Svampen XIII dukker op i Final Mix-versionen af spillet, når den verden, de befinder sig i, er ryddet fuldstændigt (dette inkluderer alle besøg, samt at man har besejret Xemnas i The World That Never Was). I stedet for blot at bekæmpe dem, skal de tilfredsstilles ved at opfylde visse betingelser. Hvis det lykkes dig at gøre det godt nok, vil de slippe Tranquility-materialer samt nogle sjældne våben, inden de forsvinder; gør du det endnu bedre for at tilfredsstille dem, vil de slippe endnu flere materialer samt skyde fyrværkeri af, hvilket indikerer, at du har opfyldt det sidste krav i Jiminys Journal. At tilfredsstille dem alle er et af tre krav til Guldkronen, sammen med Data Organization XIII og Lingering Will boss fights.
Nr. 1
Svamp nr. 1 kan findes i Memory’s Skyscraper i The World That Never Was, og repræsenterer organisationens egen nr. 1, Xemnas. Formålet med denne mission synes simpelt, da Sora skal lande 70 træffere på champignonen inden for 30 sekunder. Ligesom Xemnas kan svampen dog ikke angribes direkte, da den kun vil angribe tilbage og spilde tid. For at fuldføre missionen må du ikke lade svampen ramme dig én gang. Hvis den gør det, skal du afslutte og vende tilbage for at starte forfra. Selv om det virker som den indlysende løsning at udføre kommandoen Reversal reaction, er det faktisk utilstrækkeligt, da svampen kun vil udføre sin egen Reversal og udløse en cyklus, hvis Sora ikke stopper den. I stedet skal du vente et halvt sekund efter Reversal-kommandoen dukker op, da den vil blive erstattet af Quick Slide; Quick Slide er effektiv til at forvirre svampen, hvilket giver Sora mulighed for at lande nogle slag på den. Igen kan dette virke simpelt nok, men timingen er afgørende.
Gå ind i Wisdom Form, da dens normale combo på ni slag vil være tilstrækkelig hver gang det lykkes dig at fange svampen uventet; hvis du angriber den mere end dette, vil det få den til at angribe tilbage, hvilket spilder tid. Start duellen, og den vil begynde med en Reversal. I stedet for at holde øje med, at reaktionskommandoen dukker op, skal du holde øje med svampens bevægelser. Umiddelbart efter at den har afsluttet sin Reversal, skal du trykke på 
for Quick Slide. Ram den med en combo med ni slag, og den vil udføre Reversal endnu en gang. Gentag mønsteret, indtil du får 70 slag. Dette kan kræve en god portion øvelse, da det egentlig kun handler om at få rytmen i svampens bevægelser ned og justere din timing i overensstemmelse hermed.
Nr. 2
Svamp nr. 2 kan findes på Christmas Tree Plaza i Christmas Town og repræsenterer organisationens nr. 2 og Xemnas’ højre hånd, Xigbar. Formålet med denne mission er at undgå svampens projektiler ved enten at blokere eller undvige, indtil scoren når 80. Selvom du kan udføre denne udfordring med standardmidler, såsom med Guard eller Aerial Dodge, men denne opgave bliver meget nemmere ved brug af Final Form, da mange af Final Form’s handlinger (herunder at hoppe) blokerer Sora for indkommende angreb. Begynd med at låse dig fast på svampen, når du starter duellen, og forbered dig på et angreb ved at hoppe og gå ind i en stationær Glide (
+ 
uden at bevæge analogpinden). Sora vil svæve på stedet, uden at røre jorden, så længe holdes nede, og blokerer konsekvent alle indkommende angreb uden nogen anstrengelse fra din side – det vil sige, så længe du er rettet mod angrebene. Svampen har en tendens til at bevæge sig mere rundt på banen, efterhånden som tiden går, så giv dig tid til at justere din position, før du tager imod det næste sæt projektiler.
En alternativ strategi er at bruge Guard/Reflega og fremkalde Stitch. Hvis svampen lander et angreb på Sora, vil Stitch lamme den med sine våben, før den kan lande et andet, hvilket giver Sora mulighed for at genvinde sin stilling og vende tilbage til at bevogte eller spamming Reflega magi. Begge strategier vil gøre det meget nemmere at besejre denne svamp, end det burde være.
Nr. 3
Svamp nr. 3 kan findes ved broen foran Beast’s Castle og repræsenterer Xaldin. Formålet med denne mission er at samle alle de kugler, som svampen taber, mens den svæver hen over området. Den bevæger sig normalt langsomt og slipper et par kugler ad gangen, men vil lejlighedsvis sætte farten op og slippe en stor gruppe kugler. Sørg for at få en ordentlig bid af hver af disse store grupper, da de er de vigtigste at samle for at nå den krævede score på 450.
