Whole-Genome Sequence of Staphylococcus hominis, an Opportunistic Pathogen

GENOME ANNOUNCEMENT

Staphylococcus hominis è un membro degli stafilococchi coagulasi-negativi (CoNS). Tra i CoNS, S. hominis è una specie comune incontrata nei campioni clinici, solitamente isolata dalle ascelle e dalla pelle glabra di braccia, gambe e tronco degli esseri umani (3, 7). Come altri CoNS, S. hominis di solito non causa malattie umane, ma è sempre più riconosciuto come un patogeno potenzialmente opportunistico e nosocomiale e può occasionalmente causare infezioni in pazienti con sistemi immunitari anormalmente deboli (12). È stato segnalato per causare alcune infezioni potenzialmente pericolose per la vita, come l’endocardite infettiva (6). È stato anche riportato un caso di endoftalmite da S. hominis associato a un ipopigio capsulare (4). La crescente rilevanza di S. hominis per la salute umana ci ha spinto a determinare la sequenza genomica di S. hominis ZBW5, un ceppo multidrug-resistant isolato da un campione di pelle umana normale nel nostro ospedale.

Il sequenziamento shotgun dell’intero genoma è stato eseguito con un sistema Illumina Hiseq 2000 ad alta produttività (Illumina, Inc.) e ha prodotto 3279 Mb di sequenza grezza di alta qualità, corrispondente a più di 1.400 volte la copertura del genoma. Un totale di 47 contigs (da 500 a 375.603 basi) sono stati assemblati de novo utilizzando Velvet (14) con un valore N50 di 211.593 bp. La sequenza del genoma assemblato è stata analizzata usando BLAST per determinare l’identità della sequenza. L’annotazione è stata eseguita utilizzando Glimmer versione 3.02 (2), i geni tRNA sono stati identificati da tRNAscan-SE (9), i geni rRNA sono stati predetti da RNAmmer (8) e Tandem Repeats Finder 4.04 (1) per trovare 78 ripetizioni tandem in tutti i contigs. Inoltre, i contigs sono stati ricercati nei database KEGG (5), COG (13), e NCBI NR protein per l’annotazione.

Il cromosoma di ZBW5 era lungo 2.335.704 basi, con un contenuto G+C del 31,4%. Il genoma contiene 2.304 cornici di lettura aperte (ORF) che codificano proteine e che rappresentano l’86% del genoma, con una lunghezza media di 872 bp. Il genoma codifica 39 geni tRNA, un locus rRNA e quattro copie degli operoni 16S-23S-5S. Circa il 71,5% di tutte le sequenze codificanti (CDS) (un totale di 1.894) sono state assegnate a cluster di gruppi ortologhi (COG), e 1.282 CDS possono essere annotati nel sistema di ortografia 1109 KEGG usando KAAS (10).

S. hominis ZBW5 portava alcuni geni codificanti proteine predette coinvolte nella resistenza agli antibiotici (come meticillina, eritromicina e tetraciclina) e pompe multidroga, che sono probabilmente in grado di modulare il potenziale di virulenza, coerentemente con altri CoNS (11). È stata trovata un’ampia gamma di geni legati a fattori putativi di virulenza, adesione e invasione, in linea con l’identità di S. hominis come patogeno opportunista. Un’ulteriore e profonda esplorazione della sequenza del genoma di S. hominis è ora in corso, che fornirà la base per chiarire i principi molecolari della colonizzazione dell’ospite e la comprensione del background genetico della patogenesi di questo organismo.

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