Giove II divenne apprensivo per i modi sempre più indipendenti delle colonie del New England; lui e altri funzionari britannici erano particolarmente turbati dall’aperta violazione degli Atti di Navigazione. La continua minaccia militare posta dai francesi e dai loro alleati indiani in Nord America fu un motivo in più per rafforzare il controllo delle colonie. Nel 1686 tutta la Nuova Inghilterra fu unita in una fusione amministrativa, il Dominion of New England; due anni dopo furono aggiunti New York ed entrambi i New Jersey. La creazione di questa agenzia fu considerata in Gran Bretagna una mossa ponderata e non una misura punitiva. L’unificazione delle colonie del nord per scopi di difesa e controllo amministrativo fu vista diversamente in America. I coloni avevano già partecipato alla Confederazione del New England. Joseph Dudley servì brevemente come primo presidente del Dominion, ma fu sostituito da Sir Edmund Andros. Un soldato esperto e un servitore pubblico dedicato, Andros tuttavia mancava del buon senso e delle capacità personali per avere successo nella sua nuova posizione. Seguì assiduamente i suoi ordini ponendo fine alle assemblee locali, tassando i coloni senza il consenso dei loro rappresentanti e tentando vigorosamente di porre fine al contrabbando attraverso la rigida applicazione degli Atti di Navigazione.Il Massachusetts non fu l’unica colonia in cui il Dominio provocò un furore. Nel 1687, Andros era così arrabbiato per la mancata cooperazione del Connecticut con il nuovo regime che lui e i suoi seguaci armati cercarono di prendere fisicamente possesso dello statuto della colonia. Secondo la leggenda, i coloni del Connecticut nascosero il documento in una fessura di una vecchia quercia.* 
Il Dominion ebbe poco successo, dovuto in gran parte all’intransigenza coloniale. I mercanti del New England avevano da tempo fatto del contrabbando uno stile di vita e resistevano aspramente ai cambiamenti che avrebbero potuto influenzare le loro fonti di reddito. Gli sforzi di Andros per unificare le risposte militari coloniali erano nati morti a causa del suo fallimento nel fornire molto in termini di finanziamenti e armi. Il Dominion si interruppe bruscamente nel 1689, quando nelle colonie arrivò la notizia della rimozione di Giacomo II dal trono nella Gloriosa Rivoluzione: il fallimento del Dominion of New England cambiò temporaneamente l’atteggiamento di molti funzionari britannici verso le colonie americane. Un periodo di “salutare negligenza” prevalse alla fine del XVII e all’inizio del XVIII secolo. Alcune autorità credevano che fosse più saggio cercare di incoraggiare le relazioni commerciali con le colonie piuttosto che intromettersi nei loro affari governativi. Questa benefica negligenza fece molto per favorire la crescita dell’autogoverno in America. I coloni avrebbero ripreso la questione dell’azione unitaria al Primo Congresso Continentale (1774) – ma quell’integrazione fu una decisione americana, non imposta dalla madrepatria.
*La “Charter Oak” si trovava nella tenuta di Wyllys ad Hartford finché non fu abbattuta da una tempesta di vento nel 1856.