SV40 large TAg, andra polyomavirus large T antigener, adenovirus E1a-proteiner och onkogena humana papillomavirus E7-proteiner delar ett strukturellt motiv som kodar för en hög affinitetsdomän för pRb-bindning. Motivet kännetecknas av en Asp-, Asn- eller Thr-resurs som följs av tre invarianta aminosyror, varvat med icke-konserverade aminosyror (betecknade med x, där x inte kan vara en Lys- eller Arg-resurs). Ett negativt laddat område följer ofta carboxyterminalt till den pRb-bindande domänen.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – … {negativt laddad region}
Hydrofoba och elektrostatiska egenskaper är starkt konserverade i detta motiv. Ett lokalt hydrofobicitetsmaximum uppstår till exempel i närheten av den invarianta Leu-restigen. En negativ nettoladdning förekommer inom 3 rester aminoterminalt till den invarianta Leu-restigen. Dessutom förekommer inte positivt laddade aminosyror (Lys eller Arg) inom Leu – x – Cys – x – Glu-sekvensen, och inte heller i de positioner som omedelbart flankerar denna sekvens. Det pRb-bindande motivet och det negativt laddade området stämmer överens med ett segment av SV40 TAg som börjar vid rest 102 och slutar vid rest 115 enligt nedan:
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Ser – Ser – Asp – Asp – Glu –
Funktionsstudier av TAg-proteiner som bär på mutationer inom detta segment (aminosyrapositionerna 106 till och med 114) visar att vissa skadliga mutationer upphäver malignt transformationsaktivitet. Mutation av det oföränderliga Glu i position 107 till Lys-107 upphäver till exempel helt och hållet den transformerande aktiviteten. Skadliga mutationer inom detta segment (aminosyrapositionerna 105 till och med 114) försämrar också bindningen av den muterade TAg-proteinarten till pRb, vilket innebär att det finns ett samband mellan den transformerande aktiviteten och TAg:s förmåga att binda pRb. En detaljerad datoriserad bioinformatisk analys samt en röntgenkristallografisk undersökning har visat den biofysiska grunden för interaktionen mellan denna region av TAg och pRb. TAg-resterna 103-109 bildar en förlängd slingstruktur som binder tätt i ett ytspår av pRb. I kristallstrukturen är Leu-103 placerad så att den har van der Waals-kontakt med de hydrofoba sidokedjorna Val-714 och Leu-769 i pRb. Ett antal vätebindningar stabiliserar också TAg-pRb-komplexet. Glu-107:s sidokedja bildar till exempel vätebindningar genom att ta emot väteämnen från huvudkedjans amidgrupper i Phe-721 och Lys-722 i pRb. Mutationen av Glu-107 till Lys-107 förväntas leda till förlust av dessa vätebindningar. Dessutom skulle Lys-107:s sidokedja sannolikt ha energetiskt ogynnsamma interaktioner med amiden i Phe-721 eller Lys-722, vilket skulle destabilisera komplexet.
Starka experimentella bevis bekräftar att positivt laddade aminosyror (Lys eller Arg) avsevärt försvagar bindningsinteraktionen med pRB när de är placerade i närheten av sekvensen Leu – x – Cys – x – Glu. Detta beror sannolikt på att bindningsytan på pRb har sex lysinrester som tenderar att stöta bort positiva rester inom eller flankerande Leu – x – Cys – x – Glu-sekvensen.