Il moderno villaggio di Montour Falls si è sviluppato sul sito di un ex villaggio indiano Seneca, Queanettquaga, informalmente conosciuto come Catherine’s Town dopo un importante residente e leader indiano Seneca, la regina Catharine Montour. Il padre della regina Catharine Montour (Peter Quebec) era un capo Mohawk, e sua madre (Margaret Montour Hunter) la figlia di un capo Oneida. Lei avrebbe sposato il capo indiano Seneca Thomas Htitson. La tribù Seneca della regina Catharine Montour era membro della Confederazione Irochese. Durante la Guerra d’Indipendenza Americana furono sancite rappresaglie contro le tribù della Confederazione Irochese che si erano alleate con la Gran Bretagna. La famigerata vicina battaglia di Newtown, New York (agosto 1779) e la marcia che devastò Queanettquaga (e altri quaranta villaggi amerindi dei Finger Lakes) è conosciuta come la Spedizione Sullivan-Clinton. Oltre a bruciare il palazzo di legno della regina Catharine Montour, i frutteti furono abbattuti, le case distrutte, il bestiame ucciso e i terreni coltivati salati. I residenti di Catharine’s Town si dispersero in aree lontane come il Niagara e il Canada. La regina Catharine Montour (nata nel 1710 e morta il 20 febbraio 1804) è ricordata da un tumulo sepolcrale situato sul suo omonimo Catharine Trail entro i limiti del villaggio di Montour Falls.
Dal 1788 l’area cominciò ad essere colonizzata dagli europei americani. Nel 1805 l’area era conosciuta come Mill’s Landing dopo il residente locale George Mills. (Il vicino villaggio di Millport, ai tempi attuali, è anche chiamato per George Mills). Il 1802 è la prima data comunemente usata per segnare l’inizio della comunità di Montour Falls – è l’anno in cui George Mills fu nominato postmaster. Si stima che la comunità del 1802 consistesse di venti residenti – e nessun negozio.
Iniziato nel 1827 e completato nel 1833, il canale Chemung fu costruito attraverso Mills Landing per collegare il fiume Chemung e il suo bacino al lago Seneca. Mills Landing, più tardi Havana, sarebbe diventato commercialmente significativo data la sua posizione a capo della navigazione sull’insenatura del lago Seneca. All’estremità nord del lago, un altro canale si collegava al Canale Erie, che portava sia ai Grandi Laghi che al fiume Hudson e al porto di New York City, per aumentare gli scambi e il commercio nella regione. Il villaggio rimase non incorporato fino al 13 maggio 1836, quando adottò ufficialmente un nuovo nome per diventare Havana, New York. Il villaggio di Havana fu designato come prima sede della nuova contea di Schuyler nel 1854. Nel 1861 la sede della contea sarebbe stata spostata a Watkins Glen.
Il nome attuale di Montour Falls fu adottato per il villaggio il 20 marzo 1895. La città di Montour prende anche il nome dalla matriarca della tribù Seneca del XVIII secolo, Catharine Montour.
Dal 1850 al 1888 la comunità di produzione di gres dell’Avana comprendeva sei ditte: Savage, Parsons & Co, Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman e A. O. Whittemore.
Charles Cook, uomo d’affari, politico (Commissario del Canale e Senatore dello Stato), filantropo e visionario, ha il merito di aver fondato la Contea di Schuyler (1854) e Havana, New York, come prima sede della Contea; la Cook Academy (originariamente il People’s College) iniziò la costruzione nel 1858. Oggi la stessa struttura ospita la New York State Academy of Fire Science. Cook è stato anche presidente della Chemung Canal Trust Bank, la più antica banca operante ininterrottamente nella regione, risalente al 1835. Il 20 novembre 1886, un servizio di tributo tenuto alla Cook Academy vide la partecipazione del governatore David Hill e di più di 1.000 cittadini, soci ed estimatori di Cook. Un busto di Charles Cook fu dedicato al servizio di tributo. Charles Cook non si è mai sposato.
Nel 1872 due ingegneri nativi di Havana, New York, formarono una società di movimentazione di materiali che chiamarono Shepard Niles. Nel 1902 costruirono la loro prima gru pesante e la vendettero in tutto il mondo. L’azienda è ancora in attività oggi. Dal loro sito web: “Gru e paranchi che durano praticamente per sempre – questo è ciò che l’industria si aspetta da Shepard Niles. Le nostre gru e paranchi di classe D ed E, costruiti a mano e personalizzati, hanno aiutato l’America a diventare la prima nazione industriale del mondo e hanno alimentato il nostro paese attraverso due guerre mondiali”. Mentre l’azienda continua, dalla sua acquisizione nel 1989, le sue operazioni primarie non sono più domiciliate a Montour Falls.
Nel 1934 la National Bank of Montour Falls è elencata nel roster della Federal Reserve Bank Second District. La National Bank of Montour Falls (sempre nel 1934) è la banca emittente su una nota della Federal Reserve da 10.00 $ (dieci dollari).
Montour Falls è ben noto per l’attrazione naturale di una cascata di 165 piedi situata sul lato ovest del villaggio. Alla base delle cascate c’è un cartello con la scritta “She-qua-ga”, una traslitterazione del suo nome Seneca. Un ponte sopra la cascata scrive il nome come “Che-qua-ga”. Molti nomi storici sono stati registrati con un’ampia varietà di ortografie, soprattutto perché vari popoli hanno cercato di traslitterarli da una lingua all’altra. Questa attrazione è anche conosciuta come “Montour Falls”.
Il Brick Tavern Stand, il Montour Falls Historic District, e la Montour Falls Union Grammar School sono elencati nel National Register of Historic Places.