Udstyr Sora med Follow the Wind Keyblade, modtaget fra Port Royal, Draw-færdigheden (så mange, der er tilgængelige for ham) og Draw Rings (som kan findes i 100 Acre Wood ved Rabbit’s House og er en belønning for at fuldføre Duality-puslespillet i form af opskriften Rare Document, som skal syntetiseres). Du kan nu enten bruge Glide, Quick Run eller en kombination af de to til at følge efter svampen så hurtigt som muligt; dette er helt nødvendigt, da orbs forsvinder efter kort tid. Det kan være nødvendigt at gå ind i Wisdom eller Final Form for at udnytte Quick Run og Glide på max-niveau, på bekostning af, at man ikke kan bruge den anden evne. I dette tilfælde anbefales Quick Run, selv om Glide er hurtigere, da Sora kan nå alle kugler, der falder til jorden (med Glide er det nødvendigt at følge svampen tættere, da Sora skal nå kuglerne, før de rammer jorden).
Nr. 4
Svamp nr. 4 kan findes ved paladsets porte i The Land of Dragons og repræsenterer Vexen. Målet med denne mission er at besejre 85 af svampens kloner (som kan ødelægges med ét slag) uden selv at blive ramt. Svampene vil spawne kontinuerligt og i partier rundt omkring i hele området, hvilket kan få denne mission til at virke skræmmende. Men med den rigtige strategi er nr. 4 faktisk en af de lettere svampe at besejre.
Som med mange af de andre svampe er Wisdom Form en vigtig nøgle til at besejre denne svamp uden problemer. Gå ind i Wisdom Form, og begynd derefter duellen. Bevæg dig rundt i arenaen i en cirkulær bevægelse, mens du skyder nonstop. Da Sora er i stand til at skyde på afstand, mens han glider hen over jorden med en rimelig hastighed, er det ikke nødvendigt at stoppe op for at angribe nogen af svampene (og dermed give dem mulighed for at angribe tilbage). Bare bliv ved med at bevæge dig langs arenaens kanter, mens du skyder, og hold afstand, indtil du når 85.
Nr. 5
Svamp nr. 5 kan findes i skattekammeret i Cave Wonders i Agrabah og repræsenterer Lexaeus. Målet med denne mission er at dræne svampens helbred, som vil blive genoprettet løbende, inden for 10 sekunder. Hastigheden af de angreb, du bruger til at besejre den, skal slå den hastighed, hvormed svampen heler sig selv, samt at slå uret. Igen kan dette virke som en svær opgave, men der er faktisk en meget nem strategi til at besejre den.
Begynd med at udstyre dine stærkeste Keyblades, en til Sora og en til Final Form’s anden Keyblade-plads. Derefter skal du fylde Soras genstandsslots med alle mulige billige genstande, som du ikke har noget imod at bruge, såsom Potions eller Ethers (på dette tidspunkt i spillet burde Elixirs vise sig at være meget mere nyttige). Sørg for at indstille dem til en genvej for at spare tid. Gå ind i Final Form og start duellen. Hold dig tæt på svampen og brug det item, som du har indstillet til dine item slots og genvejen. Den skade, der uddeles, mens du bruger genstande i Final Form, er overraskende enorm og burde klare målet meget hurtigere, end en normal combo i Final Form ville gøre det.
Nr. 6
Svamp nr. 6 kan findes i Atrium of the Underworld Caverns på Olympus Coliseum og repræsenterer Zexion. Ligesom Zexion i Chain of Memories skaber denne svamp svagere kloner af sig selv, der vises rundt omkring i arenaen. Disse kloner vises i grupper, og de skal alle besejres inden for 45 sekunder. Ligesom nr. 4 og nr. 5 virker det kun som en svær opgave at besejre denne svamp. Ved at bruge den rigtige strategi er denne svamp endnu en nem svamp at tilfredsstille.
Magi er den mest effektive måde at ødelægge alle klonerne på fra enhver position, men selv Sora’s stærkeste trylleformularer er ikke nok til at nå dem alle i tide. Løsningen på dette problem er Final Form, hvor al Sora’s magi får et betydeligt boost i rækkevidde og styrke. Gå ind i Final Form, og begynd derefter duellen. Lås på at få øje på svampene, uanset hvor de er, og brug Thundaga, mens du bevæger dig ind mod dem; med Thundaga behøver Sora ikke at være tæt nok på sine fjender for at trylleformularen kan ramme dem (som med Firaga), og han behøver ikke at sigte (som med Blizzaga), hvilket gør det til din bedste mulighed. Når disse er ødelagt, skal du låse dig igen for at finde den næste gruppe og igen bruge Thundaga. Gentag indtil alle svampe er besejret, hvilket burde kunne gøres inden for tidsgrænsen uden problemer.
