AnÚNCIO GENOMA
Staphylococcus hominis é um membro do estafilocococos coagulador-negativo (CoNS). Entre as CoNS, S. hominis é uma espécie comum encontrada nas amostras clínicas, geralmente isolada das axilas e da pele glabra dos braços, pernas e tronco de humanos (3, 7). Como outras NENC, S. hominis geralmente não causa doenças humanas, mas é cada vez mais reconhecido como um patógeno potencialmente oportunista e nosocomial e pode ocasionalmente causar infecção em pacientes com sistemas imunológicos anormalmente fracos (12). Tem sido relatado que causa algumas infecções potencialmente fatais, tais como endocardite infecciosa (6). Também foi relatado um caso de S. hominis endoftalmite associada a uma hipopneia capsular (4). A crescente relevância de S. hominis para a saúde humana nos levou a determinar a seqüência genômica de S. hominis ZBW5, uma cepa multirresistente isolada de uma amostra de pele humana normal em nosso hospital.
O sequenciamento do genoma inteiro foi realizado com um sistema Illumina Hiseq 2000 de alto rendimento (Illumina, Inc.) e produziu 3279 Mb de seqüência bruta de alta qualidade, correspondendo a mais de 1.400 vezes a cobertura do genoma. Um total de 47 contigs (500 a 375.603 bases) foram de novo montados usando Velvet (14) com um valor de N50 de 211.593 bp. A seqüência do genoma montado foi analisada usando BLAST para determinar a identidade da seqüência. A anotação foi feita usando Glimmer versão 3.02 (2), genes tRNA foram identificados por tRNAscan-SE (9), genes rRNA foram preditos por RNAmmer (8) e Finder de repetições Tandem 4.04 (1) para encontrar 78 repetições tandem em todas as contigs. Além disso, as contigs foram pesquisadas em relação ao KEGG (5), COG (13) e bases de dados de proteínas NCBI NR para anotação.
O cromossoma de ZBW5 tinha 2.335.704 bases de comprimento, com um conteúdo de G+C de 31,4%. O genoma contém 2.304 quadros de leitura aberta de codificação protéica (ORFs) que representam 86% do genoma, com um comprimento médio de 872 bp. O genoma codifica 39 genes tRNA, um locus rRNA, e quatro cópias de óperas 16S-23S-5S. Aproximadamente 71,5% de todas as seqüências de codificação (CDSs) (um total de 1.894) foram atribuídos a grupos de grupos ortológicos (COGs), e 1.282 CDSs podem ser anotados no sistema de ortologia 1109 KEGG usando KAAS (10).
S. hominis ZBW5 carregava alguns genes codificadores de proteínas previstos envolvidos na resistência a antibióticos (como meticilina, eritromicina e tetraciclina) e bombas multi-drogas, que provavelmente são capazes de modular o potencial de virulência, consistentes com outros CoNS (11). Uma ampla gama de genes relacionados a fatores de virulência putativos, adesão e invasão foram encontrados, de acordo com a identidade do S. hominis como um patógeno oportunista. Uma exploração mais profunda da sequência genómica de S. hominis está agora em curso, que fornecerá a base para elucidar os princípios moleculares da colonização do hospedeiro e o conhecimento dos antecedentes genéticos da patogénese deste organismo.
Nucleotide números de acessão da sequência de S. hominis. Este projecto de Shotgun de Genoma Inteiro foi depositado no DDBJ/EMBL/GenBank sob o nº de acessão. AKGC00000000. A versão descrita neste artigo é a primeira versão, AKGC01000000.