Fece parte dell’equipaggio di approvvigionamento del RMS Titanic durante il suo viaggio inaugurale e finale nell’aprile 1912. Era a bordo della nave durante il suo viaggio di consegna da Belfast a Southampton. Si imbarcò nuovamente a Southampton il 4 aprile 1912. In qualità di capo panettiere, Joughin riceveva un salario mensile di 12 sterline (equivalente a 1500 sterline di oggi, aggiustato per l’inflazione), e aveva uno staff di tredici panettieri sotto di lui.
Quando la nave colpì un iceberg la sera del 14 aprile, alle 23:40, Joughin era fuori servizio e nella sua branda. Secondo la sua testimonianza, sentì lo shock della collisione e si alzò immediatamente. Dai ponti superiori si diceva che gli ufficiali stavano preparando le scialuppe di salvataggio per il varo, e Joughin mandò i suoi tredici uomini sul ponte delle barche con le provviste per le scialuppe: quattro pagnotte a testa, circa quaranta libbre di pane ciascuno. Joughin rimase indietro per un po’, ma poi li seguì, raggiungendo il ponte delle barche intorno alle 00:30.
Si unì all’ufficiale capo Henry Wilde presso la scialuppa 10. Joughin aiutò, con gli steward e altri marinai, le signore e i bambini a raggiungere la scialuppa, anche se, dopo un po’, le donne sul ponte scapparono dalla barca dicendo che erano più al sicuro a bordo del Titanic. Il capo Baker allora andò sul ponte A e fece salire con la forza donne e bambini, gettandoli nella scialuppa di salvataggio.
Anche se fu assegnato come capitano della scialuppa 10, non salì a bordo; era già presidiata da due marinai e uno steward. Scese di sotto dopo che la scialuppa 10 se ne fu andata, e “bevve un goccio di liquore” (un bicchiere mezzo pieno di liquore, come specificò in seguito) nel suo alloggio. Poi salì di nuovo al piano superiore dopo aver incontrato “il vecchio dottore” (probabilmente il Dr. William O’Loughlin, molto probabilmente l’ultima volta che qualcuno lo vide). Quando arrivò al ponte delle barche, tutte le barche erano state calate, così scese nella passeggiata del ponte A e gettò una cinquantina di sedie a sdraio in mare in modo che potessero essere usate come dispositivi di galleggiamento.
Joughin andò poi nella dispensa del ponte A per prendere un bicchiere d’acqua e, mentre era lì, sentì un forte schianto, “come se una parte della nave avesse ceduto”. Lasciò la dispensa e si unì alla folla che correva a poppa verso il ponte di poppa. Mentre stava attraversando il ponte di poppa, la nave improvvisamente diede uno sbalzo a sinistra e, secondo lui, gettò tutti nel pozzo in un mucchio tranne lui. Joughin si arrampicò sul lato di dritta del ponte di poppa, aggrappandosi al parapetto di sicurezza in modo da trovarsi all’esterno della nave mentre questa andava giù per la testa. Quando la nave finalmente affondò, Joughin la cavalcò come se fosse un ascensore, senza mettere la testa sott’acqua (nelle sue parole, la sua testa “potrebbe essere stata bagnata, ma non di più”). Fu, quindi, l’ultimo sopravvissuto a lasciare l’RMS Titanic.
Secondo la sua stessa testimonianza, continuò a remare e a camminare sull’acqua per circa due ore. Ha anche ammesso di non sentire quasi il freddo, molto probabilmente grazie all’alcol che aveva bevuto. (Grandi quantità di alcol in genere diminuiscono il rischio di ipotermia). Quando la luce del giorno è scoppiata, ha individuato il dirigibile B rovesciato, con il secondo ufficiale Charles Lightoller e circa venticinque uomini in piedi sul lato della barca. Joughin nuotò lentamente verso di essa, ma non c’era spazio per lui. Un uomo, tuttavia, il cuoco Isaac Maynard, lo riconobbe e gli tenne la mano mentre il Capo Baker si aggrappava al lato della barca, con i piedi e le gambe ancora in acqua. Un’altra scialuppa apparve allora e Joughin nuotò verso di essa e fu portato dentro, dove rimase fino a quando si imbarcò sulla RMS Carpathia che era venuta in loro soccorso. Fu salvato dal mare solo con i piedi gonfi.