Nr. 7
Svamp nr. 7 kan findes i tunnellerne i Twilight Town, som kun åbnes under det tredje besøg, og repræsenterer Saïx. Ligesom Saïx er svampen i stand til at gå bersærk og skade Sora, hver gang han kommer i kontakt med den. Målet er at dræne alle dens HP inden for 10 sekunder, hvilket i bund og grund besejrer den og rydder kravet. Svampens er ikke kun stærk, men slår også Sora tilbage og spilder dermed tid. På grund af dette er det afgørende at holde afstand fra den, hvilket gør brugen af Wisdom Form’s skydeangreb eller Final Form’s Thundaga levedygtige strategier. Den nemmeste strategi kan dog få Sora ramt af fjenden en eller anden gang. Uanset hvad er det en relativt nem måde at besejre nr. 7 hurtigt på at fortsætte med at bruge strategien på trods af eventuelle angreb, der kan sætte Sora tilbage.
Gå til Final Form, og begynd derefter duellen. Så snart den starter, skal du kaste Reflega. Fortsæt med at gøre det, da svampen vil blive ved med at angribe. Når Soras Reflega-kombo afsluttes, vil han blive udsat for svampens angreb og uundgåeligt blive ramt af svampen mindst én gang. Ignorer angrebene og gå tilbage til at spamming Reflega. Hvis du gør dette i resten af kampen, vil det give lige nok skade til at besejre svampen i tide, hvilket rydder kravet i Jiminys Journal og bringer dig et skridt tættere på kronen.
Nej. 8
Svamp nr. 8 kan findes foran tårnet, der er tilgængeligt med tog fra Twilight Towns centralstation (kun tilgængelig efter det tredje besøg), og repræsenterer Axel. For at tilfredsstille denne svamp skal den jongleres uden at røre jorden, og til sidst skal den hoppe op i luften mindst 85 gange. Der er et par strategier til at opnå dette, såsom at bruge Wisdom Form til at blive ved med at skyde den op i luften eller luftkombinationer med Horizontal Slash, men da disse strategier har så lille en fejlmargin, er den nemmeste måde at gøre det på at bruge Master Form og Fatal Crest Keyblade. Fatal Crest låses op ved at klare Goddess of Fate Cup i Underworld of Olympus Coliseum.
Udstyr Fatal Crest som Sora’s Keyblade, da det giver Sora evnen til at kæde ubegrænsede combos samt Berserk Charge, som øger Sora’s styrke, mens hans MP genoplades. For at lette dette skal du bruge Curaga (da det opbruger al MP) efter at være gået i Master Form. Begynd nu duellen og lås dig fast på svampen, mens den flyver op i luften, og angrib den i samme øjeblik for at starte en luftkombo. Ved brug af Fatal Crest vil denne luftkombo ikke slutte, før målet er nået, så sørg for at følge den indtil 85, ellers vil den falde, og du bliver nødt til at starte forfra. Sørg for at afslutte til verdenskortet fra gemmepunktet i tårnet, før du mister Master Form, for at genoprette din Drive Gauge og gå videre til den næste svamp.
Nej. 9
Svamp nr. 9 kan findes ved slotsporten i Hollow Bastion, hvor Demyx blev kæmpet. No. 9 repræsenterer passende nok Demyx. Målet med denne mission er at holde svampen i gang med i alt 75 slag. Dette opnås ved at ramme den uden pause, hvilket kan gøres med et par forskellige strategier. En af disse strategier er brugen af Fatal Crest Keyblade og dens Berserk Charge evne. Ligesom med nr. 8 er det muligt at kæde en stærk combo uden ende ved at bruge Curaga til at æde alle Soras MP før duellen startes, og derefter starte med et angreb med Fatal Crest. Horizontal Charge er også praktisk ved brug af denne strategi.
En anden strategi involverer brugen af Wisdom Form og er lidt enklere, da den ikke kræver, at du ændrer noget af Sora’s udstyr eller evner. Du skal blot gå ind i Wisdom Form og derefter starte duellen. Begynd med at kaste Thundaga, indtil Sora’s MP er drænet, og skyd derefter for at holde den i gang. Dette burde være nok til at nå 75 træffere.
