Negli Stati Uniti, la presidenza di O’Mahony sulla Fratellanza Feniana era sempre più sfidata da William R. Roberts. Entrambe le fazioni feniane raccoglievano denaro attraverso l’emissione di obbligazioni in nome della “Repubblica Irlandese”, che venivano acquistate dai fedeli nell’aspettativa di essere onorate quando l’Irlanda sarebbe stata “Una Nazione ancora una volta”. Queste obbligazioni dovevano essere rimborsate “sei mesi dopo il riconoscimento dell’indipendenza dell’Irlanda”. Centinaia di migliaia di immigrati irlandesi sottoscrissero.
Vennero acquistate grandi quantità di armi e la fazione dei Roberts si preparò apertamente per una serie coordinata di incursioni in Canada, che il governo degli Stati Uniti non prese alcun provvedimento importante per impedire. Molti nell’amministrazione statunitense non erano indisposti al movimento a causa del fallimento della Gran Bretagna nel sostenere l’Unione durante la guerra civile. Il “segretario alla guerra” di Roberts era il generale T. W. Sweeny, che fu cancellato dalla lista dell’esercito americano dal gennaio 1866 al novembre 1866 per permettergli di organizzare i raid. Lo scopo di queste incursioni era di impadronirsi della rete di trasporti del Canada, con l’idea che questo avrebbe costretto gli inglesi a scambiare la libertà dell’Irlanda con il possesso della loro provincia del Canada. Prima dell’invasione, i feniani avevano ricevuto alcune informazioni da sostenitori che la pensavano come loro all’interno del Canada, ma non ricevettero il sostegno di tutti i cattolici irlandesi che vedevano le invasioni come una minaccia alla nascente sovranità canadese.
Nell’aprile del 1866, sotto il comando di John O’Mahony, una banda di più di 700 membri della Fratellanza Feniana arrivò sulla riva del Maine di fronte all’isola con l’intenzione di impadronirsi di Campobello dagli inglesi. Le navi da guerra britanniche di Halifax, Nuova Scozia, arrivarono rapidamente sul posto e una forza militare disperse i feniani. Questa azione servì a rafforzare l’idea della protezione del New Brunswick unendosi con le colonie britanniche nordamericane di Nuova Scozia, Canada Est e Canada Ovest nella Confederazione per formare il Dominio del Canada.
Il comando della spedizione a Buffalo, New York, fu affidato da Roberts al colonnello John O’Neill, che attraversò il fiume Niagara (il Niagara è il confine internazionale) alla testa di almeno 800 (cifra di O’Neill; solitamente riportata fino a 1.500 nelle fonti canadesi) uomini la notte e la mattina del 31 maggio/1 giugno 1866, e catturò brevemente Fort Erie, sconfiggendo una forza canadese a Ridgeway. Molti di questi uomini, compreso O’Neill, erano veterani di guerra della guerra civile americana. Alla fine, l’invasione era stata interrotta dalla successiva interruzione da parte delle autorità statunitensi delle linee di rifornimento feniane attraverso il fiume Niagara e dagli arresti dei rinforzi feniani che tentavano di attraversare il fiume in Canada. È improbabile che con una forza così piccola avrebbero mai raggiunto il loro obiettivo.
Altri tentativi feniani di invasione si verificarono durante la settimana successiva nella valle del San Lorenzo. Poiché molte delle armi erano state nel frattempo confiscate dall’esercito americano, relativamente pochi di questi uomini furono effettivamente coinvolti nei combattimenti. Ci fu anche una piccola incursione feniana in un magazzino che riuscì a recuperare alcune armi che erano state sequestrate dall’esercito americano. Molte furono comunque restituite da ufficiali simpatizzanti.
Per far uscire i feniani dalla zona, sia nel San Lorenzo che a Buffalo, il governo degli Stati Uniti acquistò biglietti ferroviari per i feniani per tornare alle loro case se gli individui coinvolti avessero promesso di non invadere più alcun paese dagli Stati Uniti. Molte delle armi vennero restituite in seguito se la persona che le reclamava poteva presentare una garanzia che non sarebbero state usate per invadere di nuovo il Canada, anche se alcune furono probabilmente usate nelle incursioni che seguirono.
Nel dicembre 1867, O’Neill divenne presidente della fazione Roberts della Fratellanza Feniana, che l’anno seguente tenne una grande convention a Philadelphia alla quale parteciparono oltre 400 delegati debitamente accreditati, mentre 6.000 soldati feniani, armati e in uniforme, sfilavano per le strade. In questa convention fu concepita la seconda invasione del Canada. La notizia dell’esplosione di Clerkenwell fu un forte incentivo ad una politica vigorosa. Henri Le Caron, che, mentre agiva come agente segreto del governo britannico, ricopriva la carica di “ispettore generale dell’esercito repubblicano irlandese”, afferma di aver distribuito quindicimila stand di armi e quasi tre milioni di munizioni alle cure dei numerosi uomini di fiducia dislocati tra Ogdensburg, New York e St. Albans, Vermont, in preparazione della prevista incursione. Ebbe luogo nell’aprile del 1870 e si dimostrò un fallimento altrettanto rapido e completo del tentativo del 1866. I Feniani sotto il comando di O’Neill attraversarono la frontiera canadese vicino a Franklin, Vermont, ma furono dispersi da una sola raffica dei volontari canadesi. O’Neill stesso fu prontamente arrestato dalle autorità degli Stati Uniti che agivano sotto gli ordini del presidente Ulysses S. Grant.
Dopo essersi dimesso da presidente della Fratellanza Feniana, John O’Neill tentò senza successo un raid non autorizzato nel 1871, unendo le forze dei suoi restanti sostenitori feniani con i membri esiliati della Red River Rebellion. Il gruppo di incursori attraversò il confine con il Manitoba a Pembina, nel Territorio del Dakota, e prese possesso del posto commerciale della Hudson’s Bay Company sul lato del Canada. I soldati statunitensi del forte di Pembina, con il permesso del funzionario canadese Gilbert McMicken, attraversarono il confine con il Canada e arrestarono i razziatori feniani senza opporre resistenza.
La minaccia feniana spinse a chiedere la confederazione del Canada. La confederazione era in cantiere da anni, ma fu attuata solo nel 1867, l’anno successivo alle prime incursioni. Nel 1868, un simpatizzante feniano assassinò il politico irlandese-canadese Thomas D’Arcy McGee a Ottawa per la sua condanna delle incursioni.
La paura di un attacco feniano afflisse il Lower Mainland della Columbia Britannica durante gli anni 1880, poiché la Fratellanza Feniana si stava attivamente organizzando a Washington e Oregon, ma le incursioni non si materializzarono mai. All’inaugurazione della linea principale della Canadian Pacific Railway nel 1885, le foto scattate per l’occasione mostrano tre grandi navi da guerra britanniche sedute nel porto appena al largo della ferrovia e delle sue banchine. La loro presenza era esplicitamente dovuta alla minaccia di un attacco feniano o di terrorismo, così come il gran numero di truppe sul primo treno.