariante; além disso, aminoácidos com carga positiva (Lys ou Arg) não são encontrados dentro da seqüência Leu – x – Cys – x – Glu, nem nas posições imediatamente adjacentes a esta seqüência. O motivo de ligação pRb e a região carregada negativamente correspondem a um segmento de SV40 TAg começando no resíduo 102 e terminando no resíduo 115 como mostrado abaixo:
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Ser – Asp – Asp – Glu –
Estudos funcionais de proteínas TAg contendo mutações dentro deste segmento (posições de aminoácidos 106 a 114, inclusive) demonstram que certas mutações deletérias abolem a atividade transformadora maligna. Por exemplo, a mutação do Glu invariante na posição 107 a Lys-107 abole completamente a atividade transformadora. Mutações deletérias dentro deste segmento (posições de aminoácidos 105 a 114, inclusive) também prejudicam a ligação da espécie de proteína TAg mutante à pRb, implicando em uma correlação entre a atividade transformadora e a capacidade da TAg de ligar a pRb. Uma análise bioinformática computadorizada detalhada, bem como um estudo de cristalografia por raios X, demonstraram a base biofísica para a interação entre esta região do TAg e da pRb. Os resíduos de TAg 103 a 109 formam uma estrutura de laço estendida que se liga firmemente em uma ranhura superficial de pRb. Na estrutura cristalina, Leu-103 é posicionado de modo que faz contatos van der Waals com as cadeias laterais hidrofóbicas do Val-714 e Leu-769 em pRb. Diversas ligações de hidrogênio também estabilizam o complexo TAg-pRb. Por exemplo, a cadeia lateral de Glu-107 forma ligações de hidrogênio aceitando hidrogênio dos grupos amida da cadeia principal de Phe-721 e Lys-722 em pRb. Espera-se que a mutação de Glu-107 para Lys-107 resulte na perda dessas ligações de hidrogênio. Além disso, a cadeia lateral do Lys-107 provavelmente teria interações energeticamente desfavoráveis com a amida de Phe-721 ou Lys-722, desestabilizando o complexo.
Fortíssimas evidências experimentais confirmam que aminoácidos com carga positiva (Lys ou Arg) enfraquecem significativamente a interação de ligação com pRB quando posicionados nas proximidades da seqüência Leu – x – Cys – x – Glu. Isto é provavelmente devido ao fato de que a superfície de ligação em pRb apresenta seis resíduos de lisina, que tenderão a repelir resíduos positivos dentro ou ao lado da seqüência Leu – x – Cys – x – Glu.