Nr. 10
Svamp nr. 10 kan findes i Moonlight Nook på Isla de Muerta ved Port Royal og repræsenterer Luxord. Ligesom Luxord blander den sig selv i kloner og kræver, at Sora spotter den bagefter. Dette er en af de mere irriterende af svampene at tilfredsstille, da der ikke er nogen genveje til at besejre den, kun tips. For at besejre den skal du dræne dens helbred inden for 55 sekunder, selvom du kun får mulighed for at angribe den, efter at den har blandet sig.
Begynd med at gå ind i Final Form, da det giver Sora mulighed for at lande så mange slag som muligt i den tid, han kan angribe. Kloner af svampen vil dukke op, hvorefter de alle flyver hen over skærmen for at forsøge at forvirre Sora til at miste originalen. Hvis du har problemer med at følge svampen med øjnene, hvilket er helt muligt, skal du holde dig tæt på skærmen og holde pause hele tiden. Ved at holde pause hvert sekund kan du følge dens bevægelser helt ned til rammen. Uanset om du holder en pause eller ej, skal du desuden sørge for at holde afstand, når svampene begynder at bevæge sig rundt, da de kan bevæge sig ind i kroge uden for dit synsfelt, hvis Sora er tæt nok på. Heldigvis gælder det, at jo flere gange du vælger svampen korrekt (og i træk) ved at angribe den, jo mere tid har du til at angribe. Med brug af Final Form skulle det kun tage tre rigtige gæt at besejre den.
Nr. 11
Svamp nr. 11 kan findes ved Waterway of Timeless River, der er tilgængelig gennem døren i Hall of the Cornerstone på Disney Castle, og repræsenterer Marluxia. Ligesom Marluxia og den hitcounter, han placerer over Sora, har denne svamp en hitcounter over sit hoved. Men i modsætning til kampen mod Marluxia skal denne hitcounter ned til nul, og for at gøre det hele endnu mere udfordrende, skal den nedbringes inden for den korte tidsperiode på nitten sekunder. Heldigvis er denne udfordring ikke nær så svær, som den ser ud til at være.
Udstyr alle Finishing Plus-evner og Rumbling Rose Keyblade (som har sin egen Finishing Plus-evne knyttet til den). Gå ind i Wisdom Form og begynd duellen, idet du sørger for at skyde svampen hele tiden. Denne strategi gør brug af Wisdom Form’s finisher, som giver et stort antal træffere med sine mange skud. Der er andre strategier til at besejre denne svamp, men dette er den enkleste, der giver mere end nok træffere inden for tidsgrænsen.
Nr. 12
Svamp nr. 12 kan findes foran det gamle palæ uden for Twilight Town og repræsenterer Larxene. Denne svamp er ligesom nr. 1 og nr. 10 en af de sværere svampe at tilfredsstille på grund af manglende genveje. Målet med denne mission er at besejre alle de kloner, som svampen spawner i området, i alt 40 kloner, inden for tidsgrænsen. Dette viser sig at være en udfordring på grund af de mange skjulesteder rundt omkring på området bag søjler. Sørg for at tjekke begge sider af marken, samt hoveddørene til palæet og porten på den anden side, for svampe. For at ramme hver svamp på kortest mulig tid virker Wisdom Form bedst.
Gå i Wisdom Form, og start derefter duellen. Brug 
til at dreje kameraet mod alle svampe i nærheden og skyd. Bevæg dig rundt på feltet, mens du gør det, så du ikke misser nogen svampe på begge sider af feltet. Til sidst vil svampene begynde at svæve højere op i luften; disse kan kun skydes fra en afstand. Ignorer dem for at lede efter andre svampe, hvis de volder dig for mange problemer, da det kan vise sig at være spild af tid at bevæge dig tilbage for hver eneste af disse svampe. Dette er en mission, der kan tage adskillige forsøg at perfektionere, men da dette er den sidste svamp, der skal tilfredsstilles før nr. 13, burde øvelsen være det hele værd.
Nr. 13
Svamp nr. 13 kan findes i det store gab i Hollow Bastion, hvor slaget med de 1000 hjerteløse fandt sted, og repræsenterer Roxas. Hvis du ser alle tolv svampe, der hepper på dig i området, vises en Look Up-reaktionskommando, når du træder ind i rampelyset. Brug den for at se nr. 13 stige ned. Brug en anden reaktionskommando (den samme Ready, Go! reaktionskommando, der vises for alle andre svampe-dueller), og No. 13 vil belønne dig med Winner’s Proof Keyblade og Proof of Peace, hvilket bringer dig et skridt nærmere Guldkronen, hvis du ikke allerede har modtaget den.